塔形馬蹄螺（Tectus pyramis）,海洋軟體動物,廣泛分布于中國深圳大鵬灣、海南島、西沙和南沙群島的珊瑚礁生態(tài)系統(tǒng)中。文章采用特異性位點擴增片段簡化基因組測序技術(shù)（SLAF-seq）對來自深圳（SZ）、三亞（SY）和西沙（XS）的塔形馬蹄螺群體的遺傳多樣性和結(jié)構(gòu)進行分析。通過測序共獲得115.74Mb讀長數(shù)據(jù),平均測序深度為337.87倍,測序質(zhì)量值(Q₃₀)平均為94.07%。研究獲得118679個多態(tài)性SLAF標(biāo)簽,獲得846502個高度一致的群體單核苷酸多態(tài)性位點（SNPs）,其中有155個顯著差異SNPs。3個群體的平均觀察雜合度（H_o）和期望雜合度（H_e）值分別為0.1441～0.1611和0.2537～0.2695。平均多態(tài)性信息含量（PIC）為0.2048～0.2176。通過系統(tǒng)發(fā)育樹分析、主成分分析和聚類分析,將45個個體大致分為3個類群,每個群體的所有個體都可以聚類成一個類群。SZ和SY群體的遺傳結(jié)構(gòu)相似,遺傳距離最低（0.2510）,遺傳分化系數(shù)F_st值最低（0.0818... 

【文章來源】：熱帶海洋學(xué)報. 2020,39(05)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：18 頁

【文章目錄】：
1 Materials and Methods
    1.1 Sample Collection and Preparation
    1.2 Enzyme Digestion Design
    1.3 Illumina Hi Seq Sequencing and Data Evaluation The optimal digestion scheme was applied for
    1.4 SNP Information Statistics
    1.5 Phylogenetic Tree Construction and Principal Component Analysis (PCA)
    1.6 Selective Sweep Analysis
    1.7 Genetic Diversity and Genetic Structure Analyses
2 Results
    2.1 Assessment of Enzyme Digestion Scheme
    2.2 Sequencing Data Statistics and Evaluation of Experimental Database Construction
    2.3 Development of SLAF Tags and SNP Markers
    2.4 Genetic Evolution Analysis
    2.5 Phylogenetic Tree Construction and PCA
    2.6 Selective Sweep Analysis
    2.7 Genetic Diversity and Genetic Structure Analyses
3 Discussion
    3.1 Data Quality Control and Mass SNP Marker Development
    3.2 Genetic Diversity of the Three Populations
    3.3 Genetic Structure of the Three Populations


【參考文獻】：
期刊論文
[1]泥東風(fēng)螺線粒體基因組及其遺傳多樣性分析[J]. 熊鋼,周先文,王曉清,巫旗生,康驪,秦溱,曾志南.  水產(chǎn)科學(xué). 2019(01)
[2]塔形馬蹄螺人工繁育技術(shù)研究[J]. 陳傅曉,蒲利云,曾關(guān)瓊,譚圍,羅鳴.  漁業(yè)現(xiàn)代化. 2015(06)
[3]塔形馬蹄螺雌性生殖系統(tǒng)的顯微結(jié)構(gòu)研究[J]. 吳洪流,李芳遠,馮永勤,蒲利云,董楊.  海南大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2008(03)
[4]塔形馬蹄螺雄性生殖系統(tǒng)的組織學(xué)研究[J]. 李芳遠,馮永勤,吳洪流,蒲利云,董楊.  海南大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2008(02)
[5]塔形馬蹄螺人工促熟及催產(chǎn)的研究[J]. 張春芳,劉永,梁飛龍,符韶.  海洋科學(xué). 2008(05)



本文編號：3625970