基于GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的不明原因復(fù)發(fā)性自然流產(chǎn)患者子宮內(nèi)膜差異基因篩選及其生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-12-18 04:31
目的探討不明原因復(fù)發(fā)性自然流產(chǎn)(URSA)患者子宮內(nèi)膜差異基因篩選及其相關(guān)信號(hào)通路及生物學(xué)過(guò)程。方法在基因表達(dá)總覽(GEO)數(shù)據(jù)庫(kù)中,以"recurrent spontaneous abortion""recurrent pregnancy loss""endometrium""homo sapiens"為關(guān)鍵詞,檢索URSA患者子宮內(nèi)膜基因芯片數(shù)據(jù)集。利用R語(yǔ)言對(duì)URSA患者子宮內(nèi)膜基因芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,篩選差異基因,并對(duì)不同芯片數(shù)據(jù)集間差異基因取交集,獲得共同差異基因。利用David數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)共同差異基因的基因本體(GO)及京都基因與基因組百科全書(shū)(KEGG)信號(hào)通路進(jìn)行富集分析。利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)這些基因數(shù)據(jù)集的差異基因編碼蛋白的蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行構(gòu)建,并采用Cytoscape軟件(v3.0)進(jìn)行可視化。結(jié)果 (1)本研究獲得GSE26787和GSE65099共計(jì)2個(gè)URSA患者子宮內(nèi)膜基因數(shù)據(jù)集,對(duì)這2個(gè)數(shù)據(jù)集差異基因取交集,最終獲得23個(gè)共差異基因,其中上調(diào)基因?yàn)?9個(gè),分別為ADM2、SH3D21、FGFR4、SULT2B1、NRG2、SERPIN...
【文章來(lái)源】:中華婦幼臨床醫(yī)學(xué)雜志(電子版). 2020,16(05)
【文章頁(yè)數(shù)】:7 頁(yè)
【部分圖文】:
GSE26787數(shù)據(jù)集差異表達(dá)基因熱圖
GSE65099數(shù)據(jù)集差異表達(dá)基因熱圖
GSE26787和GSE65099數(shù)據(jù)集差異基因PPI網(wǎng)絡(luò)圖
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]The present and future of whole-exome sequencing in studying and treating human reproductive disorders[J]. Wei Guo,Xiaohui Zhu,Liying Yan,Jie Qiao. Journal of Genetics and Genomics. 2018(10)
[2]復(fù)發(fā)性自然流產(chǎn)夫婦的病因分析[J]. 符梅,徐克惠. 中華婦幼臨床醫(yī)學(xué)雜志(電子版). 2016(04)
[3]不明原因復(fù)發(fā)性流產(chǎn)發(fā)病機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 馬韻,鄭梅玲. 中華婦幼臨床醫(yī)學(xué)雜志(電子版). 2016(02)
本文編號(hào):3541636
【文章來(lái)源】:中華婦幼臨床醫(yī)學(xué)雜志(電子版). 2020,16(05)
【文章頁(yè)數(shù)】:7 頁(yè)
【部分圖文】:
GSE26787數(shù)據(jù)集差異表達(dá)基因熱圖
GSE65099數(shù)據(jù)集差異表達(dá)基因熱圖
GSE26787和GSE65099數(shù)據(jù)集差異基因PPI網(wǎng)絡(luò)圖
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]The present and future of whole-exome sequencing in studying and treating human reproductive disorders[J]. Wei Guo,Xiaohui Zhu,Liying Yan,Jie Qiao. Journal of Genetics and Genomics. 2018(10)
[2]復(fù)發(fā)性自然流產(chǎn)夫婦的病因分析[J]. 符梅,徐克惠. 中華婦幼臨床醫(yī)學(xué)雜志(電子版). 2016(04)
[3]不明原因復(fù)發(fā)性流產(chǎn)發(fā)病機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 馬韻,鄭梅玲. 中華婦幼臨床醫(yī)學(xué)雜志(電子版). 2016(02)
本文編號(hào):3541636
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