LTR類反轉(zhuǎn)座子在植物基因組的豐度、進化、結(jié)構(gòu)和功能上起到了重要的作用。檉柳（Tamarix chinensis Lour.）作為一種優(yōu)秀的耐鹽堿耐旱的生態(tài)修復(fù)植物,其LTR類反轉(zhuǎn)座子的研究未見報道。本實驗以檉柳為實驗材料,利用CTAB法提取DNA,利用簡并引物對LTR類反轉(zhuǎn)座子反轉(zhuǎn)錄酶序列進行擴增并進行擴增子測序。分別得到93602條Ty1-copia反轉(zhuǎn)座子的RT序列,121185條Ty3-gypsy反轉(zhuǎn)座子的RT序列。經(jīng)篩選后序列進行相似度93%的聚類分析,最終獲得具有反轉(zhuǎn)座子代表性的Ty1-copia反轉(zhuǎn)座子RT核苷酸序列629個,命名為TCcopia1^TCcopia629;Ty3-gypsy反轉(zhuǎn)座子RT核苷酸序列607個,命名為TCgypsy1^TCgypsy607。Ty1-copia反轉(zhuǎn)座子RT核苷酸序列的長度為261bp²91bp,Ty3-gypsy反轉(zhuǎn)座子RT核苷酸序列的長度為390bp⁴74bp,二者皆富含AT序列,Ty1-copia反轉(zhuǎn)座子RT核苷酸序列的AT/GC值在1.09

【文章來源】：遼寧大學(xué)遼寧省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

反轉(zhuǎn)座子主要類型及其基因結(jié)構(gòu)

第1章前言9圖1-2小麥，水稻和擬南芥52個copia家族的系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.1-2Phylogenetictreesof52copiafamiliesinwheat,riceandArabidopsisthaliana注：擬南芥科家族用紅色表示，水稻家族用藍色表示，小麥家族用綠色表示。子家族在名稱末尾用大寫字母表示。黑色大寫字母表示引物結(jié)合位點(PBS)和多嘌呤序列(PPT)的類型。星號表示由于篇幅限制而省略的其他近親家族的存在。在這些情況下，拷貝數(shù)是指所有被代表的家系的總數(shù)。分叉處的Bootstrap數(shù)字表示分叉右側(cè)的序列在同一組100棵樹中出現(xiàn)

第3章結(jié)果與分析18第3章結(jié)果與分析3.1DNA質(zhì)量檢測CTAB法成功提取檉柳基因組DNA，經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳檢測顯示，DNA譜帶清晰、帶型整齊、無拖尾現(xiàn)象，純度大于50ng/μL，表明純度較高，能夠滿足實驗要求（圖3-1）。圖3-1檉柳DNA檢測Fig.3-1DNAdetectionofTamarixchinensis注：0.5:5ng/μLλDNA；1:10ng/μLλDNA；2:20ng/μLλDNA；3:30ng/μLλDNA；4:40ng/μLλDNA；5:50ng/μLλDNA3.2LTR反轉(zhuǎn)座子RT序列PCR擴增結(jié)果3.2.1Ty1-copia反轉(zhuǎn)座子RT序列擴增結(jié)果通過簡并引物進行PCR擴增，在檉柳中擴增出的Ty1-copia類反轉(zhuǎn)座子的RT序列，大小約為280bp，與前人報道一致[64]。說明這套引物序列適用于檉柳基因組中Ty1-copia反轉(zhuǎn)座子RT序列的擴增。并且擴增產(chǎn)物條帶清晰、亮度集中，無非特異擴增，可用于隨后的擴增子測序。（圖3-2）


本文編號：3528013