發(fā)布時間：2021-06-22 19:52

　　糖外排轉(zhuǎn)運蛋白（Sugars will eventually be exported transporters, SWEETs）在植物生理活動和發(fā)育過程中起重要作用。為探究SWEET基因家族在毛竹（Phyllostachys edulis）的生長發(fā)育過程中起的作用,基于毛竹基因組數(shù)據(jù),通過生物信息學(xué)方法對SWEET基因家族成員進行鑒定,并對其編碼的蛋白質(zhì)理化性質(zhì)、系統(tǒng)進化及共線性關(guān)系、基因結(jié)構(gòu)、啟動子元件及表達模式、蛋白互作網(wǎng)路分析、GO注釋等進行細致分析。研究結(jié)果表明:該家族基因結(jié)構(gòu)、基序和結(jié)構(gòu)域相對保守,所有成員均含有MtN3_slv結(jié)構(gòu)域。上游啟動子序列中含有多個同非生物脅迫以及生長發(fā)育相關(guān)元件,結(jié)合轉(zhuǎn)錄組表達量分析顯示,多個家族成員在毛竹不同組織器官均有表達。共線性分析揭示毛竹SWEET家族在演化過程中存在全基因組多倍化事件。蛋白互作網(wǎng)路分析挖掘出2個重要核心家族成員,GO注釋分析進一步證實毛竹SWEET主要負責(zé)體內(nèi)糖類物質(zhì)的轉(zhuǎn)運。以上結(jié)果為毛竹SWEET基因功能鑒定提供了重要參考,對于毛竹快速生長分子機制研究打下了基礎(chǔ)。 

【文章來源】：生物信息學(xué). 2020,18(04)

【文章頁數(shù)】：11 頁

【部分圖文】：

毛竹SWEET基因家族啟動子區(qū)順式作用元件及基因結(jié)構(gòu)圖

利用分子互作網(wǎng)絡(luò)檢索工具 STRING 數(shù)據(jù)庫預(yù)測SWEET基因家族的蛋白互作特性(見圖4)。整個蛋白互作網(wǎng)絡(luò)共有9個節(jié)點,節(jié)點間存在18組蛋白互作關(guān)系。如圖可知,每個蛋白節(jié)點與其他蛋白節(jié)點都有一定的互作關(guān)系,其中PeSWEET12、PeSWEET15位于整個SWEET基因家族蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的中心,分別與7個家族成員蛋白產(chǎn)生相互作用。圖3 毛竹SWEET基因家族結(jié)構(gòu)域分析和保守元件分析

毛竹SWEET基因家族結(jié)構(gòu)域分析和保守元件分析

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3243439