利用同源序列法根據(jù)Ty1-copia和Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子反轉(zhuǎn)錄酶保守區(qū)設計簡并引物,從中國櫻桃（Prunus pseudocerasus Lindl.）中分別擴增出約260和430 bp的目標片段,并進行克隆、測序、序列分析及轉(zhuǎn)錄活性檢測。共獲得44條Ty1-copia類反轉(zhuǎn)錄酶序列,13條Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄酶序列,序列間顯示高度異質(zhì)性,部分序列存在缺失、終止密碼子及移碼突變。系統(tǒng)發(fā)育樹顯示Ty1-copia可以分為TAR、Ale兩類,Ty3-gypsy可以分為Tat、Reina、Tekay等3類。Ty1-copia和Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄酶dN/dS值均小于1,并且Ty3-gypsy高于Ty1-copia。13條Ty1-copia以及7條Ty3-gypsy反轉(zhuǎn)錄酶序列在櫻桃正常生長條件下均有轉(zhuǎn)錄活性,但不受8種非生物脅迫的誘導。PpRT7在高溫（42℃）脅迫24 h時轉(zhuǎn)錄活性升高,并且具有組織特異性。 

【文章來源】：園藝學報. 2020,47(02)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：15 頁

【部分圖文】：

Ty1-copia和Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄酶同源序列的PCR擴增結(jié)果

氨基酸序列多重序列比對結(jié)果（圖2）顯示，這些序列具有Ty1-copia RT序列典型的保守結(jié)構域，其中RT-BOX2結(jié)構域為TAFFHG，與馬尾松（Fan et al.,2013）、火龍果（范付華等，2012）等物種一致；RT-BOX3結(jié)構域由YGLKQAPRXW組成，相應位置的L（亮氨酸）、K（賴氨酸）、Q（谷氨酰胺）以及P（脯氨酸）是保守氨基酸；RT-BOX4結(jié)構域由LLLYVDDIL以及TALYVDDIL組成，富含L（亮氨酸），相應位置的Y（絡氨酸）和D（天冬氨酸）是保守氨基酸。Ty1-copia中6條序列出現(xiàn)終止密碼子或者移碼突變，占總序列數(shù)的13.95%。PpRT4、PpRT21在第28位堿基G突變?yōu)門，第30位堿基A突變?yōu)镚，從而形成TAG終止子；PpRT35、PpRT58在第52位堿基C突變?yōu)門，形成TAA終止子；PpRT45第166位堿基C突變成T形成TGA終止子；PpRT49在第46位堿基C突變G,48位堿基A突變G，形成TAG終止子，在第55位堿基G突變成T，形成TGA終止子；PpRT33在第111個堿基T突變成A，形成TAA終止子。PpRT4在第9個氨基酸處發(fā)生移碼突變。PpRT4在第43個氨基酸處有6個氨基酸序列缺失。

Ty3-gypsy的13條序列中，有7條序列發(fā)生突變，其中REPp 6在第178位堿基C突變成T（圖3），形成TCG終止子；REPp21在第245位堿基G突變?yōu)锳，形成TAA終止子；REPp17在第336位堿基A突變?yōu)镚，形成TAG終止子。REPp6在第79位，REPp7在第37位，REPp21在87位，REPp29在34位氨基酸處移碼突變，REPp5在3′端有明顯的缺失。對比兩類RT序列突變率發(fā)現(xiàn)，Ty1-copia為13.95%，遠低于Ty3-gypsy的53.84%。BLAST分析表明，所有Ty3-gypsy序列都與其他物種有較高的相似性，尤其與同為薔薇科李亞屬的梅（P.mume）相似性最高。以保守基序為基礎推測所得序列開放閱讀框，應用軟件Mega6.0對氨基酸序列進行序列相似性計算和比對，結(jié)果顯示，氨基酸相似性在46.7%～100%之間。比對結(jié)果（圖3）可以看出，Ty3-gypsy類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子反轉(zhuǎn)錄酶序列上游都存在一個保守區(qū)域“MCVDY”，這與火龍果（彭磊等，2017）、桂花（王慶竹等，2018）上的研究一致。

【參考文獻】：
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本文編號：3607906