發(fā)布時(shí)間：2021-06-16 12:45

　　甲型流感病毒（influenza A virus,IAV）可引起人和多種動物感染發(fā)病。IAV的多樣性和分布特征非常復(fù)雜,揭示IAV的多樣性和分布特征有助于分析IAV疫情狀況和風(fēng)險(xiǎn),闡明IAV的流行規(guī)律,以及預(yù)測IAV疫情發(fā)展態(tài)勢。十年前,IAV的多樣性和分布特征曾被全面解析。但是近十年來,新增了數(shù)萬株IAV的基因序列,同時(shí)有些IAV基因的舊序列已被修訂。這些新增和修訂的毒株可能代表了一些新的分支或亞分支。并且,近十年計(jì)算機(jī)運(yùn)算能力也顯著增強(qiáng),為系統(tǒng)運(yùn)算更多、更新、更準(zhǔn)確的IAV序列提供了工具。鑒于上述背景,本研究旨在重新全景式地解析了IAV多樣性和分布特征,以完善了人們對IAV多樣性和分布特征的認(rèn)識。在本研究中,將主要在禽、人、豬、馬和犬群體中流行的IAV,分別命名為禽流感病毒（AIV）、人流感病毒（Hu IV）、豬流感病毒（SIV）、馬流感病毒（EIV）、犬流感病毒（CIV）;本研究從流感病毒資源數(shù)據(jù)庫中（Influenza Virus Resource）篩選了背景清晰的139872條IAV的氨基酸序列,作為分析原始材料;對不同亞型的HA和NA基因節(jié)段,以及IAV的6個(gè)內(nèi)部基因節(jié)段（... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：150 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

996-2011年亞歐非三大洲H5強(qiáng)毒HA基因進(jìn)化情況

華中農(nóng)業(yè)大學(xué)2020屆博士研究生學(xué)位論文34A/swine/Mexico/AVX47/2013(H1N1)。2株HuIV及1株AIV毒株A/turkey/Netherlands/543301/1999也位于H1.1d分支。圖3-1H1亞型流感病毒HA基因氨基酸序列的進(jìn)化多樣性及分布情況H1亞型IAV分為2個(gè)一級分支，H1.1和H1.2。H1.1分支對應(yīng)H1亞型AIV以及諸多起源于AIV的SIV。H1.2分支對應(yīng)經(jīng)典的H1亞型HuIV和SIV。在進(jìn)化樹中，在進(jìn)化樹中，禽、人和豬的分支分別用藍(lán)、綠和紅色進(jìn)行標(biāo)記。禽、人和豬的代表毒株分別用紅、粉和藍(lán)色進(jìn)行標(biāo)記。Fig.3-1PhylogeneticdiversityanddistributionofH1subtypeIAVsbasedonHAsequencesH1subtypeIAVswereclassifiedintotwoprimarylineages.H1.1mainlycorrespondedtoH1subtypeAIVsandsomeSIVswhichoriginatedfromtheAIVs.H1.2correspondedtoclassicalH1subtypeHuIVsandSIVs.Avian,humanandswinelineagesweregiveninblue,greenandredcolor,respectively.Avian,humanandswine,representativesequenceswereshowedinred,pinkandbluesolidcircles,respectively.H1.2分支對應(yīng)著經(jīng)典的H1亞型HuIV和SIV。H1.2進(jìn)一步分為4個(gè)二級分支，H1.2a-H1.2d。H1.2a對應(yīng)1918年的HuIV。H1.2b對應(yīng)1930-1945年間全球流行的SIV，1990年、2008年、2009年的3株SIV例外。H1.2c對應(yīng)在全球流行多年的H1亞型SIV。H1.2c內(nèi)的一株毒引起2009年H1N1亞型HuIV的大流行，在后續(xù)研究中，被命名為A(H1N1)pdm09。現(xiàn)今，這個(gè)分支的毒株在本研究被命名為H1.2c1，發(fā)展成季節(jié)性H1N1亞型HuIV。H1.2d覆蓋了眾多1930s-1950s和1970s-2010年間流行于人群的HuIV，以及2010年后流行的SIV。雖然H1.2dHuIV分支中插入了眾多SIV（圖S1_1），我們推測這可能是由于某些SIV很偶

基于氨基酸序列的甲型流感病毒多樣性及進(jìn)化分析37我們未對某些相互之間展示了顯著的遺傳距離的分支進(jìn)行亞分支的命名，緣于這些IAV在宿主、時(shí)間及空間分布等方面無顯著差異，本研究不過度依賴遺傳距離，根據(jù)現(xiàn)實(shí)必要性進(jìn)行了分支的命名。圖3-2H2亞型IAV的HA基因氨基酸序列的進(jìn)化多樣性及分布情況H2亞型IAV可分為2個(gè)一級分支，H2.1和H2.2，基本上分別對應(yīng)著分離自西半球和東半球的AIV。禽和人的分支分別用藍(lán)色和綠色進(jìn)行標(biāo)記，禽和人的代表毒株分別用紅色和粉色進(jìn)行標(biāo)記。Fig.3-2PhylogeneticdiversityanddistributionofH2subtypeIAVsbasedonHAsequences.H2subtypeIAVswereclassifiedintotwoprimarylineages,largelycorrespondingtotheAIVsisolatedfromtheWesternandEasternHemispheres,respectively.Avianandhumanlineagesweregiveninblueandgreencolor,avianandhumanrepresentativesequenceswereshowedinredandpinksolidcircles,respectively.3.4.1.3H3亞型IAV的HA基因氨基酸序列的進(jìn)化多樣性及分布分析從多樣性的角度，基于病毒的HA基因序列，H3亞型流感病毒可分為3個(gè)一級分支，H3.1H3.3，詳見圖3-3（進(jìn)化樹的縮略圖）和圖S1_3（原始進(jìn)化樹）。H3.1對應(yīng)H3亞型AIV，同時(shí)命名了3個(gè)二級分支，H3.1aH3.1c。H3.1a對應(yīng)流行于西半球的AIV，H3.1b對應(yīng)環(huán)太平洋的AIV，H3.1c對應(yīng)全球分布的AIV。H3.1c命名了2個(gè)二級分支，H3.1c1對應(yīng)分離自西半球的AIV，H3.1c2對應(yīng)與流行于韓國的AIV親緣關(guān)系較近的犬/貓IAV，表明這些犬/貓IAV非常有可能來源于韓國流行的AIV。本研究未對流行于東半球的AIV命名亞分支，主

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本文編號：3233103