TCP基因家族是含有bHLH基序的植物特有轉(zhuǎn)錄因子,廣泛參與植物的多種生物過程。為了解桃（Prunus persica）中TCP家族的成員和特征,本研究基于其全基因組組裝及注釋數(shù)據(jù),首次在桃基因組中對TCP基因進(jìn)行了系統(tǒng)鑒定,并進(jìn)行了染色體定位、蛋白特征、基因結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、啟動子區(qū)域順式元件分析。結(jié)果顯示:桃基因組中共有20個TCP家族成員,在7條染色體上均有分布,其推導(dǎo)蛋白的長度、分子量和等電點差異較大。大部分TCP基因不含有內(nèi)含子,基因結(jié)構(gòu)較為簡單。桃TCP基因家族含有植物TCP家族的所有類別,每一類別均含有保守的且能明顯區(qū)別于其他類別的特征。TCP基因家族的啟動子區(qū)域含大量光應(yīng)答、激素響應(yīng)等順式作用元件,與該基因家族功能的多樣性一致。本研究初步探索了桃基因組中TCP基因家族的特征,為后期該基因家族在桃中的功能驗證提供了理論支撐。 

【文章來源】：分子植物育種. 2020,18(16)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

桃TCP家族基因結(jié)構(gòu)

桃、擬南芥和水稻TCP家族進(jìn)化樹

將桃TCP基因上游2 000 bp非編碼序列提交到在線程序(PlantCARE)上預(yù)測啟動子區(qū)域可能含有的順式作用元件，發(fā)現(xiàn)所有TCP基因的啟動子均含有基因啟動的核心基序TATA-box和CAAT-box(數(shù)據(jù)未展示)。對鑒別到的順式元件進(jìn)行統(tǒng)計，發(fā)現(xiàn)桃TCP基因啟動子含有響應(yīng)元件的種類較多，包括光應(yīng)答、應(yīng)激響應(yīng)和多種激素響應(yīng)元件，例如茉莉酸甲酯、生長素、赤霉素等響應(yīng)元件。所有基因的啟動子均含有光應(yīng)答元件，大部分基因的啟動子含有厭氧誘導(dǎo)、生長素響應(yīng)、茉莉酸甲酯響應(yīng)、脫落酸響應(yīng)等激素響應(yīng)元件。Prupe.2G288000和Prupe.4G171100啟動子含有種子特異調(diào)控元件；Prupe.2G288000和Prupe.4G083500啟動子含有傷口響應(yīng)元件；Prupe.2G152-600特異含有黃酮類基因調(diào)控元件；Prupe.3G252600啟動子特異含有柵欄葉肉細(xì)胞分化調(diào)控元件(圖5)。圖4 桃TCP基因家族在染色體上的分布


本文編號：3626092