MADS-box家族基因編碼的轉(zhuǎn)錄因子,在植物、動物及微生物的發(fā)育過程中起著重要調(diào)控作用,本研究從馬尾松幼苗轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果中篩選到1條具有完整開放閱讀框的MADS-box基因序列,設(shè)計特異性引物并克隆獲得該基因,通過生物信息學(xué)方法分析該基因的序列特征、編碼蛋白的理化特性、結(jié)構(gòu)域以及進化關(guān)系等,并應(yīng)用熒光定量PCR技術(shù)分析該基因在馬尾松幼苗不同組織中的表達活性。結(jié)果表明,克隆得到的MADS-box基因開放閱讀框為672 bp,命名為Pm MADS4。Pm MADS4編碼223個氨基酸,含有MADS保守域和K-box次級保守域。蛋白質(zhì)理論分子量為24 854.15 kD,理論等電點為7.83;其蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)主要由大量的α-螺旋（58.74%）和大量隨機卷曲（31.84%）構(gòu)成;亞細胞預(yù)測該基因主要在細胞核（43.5%）、線粒體（17.4%）、高爾基體（13.0%）和細胞質(zhì)（13.0%）中發(fā)揮生物學(xué)作用。系統(tǒng)進化分析顯示,Pm MADS4屬于MADS-box家族基因中MIKC型的GMADS分支。組織特異性表達分析發(fā)現(xiàn),Pm MADS4在馬尾松幼苗的頂芽和莖中高表達,表達量分別是根部的239倍和... 

【文章來源】：分子植物育種. 2020,18(03)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

Pm MADS4基因克隆與鑒定

馬尾松PmMADS4與楊樹和擬南芥MADS-box家族基因系統(tǒng)進化分析

PmMADS4含有MADS和K結(jié)構(gòu)域(圖4)，其中MADS結(jié)構(gòu)域?qū)儆贛EF2-like(Ⅱ)類型，有1個磷酸化位點和12個蛋白質(zhì)互作位點。采用GORⅣ在線工具對PmMADS4的二級結(jié)構(gòu)進行預(yù)測，結(jié)果顯示PmMADS4蛋白含有大量的α-螺旋(58.74%)和大量隨機卷曲(31.84%)(圖5)。通過SWISS-MODE工具對PmMADS4進行蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)分析，發(fā)現(xiàn)1個Pm MADS4的同源模型6bz1.1.A，比對發(fā)現(xiàn)Pm MA-DS4與6bz1.1.A氨基酸序列的一致性為48.19%。結(jié)合二級、三級結(jié)構(gòu)的分析來看(圖5;圖6),K結(jié)構(gòu)域含有3個兩性α-螺旋的半保守結(jié)構(gòu)(K1,K2,K3)，且該結(jié)構(gòu)域一共含有91個氨基酸。圖4 Pm MADS4蛋白保守結(jié)構(gòu)域

【參考文獻】：
期刊論文
[1]橡膠樹乳管細胞中與HbMADS4互作蛋白的篩選[J]. 李輝亮,陳月異,郭冬,王穎,朱家紅,彭世清.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2018(06)
[2]OsMADS34與OsMADS56蛋白互作及OsMADS56表達模式分析[J]. 李曉峰,張大兵.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2018(04)
[3]馬尾松PmMYB169基因的克隆及表達分析[J]. 劉沛宇,劉小翠,楊鹍,彭磊,喬光,文曉鵬.  西南大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2017(03)



本文編號：3608004