背景和目的:結(jié)直腸癌是全球第三大常見惡性腫瘤。在中國,直腸癌的發(fā)病率約占結(jié)直腸癌總發(fā)病率的60%,且其臨床預(yù)后較差。這項(xiàng)研究通過生物信息學(xué)技術(shù)分析找出直腸癌中的差異表達(dá)基因,為直腸癌提供新的治療靶點(diǎn)。材料和方法:從GEO數(shù)據(jù)庫下載GSE20842、GSE136735、GSE139814基因芯片數(shù)據(jù)集,通過GEO2R獲得直腸癌中的差異表達(dá)基因,使用R包c(diǎn)luster Profiler完成所選差異基因的GO分析和KEGG通路分析并用于解釋差異表達(dá)基因的富集。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)由STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建,使用Cytoscape軟件來篩選蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)中的核心網(wǎng)絡(luò)基因,并在TCGA數(shù)據(jù)庫中驗(yàn)證其差異表達(dá)情況。結(jié)果:本實(shí)驗(yàn)共發(fā)現(xiàn)379個差異表達(dá)基因,其中有376個基因具有相同的表達(dá)趨勢,包括179個上調(diào)基因和197個下調(diào)基因（調(diào)整后p<0.05并且|log2 FC|>2）。通過GO富集分析（p<0.05）發(fā)現(xiàn)他們主要參與膠原分解代謝過程、炎癥反應(yīng)、中性粒細(xì)胞的趨化性、碳酸氫鹽運(yùn)輸、一碳代謝過程等生物學(xué)過程。分子功能主要包括趨化因子受體結(jié)合、絲氨酸型內(nèi)肽酶活性、趨化因子活... 

【文章來源】：大連醫(yī)科大學(xué)遼寧省

【文章頁數(shù)】：47 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

GO和KEGG分析結(jié)果

大連醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文152.4差異表達(dá)基因的蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)分析機(jī)體功能的實(shí)現(xiàn)是多個蛋白相互作用的結(jié)果，我們使用STRING數(shù)據(jù)庫對直腸癌中的DEGs表達(dá)產(chǎn)物構(gòu)建蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)，該網(wǎng)絡(luò)由101個節(jié)點(diǎn)蛋白和385個邊構(gòu)成（圖3）。利用Cytohubba（Cytoscape中的軟件）獲得了PPI網(wǎng)絡(luò)中連接程度排在前15位的核心基因，該網(wǎng)絡(luò)由15個節(jié)點(diǎn)和121個邊組成（圖4），這15個基因分別是TIMP1，GCG，MMP7，MMP3，CHGA，SNAI1，SST，CXCL2，SAA1，THBS2，CHGB，PYY，SCG2、ACAN，KRT20。篩選出的15個核心基因的連接程度（degreeofconnectivity）和P值見表5。圖3.差異基因的編碼蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)（PPI網(wǎng)絡(luò)圖）

大連醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文16圖4.Cytohubba（Cytoscape中的軟件）確認(rèn)的前15個核心基因，顏色越深，表示其連接程度（Degreeofconnectivity）越高表5.15個核心基因的列表GeneDegreeofconnectivityPvalueTIMP1162.84E-36GCG162.50E-44MMP7122.65E-44MMP3111.54E-39CHGA113.21E-32SNAI1112.25E-34SST101.65E-38CXCL2101.84E-33SAA194.24E-38THBS284.80E-41CHGB83.34E-40PYY81.24E-43SCG274.38E-48ACAN71.40E-49KRT2072.84E-362.5核心基因表達(dá)情況驗(yàn)證將本實(shí)驗(yàn)篩選出的15個核心基因通過R語言程序包分析其在TCGA數(shù)據(jù)庫中的表達(dá)情況，認(rèn)為P＜0.05有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，從而進(jìn)一步篩選出4個核心基因MMP3、CXCL2、ACAN、TIMP1，并且這4個核心基因在直腸癌組織中高表達(dá)（圖5）。


本文編號：3500911