中國櫻桃LTR類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子反轉(zhuǎn)錄酶序列的克隆和分析
發(fā)布時(shí)間:2022-01-25 04:34
利用同源序列法根據(jù)Ty1-copia和Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子反轉(zhuǎn)錄酶保守區(qū)設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物,從中國櫻桃(Prunus pseudocerasus Lindl.)中分別擴(kuò)增出約260和430 bp的目標(biāo)片段,并進(jìn)行克隆、測(cè)序、序列分析及轉(zhuǎn)錄活性檢測(cè)。共獲得44條Ty1-copia類反轉(zhuǎn)錄酶序列,13條Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄酶序列,序列間顯示高度異質(zhì)性,部分序列存在缺失、終止密碼子及移碼突變。系統(tǒng)發(fā)育樹顯示Ty1-copia可以分為TAR、Ale兩類,Ty3-gypsy可以分為Tat、Reina、Tekay等3類。Ty1-copia和Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄酶dN/dS值均小于1,并且Ty3-gypsy高于Ty1-copia。13條Ty1-copia以及7條Ty3-gypsy反轉(zhuǎn)錄酶序列在櫻桃正常生長(zhǎng)條件下均有轉(zhuǎn)錄活性,但不受8種非生物脅迫的誘導(dǎo)。PpRT7在高溫(42℃)脅迫24 h時(shí)轉(zhuǎn)錄活性升高,并且具有組織特異性。
【文章來源】:園藝學(xué)報(bào). 2020,47(02)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:15 頁
【部分圖文】:
Ty1-copia和Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄酶同源序列的PCR擴(kuò)增結(jié)果
氨基酸序列多重序列比對(duì)結(jié)果(圖2)顯示,這些序列具有Ty1-copia RT序列典型的保守結(jié)構(gòu)域,其中RT-BOX2結(jié)構(gòu)域?yàn)門AFFHG,與馬尾松(Fan et al.,2013)、火龍果(范付華等,2012)等物種一致;RT-BOX3結(jié)構(gòu)域由YGLKQAPRXW組成,相應(yīng)位置的L(亮氨酸)、K(賴氨酸)、Q(谷氨酰胺)以及P(脯氨酸)是保守氨基酸;RT-BOX4結(jié)構(gòu)域由LLLYVDDIL以及TALYVDDIL組成,富含L(亮氨酸),相應(yīng)位置的Y(絡(luò)氨酸)和D(天冬氨酸)是保守氨基酸。Ty1-copia中6條序列出現(xiàn)終止密碼子或者移碼突變,占總序列數(shù)的13.95%。PpRT4、PpRT21在第28位堿基G突變?yōu)門,第30位堿基A突變?yōu)镚,從而形成TAG終止子;PpRT35、PpRT58在第52位堿基C突變?yōu)門,形成TAA終止子;PpRT45第166位堿基C突變成T形成TGA終止子;PpRT49在第46位堿基C突變G,48位堿基A突變G,形成TAG終止子,在第55位堿基G突變成T,形成TGA終止子;PpRT33在第111個(gè)堿基T突變成A,形成TAA終止子。PpRT4在第9個(gè)氨基酸處發(fā)生移碼突變。PpRT4在第43個(gè)氨基酸處有6個(gè)氨基酸序列缺失。
Ty3-gypsy的13條序列中,有7條序列發(fā)生突變,其中REPp 6在第178位堿基C突變成T(圖3),形成TCG終止子;REPp21在第245位堿基G突變?yōu)锳,形成TAA終止子;REPp17在第336位堿基A突變?yōu)镚,形成TAG終止子。REPp6在第79位,REPp7在第37位,REPp21在87位,REPp29在34位氨基酸處移碼突變,REPp5在3′端有明顯的缺失。對(duì)比兩類RT序列突變率發(fā)現(xiàn),Ty1-copia為13.95%,遠(yuǎn)低于Ty3-gypsy的53.84%。BLAST分析表明,所有Ty3-gypsy序列都與其他物種有較高的相似性,尤其與同為薔薇科李亞屬的梅(P.mume)相似性最高。以保守基序?yàn)榛A(chǔ)推測(cè)所得序列開放閱讀框,應(yīng)用軟件Mega6.0對(duì)氨基酸序列進(jìn)行序列相似性計(jì)算和比對(duì),結(jié)果顯示,氨基酸相似性在46.7%~100%之間。比對(duì)結(jié)果(圖3)可以看出,Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子反轉(zhuǎn)錄酶序列上游都存在一個(gè)保守區(qū)域“MCVDY”,這與火龍果(彭磊等,2017)、桂花(王慶竹等,2018)上的研究一致。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]一個(gè)毛竹LTR轉(zhuǎn)座子PHRE9的全長(zhǎng)鑒定與轉(zhuǎn)錄活性分析[J]. 鄭浩,季航,蔣政勤,徐芷馨,周明兵. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2019(04)
[2]桂花LTR類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子RT序列的克隆及分析[J]. 王慶竹,李慧平,文曉鵬,范付華. 園藝學(xué)報(bào). 2018(02)
[3]火龍果Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子反轉(zhuǎn)錄酶序列的克隆及分析[J]. 彭磊,吳艷,劉小翠,楊鵾,范付華,文曉鵬. 果樹學(xué)報(bào). 2017(02)
[4]梨Ty1-copia類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子GAG開放閱讀框預(yù)測(cè)和光響應(yīng)下的表達(dá)分析[J]. 蔣爽,駱軍,孫永旺,蔡丹英,滕元文. 園藝學(xué)報(bào). 2016(08)
[5]植物活性長(zhǎng)末端重復(fù)序列反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子研究進(jìn)展[J]. 梁琳琳,周明兵. 生物工程學(xué)報(bào). 2016(04)
[6]石蒜Ty1-copia類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子反轉(zhuǎn)錄酶基因(RT)的克隆與分析[J]. 周芬靜,高燕會(huì),童再康. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2015(04)
[7]梨反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子逆轉(zhuǎn)錄酶序列預(yù)測(cè)及其進(jìn)化和轉(zhuǎn)錄分析[J]. 蔣爽,蔡丹英,滕元文. 園藝學(xué)報(bào). 2014(11)
[8]脫落酸對(duì)鐵皮石斛Ty1-copia類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)錄活性的影響[J]. 李聰,斯金平,高燕會(huì),朱玉球,蔣園. 中國中藥雜志. 2014(10)
[9]國內(nèi)外歐洲甜櫻桃主產(chǎn)區(qū)生態(tài)氣候比較與分析[J]. 李明,趙改榮,劉聰利,李玉紅. 果樹學(xué)報(bào). 2014(S1)
[10]中國櫻桃遺傳資源多樣性研究進(jìn)展[J]. 黃曉姣,王小蓉,陳濤,陳嬌,湯浩茹. 果樹學(xué)報(bào). 2013(03)
博士論文
[1]桑樹全基因組轉(zhuǎn)座子的鑒定及特征分析[D]. 馬赑.西南大學(xué) 2014
本文編號(hào):3607906
【文章來源】:園藝學(xué)報(bào). 2020,47(02)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:15 頁
【部分圖文】:
Ty1-copia和Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄酶同源序列的PCR擴(kuò)增結(jié)果
氨基酸序列多重序列比對(duì)結(jié)果(圖2)顯示,這些序列具有Ty1-copia RT序列典型的保守結(jié)構(gòu)域,其中RT-BOX2結(jié)構(gòu)域?yàn)門AFFHG,與馬尾松(Fan et al.,2013)、火龍果(范付華等,2012)等物種一致;RT-BOX3結(jié)構(gòu)域由YGLKQAPRXW組成,相應(yīng)位置的L(亮氨酸)、K(賴氨酸)、Q(谷氨酰胺)以及P(脯氨酸)是保守氨基酸;RT-BOX4結(jié)構(gòu)域由LLLYVDDIL以及TALYVDDIL組成,富含L(亮氨酸),相應(yīng)位置的Y(絡(luò)氨酸)和D(天冬氨酸)是保守氨基酸。Ty1-copia中6條序列出現(xiàn)終止密碼子或者移碼突變,占總序列數(shù)的13.95%。PpRT4、PpRT21在第28位堿基G突變?yōu)門,第30位堿基A突變?yōu)镚,從而形成TAG終止子;PpRT35、PpRT58在第52位堿基C突變?yōu)門,形成TAA終止子;PpRT45第166位堿基C突變成T形成TGA終止子;PpRT49在第46位堿基C突變G,48位堿基A突變G,形成TAG終止子,在第55位堿基G突變成T,形成TGA終止子;PpRT33在第111個(gè)堿基T突變成A,形成TAA終止子。PpRT4在第9個(gè)氨基酸處發(fā)生移碼突變。PpRT4在第43個(gè)氨基酸處有6個(gè)氨基酸序列缺失。
Ty3-gypsy的13條序列中,有7條序列發(fā)生突變,其中REPp 6在第178位堿基C突變成T(圖3),形成TCG終止子;REPp21在第245位堿基G突變?yōu)锳,形成TAA終止子;REPp17在第336位堿基A突變?yōu)镚,形成TAG終止子。REPp6在第79位,REPp7在第37位,REPp21在87位,REPp29在34位氨基酸處移碼突變,REPp5在3′端有明顯的缺失。對(duì)比兩類RT序列突變率發(fā)現(xiàn),Ty1-copia為13.95%,遠(yuǎn)低于Ty3-gypsy的53.84%。BLAST分析表明,所有Ty3-gypsy序列都與其他物種有較高的相似性,尤其與同為薔薇科李亞屬的梅(P.mume)相似性最高。以保守基序?yàn)榛A(chǔ)推測(cè)所得序列開放閱讀框,應(yīng)用軟件Mega6.0對(duì)氨基酸序列進(jìn)行序列相似性計(jì)算和比對(duì),結(jié)果顯示,氨基酸相似性在46.7%~100%之間。比對(duì)結(jié)果(圖3)可以看出,Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子反轉(zhuǎn)錄酶序列上游都存在一個(gè)保守區(qū)域“MCVDY”,這與火龍果(彭磊等,2017)、桂花(王慶竹等,2018)上的研究一致。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]一個(gè)毛竹LTR轉(zhuǎn)座子PHRE9的全長(zhǎng)鑒定與轉(zhuǎn)錄活性分析[J]. 鄭浩,季航,蔣政勤,徐芷馨,周明兵. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2019(04)
[2]桂花LTR類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子RT序列的克隆及分析[J]. 王慶竹,李慧平,文曉鵬,范付華. 園藝學(xué)報(bào). 2018(02)
[3]火龍果Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子反轉(zhuǎn)錄酶序列的克隆及分析[J]. 彭磊,吳艷,劉小翠,楊鵾,范付華,文曉鵬. 果樹學(xué)報(bào). 2017(02)
[4]梨Ty1-copia類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子GAG開放閱讀框預(yù)測(cè)和光響應(yīng)下的表達(dá)分析[J]. 蔣爽,駱軍,孫永旺,蔡丹英,滕元文. 園藝學(xué)報(bào). 2016(08)
[5]植物活性長(zhǎng)末端重復(fù)序列反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子研究進(jìn)展[J]. 梁琳琳,周明兵. 生物工程學(xué)報(bào). 2016(04)
[6]石蒜Ty1-copia類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子反轉(zhuǎn)錄酶基因(RT)的克隆與分析[J]. 周芬靜,高燕會(huì),童再康. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2015(04)
[7]梨反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子逆轉(zhuǎn)錄酶序列預(yù)測(cè)及其進(jìn)化和轉(zhuǎn)錄分析[J]. 蔣爽,蔡丹英,滕元文. 園藝學(xué)報(bào). 2014(11)
[8]脫落酸對(duì)鐵皮石斛Ty1-copia類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)錄活性的影響[J]. 李聰,斯金平,高燕會(huì),朱玉球,蔣園. 中國中藥雜志. 2014(10)
[9]國內(nèi)外歐洲甜櫻桃主產(chǎn)區(qū)生態(tài)氣候比較與分析[J]. 李明,趙改榮,劉聰利,李玉紅. 果樹學(xué)報(bào). 2014(S1)
[10]中國櫻桃遺傳資源多樣性研究進(jìn)展[J]. 黃曉姣,王小蓉,陳濤,陳嬌,湯浩茹. 果樹學(xué)報(bào). 2013(03)
博士論文
[1]桑樹全基因組轉(zhuǎn)座子的鑒定及特征分析[D]. 馬赑.西南大學(xué) 2014
本文編號(hào):3607906
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