發(fā)布時(shí)間：2021-08-13 20:59

　　葉綠體基因組是植物全基因組的重要組成部分,它的保守性及低堿基替換率讓其廣泛運(yùn)用于植物的系統(tǒng)進(jìn)化、物種鑒定等研究中。木蘭科植物大多具有優(yōu)良的觀賞價(jià)值,對(duì)其葉綠體基因組的研究有利于木蘭科內(nèi)種間關(guān)系及物種鑒定研究。本論文通過(guò)比較21個(gè)木蘭科植物葉綠體基因組全序列的組成與結(jié)構(gòu)、序列相似性等,研究了木蘭科葉綠體基因組的結(jié)構(gòu)變異;在此基礎(chǔ)上通過(guò)比較屬間、亞屬間及物種間三個(gè)分類水平上存在的大量微結(jié)構(gòu)變化,探討其在不同分類等級(jí)上的分布規(guī)律。同時(shí)鑒于國(guó)際通用條形碼在木蘭科中鑒定力有限,本研究對(duì)如何篩選出符合DNA條形碼要求的高分辨率基因片段進(jìn)行了初步探索,為后續(xù)木蘭科DNA條形碼研究提供參考,主要研究?jī)?nèi)容和結(jié)果如下:（1）木蘭科葉綠體基因組是典型的雙鏈環(huán)狀四分體結(jié)構(gòu),葉綠體基因組長(zhǎng)度在159,429-160,183 bp之間,共編碼112個(gè)不同的基因,其中79個(gè)蛋白編碼基因,29個(gè)tRNA和4個(gè)rRNA,基因內(nèi)容和基因順序完全一致,沒(méi)有發(fā)生基因重排,通過(guò)序列相似性比較未發(fā)現(xiàn)1kb以上的結(jié)構(gòu)變異。（2）在基因區(qū)統(tǒng)計(jì)到微結(jié)構(gòu)變異即序列多態(tài)主要形式有單堿基突變、插入/缺失以及簡(jiǎn)單重復(fù)序列三種。其中單堿基變異的... 

【文章來(lái)源】：浙江農(nóng)林大學(xué)浙江省

【文章頁(yè)數(shù)】：72 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

木蘭科葉綠體基因組結(jié)構(gòu)圖

18圖 2.3 21 個(gè)木蘭科葉綠體基因組的 LSC 區(qū)、SSC 區(qū)和 IR 區(qū)的結(jié)構(gòu)圖Figure 2.3 Comparison of junctions between the LSC, SSC and IR regions among 21 Magnoliaceae species注：ψ表示假基因SSC-IRB 邊界位于 ycf1 基因中，并延伸至 IRB 區(qū)域，IRB-LSC 邊界位于 rpl2 和trnH 之間，所有 21 個(gè)種的 trnH 與 IRB-LSC 邊界之間的距離范圍為 9 bp-36 bp 不等。

trnH-psbA 達(dá)到了 52.38%�；� rbcL 構(gòu)建的 NJ 樹(shù)中，有 10 個(gè)種并沒(méi)有正確鑒定出是所有三個(gè)片段中未正確鑒定物種最多的一個(gè)片段，同時(shí) rbcL 也是鑒定成功率最低的一個(gè)片段，僅僅達(dá)到 33.33% （圖 3.2）�；� matK 構(gòu)建的 NJ 樹(shù)中，有 4 個(gè)種并沒(méi)有正確鑒定出，是所有三個(gè)片段中正確鑒定物種最多的，并且鑒定成功率和trnH-psbA 相同，都為 52.38% （圖 3.3）。所有沒(méi)有正確鑒定出的物種中，次數(shù)最多的為荷花玉蘭（Magnolia grandiflora）華蓋木（Magnolia sinica）、云南擬單性木蘭（Magnolia yunnanensis）、單性木蘭（Magnolia kwangsiensis）四個(gè)物種，它們?cè)谌齻�(gè)片段構(gòu)建的 NJ 樹(shù)中都沒(méi)有歸入符合木蘭科分類系統(tǒng)的位置中。鑒定成功率中，除了柳葉木蘭（Magnolia salicifolia）、武當(dāng)木蘭（Magnolisprengeri）、溜葉含笑（Magnolia laevifolia）、觀光木（Michelia odora）、香木蓮（Magnoliaromatica）、桂南木蓮（Magnolia conifera）、大葉木蓮（Magnolia dandyi）、川滇木蓮（Magnolia duclouxii）、蒼背木蓮（Magnolia glaucifolia）和荷花玉蘭（Magnoligrandiflora）外，其他 11 個(gè)物種均以 60-100 的靴帶值被鑒定出來(lái)。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]高通量測(cè)序技術(shù)的研究進(jìn)展[J]. 李妍,徐興祥.  中國(guó)醫(yī)學(xué)工程. 2019(03)
[2]基于DNA條形碼技術(shù)的民族藥紫丹參及其近緣種鑒定研究[J]. 段寶忠,李巍,鄧海星,蘭竹慧,吳中相,羅曉芳,Leslaw.Mleczko.  中草藥. 2019(05)
[3]基于ITS2序列鑒別中藥材鉤藤及其同屬近緣混偽品[J]. 姚能,胡超逸,魏一丁,鄭雅涵,胡志剛.  時(shí)珍國(guó)醫(yī)國(guó)藥. 2019(02)
[4]基于psbA-trnH序列條形碼鑒定21份枸杞屬植物[J]. 萬(wàn)如,王亞軍,安巍,李彥龍,秦墾,趙建華,馬婷慧,石志剛.  江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(01)
[5]系統(tǒng)基因組學(xué)在中藥研究中的應(yīng)用[J]. 劉義飛,胡志剛,徐江,陳士林.  中國(guó)中藥雜志. 2019(05)
[6]基于DNA條形碼ITS2序列的野菊及其易混品鑒定研究[J]. 陳芙蓉,汪濤,郭巧生,朱再標(biāo),鄒慶軍,貴書(shū)琪,趙舒藝.  中國(guó)中藥雜志. 2019(04)
[7]DNA測(cè)序技術(shù)[J]. 董天宇.  當(dāng)代化工研究. 2018(11)
[8]野生櫻桃李的DNA條形碼基因篩選與評(píng)價(jià)[J]. 張娜,乾義柯,賈風(fēng)勤,焦子偉,張祥林.  植物檢疫. 2018(03)
[9]DNA條形碼分析方法研究進(jìn)展[J]. 楊倩倩,劉蘇汶,俞曉平.  應(yīng)用生態(tài)學(xué)報(bào). 2018(03)
[10]藥用植物DNA條形碼鑒定研究進(jìn)展[J]. 蔡金龍,謝世清,張廣輝,劉濤,楊生超,陳軍文.  植物科學(xué)學(xué)報(bào). 2017(03)

博士論文
[1]柑橘亞科植物系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)及野生枸櫞、宜昌橙譜系地理學(xué)研究[D]. 楊曉明.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]杜仲基因組分析及適應(yīng)性和橡膠生物合成的分子基礎(chǔ)研究[D]. 王淋.中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院 2017
[3]蒙古黃芪葉綠體基因組研究[D]. 雷萬(wàn)鈞.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[4]植物細(xì)胞器基因組變異與進(jìn)化機(jī)制研究[D]. 王碩.昆明理工大學(xué) 2016
[5]崇明東灘蘆葦?shù)目寺《鄻有约捌鋵?duì)生態(tài)系統(tǒng)功能的影響[D]. 于碩.華東師范大學(xué) 2014
[6]青藏高原東緣兩類典型土著動(dòng)物種群遺傳結(jié)構(gòu)分析[D]. 蘇軍虎.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[7]燈盞細(xì)辛血管保護(hù)作用及南方紅豆杉等葉綠體基因組研究[D]. 李卿.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2011

碩士論文
[1]丹霞梧桐EST-SSR標(biāo)記位點(diǎn)開(kāi)發(fā)及其群體遺傳結(jié)構(gòu)分析[D]. 陳璐.中南林業(yè)科技大學(xué) 2018
[2]五味子科藥用植物葉綠體基因組學(xué)研究與內(nèi)南五味子的分子鑒定[D]. 郭豪杰.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2017
[3]廣東桑和魯桑葉綠體基因組高通量測(cè)序及基因注釋分析[D]. 李巧麗.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2017
[4]紫花苜蓿和箭筈豌豆葉綠體全基因組研究[D]. 陶曉麗.蘭州大學(xué) 2017
[5]里白科及其近緣類群的系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)研究[D]. 舒江平.上海師范大學(xué) 2017
[6]基于第二代高通量測(cè)序的荷花玉蘭葉綠體全基因組研究[D]. 高歡歡.湖北中醫(yī)藥大學(xué) 2013
[7]基于微衛(wèi)星標(biāo)記與形態(tài)數(shù)據(jù)的秦嶺地區(qū)日本弓背蟻種群分化和生物地理學(xué)研究[D]. 王志存.陜西師范大學(xué) 2008



本文編號(hào)：3341127