假小鏈雙歧桿菌（Bifidobacterium pseudocatenulatum）是健康成人腸道內(nèi)的優(yōu)勢雙歧桿菌,并在各個年齡段人群中普遍存在,菌種資源豐富。該菌種的多個菌株已被證明具有改善糖脂代謝、調(diào)節(jié)機體免疫、改善焦慮及抑郁的益生功能。另外,該菌種也具有作為食品工業(yè)工程菌的潛力,如產(chǎn)共軛亞麻酸、植酸酶等。盡管該菌種中的多個菌株具有益生功能,但是目前幾乎沒有該菌種遺傳多樣性及進化關(guān)系的研究。大部分的研究都集中在個別菌株對疾病的預(yù)防及緩解上,但其對于健康宿主的影響未見報道�；谝陨涎芯勘尘�,本研究從中國健康人群和動物糞便樣品中分離得到88株假小鏈雙歧桿菌,經(jīng)過Illumina Hiseq二代測序平臺獲得基因組草圖,采用比較基因組手段分析該菌種遺傳多樣性及進化親緣關(guān)系;選擇位于不同進化簇的菌株進行動物實驗,探究具有不同進化距離的假小鏈雙歧桿菌對健康宿主腸道微生態(tài)的影響,為該菌種的應(yīng)用開發(fā)提供理論依據(jù)和數(shù)據(jù)支持。88株假小鏈雙歧桿菌的基因組分析結(jié)果表明:中國來源的假小鏈雙歧桿菌與NCBI數(shù)據(jù)庫中國外假小鏈雙歧桿菌在GC含量、基因組大小、開放閱讀框數(shù)量、tRNA數(shù)量上一致。系統(tǒng)進化樹的結(jié)果... 

【文章來源】：江南大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

8株假小鏈雙歧桿菌泛基因組和核心基因組曲線圖

江南大學(xué)碩士學(xué)位論文16圖3-288株假小鏈雙歧桿菌的核心基因和特異基因Fig.3-2Coregenesanduniquegenesof88B.pseudocatenulatumstrains提取研究菌株的核心基因進行COG注釋分析發(fā)現(xiàn)（圖3-3）：假小鏈雙歧桿菌的核心基因功能可分為21大類，大部分基因參與了細胞的重要生命活動，對維持菌株生存至關(guān)重要，核心功能統(tǒng)計結(jié)果和雙歧桿菌屬的研究相似[80]。其中。參與重要物質(zhì)新陳代謝過程（氨基酸、碳水化合物、核苷酸等）的共享基因數(shù)量最多，約占核心基因組的40%；其次是參與翻譯和核糖體生物合成的基因，約占核心基因組的17%。此外，還有部分未知功能的核心基因被發(fā)現(xiàn)。通過進一步注釋分析發(fā)現(xiàn)，這些基因類似于前噬菌體片段或者其他基因移動元件，反映了基因水平轉(zhuǎn)移對菌種進化過程的重要促進作用[81]。

江南大學(xué)碩士學(xué)位論文18得到的菌株基本散亂分布在其他各簇，這可能是由于西北地區(qū)獨特的飲食習慣導(dǎo)致。除此之外，假小鏈雙歧桿菌菌株的進化遺傳關(guān)系與宿主年齡、性別無關(guān)。綜上可知，基于直系同源基因構(gòu)建的進化樹用于菌種鑒定具有較強的準確性。對于假小鏈雙歧桿菌，地域?qū)ζ溥z傳進化可能產(chǎn)生一定影響，而菌株之間的親緣關(guān)系和宿主年齡、性別無關(guān)。最后推測菌株的進化親緣關(guān)系可能還是由宿主的飲食差異決定[82]。圖3-4基于直系同源基因的系統(tǒng)發(fā)育進化樹Fig.3-4Phylogenetictreebasedonorthologousgenes注：紅色圓圈的大小代表年齡，圓圈越大，年齡越大；藍色實心正方形代表男性，藍色空心正方形代表女性。3.2.4碳水化合物活性酶基因分析有研究表明[83,84]，雙歧桿菌對于碳水化合物的廣泛利用是它得以在人體腸道定植的主要原因。可以說，對多種底物的優(yōu)良代謝能力是雙歧桿菌區(qū)別于其他菌種最主要的特征。為了探究假小鏈雙歧桿菌菌種對于碳源利用的共性以及不同分離源菌株的碳源利用差異，我們基于CAZy數(shù)據(jù)庫對88個菌株進行了注釋分析，繪制了菌株碳水化合物活

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
[1]格氏乳桿菌與副格氏乳桿菌的篩選、基因組比較及安全性評價[D]. 周興雅.江南大學(xué) 2019
[2]產(chǎn)細菌素乳酸菌對小鼠腸道微生態(tài)的影響[D]. 俞赟霞.江南大學(xué) 2018



本文編號：3462782