列當科（Orobanchaceae）肉蓯蓉屬（Cistoanche）植物是我國植物資源中的重要類群,目前我國肉蓯蓉相關產品的年銷售額已突破億元,肉蓯蓉產業(yè)已形成一定規(guī)模,并成為西部經濟發(fā)展的重要組成部分。葉綠體作為植物進行光合作用和能量轉化的細胞器,在維持地球生物的生存上有著重要作用。肉蓯蓉屬植物分類混亂,我國分類學家對于肉蓯蓉屬的分類意見各不相同。為了更好的對肉蓯蓉屬植物分類鑒別提供組學參考數據,本文對生長于我國西北部地區(qū)的肉蓯蓉屬四個寄生性物種,肉蓯蓉（Cistanche deserticola）、管花肉蓯蓉（Cistanche tubulosa）、鹽生肉蓯蓉（Cistanche salsa）和沙蓯蓉（Cistanche sinensis）進行了葉綠體全基因組測序、組裝和分析。結合從GenBank下載的同屬植物Cistanche phelypaea（NC₀25642.1）進行了系統(tǒng)發(fā)育、分化時間和分子標記分析。結果:①肉蓯蓉屬四個植物的葉綠體基因組為典型的環(huán)形四分狀結構。②葉綠體基因組大小依次為肉蓯蓉109 495 bp,管花肉蓯蓉75 375 bp,鹽生肉蓯... 

【文章來源】：北京協(xié)和醫(yī)學院北京市 211工程院校 985工程院校

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圖２引物設計位點詳情圖??Ｆｉｇｕｒｅ?２?Ｐｒｉｍｅｒ?ｄｅｓｉｇｎ?ｓｉｔｅ?ｄｅｔａｉｌ?ｍａｐ??表３引物設計（其中ＩＤ１－４為肉蓯蓉邊界驗證設計的引物：６－９為管花肉蓯蓉；??－

本研宄利用基因轉錄時非編碼區(qū)不轉錄的原理，對肉蓯蓉葉綠體基因組中的基??因進行了基因邊界區(qū)的ｊｕｎｃｔｉｏｎ?ｒｅａｄｓ驗證，主要針對含有內含子（ｉｎｔｒｏｎ）的基因??邊界驗證（ｅｘｏｎ、ｉｎｔｒｏｎ驗證）。原理如圖３。由于測序的四個物種均為肉灰蓉屬植??物，故本文僅對用于葉綠體基因組分析的肉蓯蓉同株植物進行了二代轉錄組測序，??并用于基因邊界校正，其余三個物種以校正好的基因作為參考進行校正。??圖３所示表明，當一個含有內含子的基因在轉錄時，內含子（ｉｎｔｒｏｎ）部分不??會隨著外顯子（Ｅｘｏｎ）部分一起轉錄，所以可以利用ＤＮＡ序列與ｍＲＮＡ序列進行??對比，根據對比結果精確地校正基因的邊界，校正效果良好，尤其是對含有內含子??的基因來說。??ＤＮＡ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?Ｅｘｏｎ?１?ｌｎｔｒｏｎ?Ｅｘｏｎ２?＊＊??ｍＲＮＡ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?—務?Ｅｘｏｎ］?Ｅｘｏｎ２??圖３?ＤＮＡ、ＲＮＡ轉錄示意圖，ｍＲＮＡ－ｓｅｑ用于驗證基因邊界的原理。??Ｆｉｇｕｒｅ?３?ＤＮＡ，?ｍＲＮＡ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ?ｍａｐ，?ｔｈｅ?ｐｒｉｎｃｉｐｌｅ?ｏｆ?ｕｓｉｎｇ?ｍＲＮＡ－ｓｅｑ?ｔｏ?ｖｅｒｉｆｙ??ｔｈｅ?ｇｅｎｅ?ｂｏｕｎｄａｒｉｅｓ．??２結果與討論??２．１葉綠體基因組組裝??通過對肉蓯蓉屬四個植物進行拼接組裝后

對肉蓯蓉屬四個寄生植物葉綠體基因組進行拼接組裝后，我們利用ＰＣＲ、ｓａｎｇｅｒ??測序對拼接正確性進行了驗證。測序結果顯示，拼接無誤。現(xiàn)將ＰＣＲ產物膠圖列出，??見圖５。其中使用Ｍａｒｋｅｒ大小為２?０００?ｂｐ，ｌ－４號代表肉蓯蓉的四個邊界，６－９號代??表管花肉蓯蓉，１１－１４號代表沙蓯蓉，１６－１９號代表鹽生肉蓯蓉，該順序與引物設計??時使用順序一致，可參考圖２。??Ｃ．?ｄｅｓｅｒｔｉｃｏｌａ?Ｃ．?ｔｕｂｕｌｏｓａ?Ｃ．?ｓｉｎｅｎｓｉｓ?Ｃ．?ｓａｌｓａ??Ｍ?１?１?２?３?４?｜?６?７?８?９?１１?１２?１３?１４?｜ｌ５?１６?１７?１８?Ｎ??Ｅ部交??圖５?ＰＣＲ產物膠圖。其中使用Ｍａｒｋｅｒ大小為２?０００?ｂｐ，ｌ－４泳道代表肉蓯蓉的四??個邊界，６－９泳道代表管花肉灰蓉，１１－１４泳道代表沙蓯蓉，１６－１９泳道代表鹽生肉??蓯蓉。Ｎ代表陰性對照結果??Ｆｉｇｕｒｅ?５?ＰＣＲ?ｐｒｏｄｕｃｔ?ｇｅｌ?ｍａｐ．?Ｍａｒｋｅｒ?ｓｉｚｅ?ｏｆ?２?０００?ｂｐ，?ｌａｎｅ?１－４：?Ｃ．?ｄｅｓｅｒｔｉｃｏｌａ＾??ｌａｎｅ?６－９：?Ｃ．?ｔｕｂｕｌｏｓａ；?ｌａｎｅ?１１－１４：?Ｃ．?ｓｉｎｅｎｓｉｓ；?ｌａｎｅ?１６－１９：?Ｃ．?ｓａｌｓａ．?Ｎ：?ｎｅｇａｔｉｖｅ?ｒｅｓｕｌｔ??２６??

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3501868