通過(guò)分析灰毛漿果楝葉綠體基因組密碼子的使用特征,探討影響其密碼子使用偏性的主要因素。從灰毛漿果楝葉綠體基因組中篩選出54條編碼序列（CDS）,利用Codon W 1.4.2和CUSP軟件計(jì)算不同基因密碼子各位置的GC含量,以明確灰毛漿果楝葉綠體基因組密碼子的使用偏性規(guī)律。結(jié)果顯示:灰毛漿果楝葉綠體基因組密碼子第3位堿基的GC含量為28.95%,即第3位密碼子富含A和U,有效密碼子數(shù)(N_ec)在34.60～61.00之間,N_ec值大于45的CDS有39個(gè);相對(duì)同義密碼子使用度(U_RSC)值大于1的密碼子有29個(gè),其中16個(gè)以U結(jié)尾,12個(gè)以A結(jié)尾;中性繪圖分析結(jié)果顯示GC₁₂和GC₃的相關(guān)系數(shù)為0.098 4,相關(guān)性不顯著,回歸系數(shù)（對(duì)角線斜率）為0.137 9;基因N_ec比值大多數(shù)分布在-0.05～0.05區(qū)間外,即大部分基因N_ec值與預(yù)期值差距較大;相關(guān)關(guān)系分析顯示,GC₃與GC₁、 GC... 

【文章來(lái)源】：森林與環(huán)境學(xué)報(bào). 2020,40(02)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：8 頁(yè)

【部分圖文】：

密碼子使用的中性繪圖分析

將灰毛漿果楝葉綠體基因組中的54個(gè)編碼基因作為一個(gè)整體在Codon W 1.4.2軟件上運(yùn)行，以Nec值為標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行排序，選擇兩極5%的構(gòu)建高表達(dá)和低表達(dá)基因庫(kù)，分別對(duì)兩個(gè)庫(kù)中的密碼子計(jì)算URSC值，再統(tǒng)計(jì)各基因ΔURSC值（表5），篩選得到0.08≤ΔURSC<0.30的密碼子，含UUC、UUG和CUA等26個(gè)高表達(dá)優(yōu)越密碼子（在表5中用*表示），其中6個(gè)以A結(jié)尾、9個(gè)以U結(jié)尾、2個(gè)以G結(jié)尾和9個(gè)以C結(jié)尾；0.30≤ΔURSC<0.50的有9個(gè)，ΔURSC≥0.50的有5個(gè)。結(jié)合高頻密碼子和高表達(dá)優(yōu)越密碼子，將同時(shí)滿足2種條件的密碼子確定為灰毛漿果楝葉綠體基因組的最優(yōu)密碼子，即可最終確定GUU、GUA、UCU、AGU、CCU、ACU、GGU、GCU、CAA、AAA、UGU、AGA和AUU，且全部以A或U結(jié)尾，其中9個(gè)以U結(jié)尾，4個(gè)以A結(jié)尾。3 討論與結(jié)論

密碼子使用的有效密碼子數(shù)繪圖分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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