表位是抗原與機(jī)體相互作用過程中,刺激機(jī)體的免疫系統(tǒng)發(fā)生特異性免疫應(yīng)答的基本單位。B細(xì)胞表位是指抗原表面可以被抗體或B細(xì)胞受體（BCR）識別、誘導(dǎo)機(jī)體產(chǎn)生免疫反應(yīng)的區(qū)域。識別B細(xì)胞表位有助于設(shè)計(jì)能夠模擬真正表位結(jié)構(gòu)和功能的分子,并在抗體診斷和治療中取代它,設(shè)計(jì)出更加安全的疫苗。研究B細(xì)胞表位預(yù)測一方面有助于推動基礎(chǔ)免疫學(xué)的發(fā)展,另一方面也有助于疾病的預(yù)防與診斷。定位B細(xì)胞表位最可靠的方法是實(shí)驗(yàn)方法,如X射線晶體學(xué)和核磁共振技術(shù),但它們既耗時(shí)又昂貴。因此,在生物實(shí)驗(yàn)之前,通過計(jì)算方法選擇的候選表位可以顯著降低實(shí)驗(yàn)成本,提高工作效率。目前,根據(jù)算法輸入的數(shù)據(jù)類型和計(jì)算方法所采用的策略,可以將基于計(jì)算方法的B細(xì)胞表位預(yù)測分為三類:一是基于抗原三維結(jié)構(gòu)的B細(xì)胞表位預(yù)測、二是基于模擬表位的B細(xì)胞表位預(yù)測,三是基于抗原序列的B細(xì)胞表位預(yù)測。基于抗原三維結(jié)構(gòu)方法通過從數(shù)據(jù)庫獲取的抗原結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù),提取與抗原表位相關(guān)聯(lián)的幾何屬性、理化性質(zhì)等表位相關(guān)的特征,進(jìn)而通過評分規(guī)則或者機(jī)器學(xué)習(xí)方法來預(yù)測抗原表位;基于模擬表位信息的預(yù)測方法使用來自于噬菌體展示實(shí)驗(yàn)中獲得的模擬表位序列數(shù)據(jù)信息,同時(shí)還需要抗原的三維結(jié)構(gòu)... 

【文章來源】：東北師范大學(xué)吉林省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：44 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

YY9在PDB中對應(yīng)的記錄

東北師范大學(xué)碩士學(xué)位論文132.1.2IEDB數(shù)據(jù)庫IEDB[51]數(shù)據(jù)庫全程是ImmuneEpitopeDatabase，是存儲免疫表位信息較全的數(shù)據(jù)庫。IEDB是由NIAIDz(美國國家過敏和傳染病研究所)資助建設(shè)，該數(shù)據(jù)庫中包含了較為全面的抗原、抗體和表位數(shù)據(jù)，其中包含人類、非人類的靈長類動物、其他動物，還有一些病毒、細(xì)菌的數(shù)據(jù)。該數(shù)據(jù)庫的URL為http://www.iedb.org，通過該網(wǎng)址可以得到分子間的接觸和接觸區(qū)域的數(shù)據(jù)，以及相關(guān)表位信息數(shù)據(jù)。IEDB不僅提供搜索功能，還提供抗原表位分析和預(yù)測服務(wù)，可以對B細(xì)胞和T細(xì)胞表位的預(yù)測和相關(guān)分析。該數(shù)據(jù)庫當(dāng)前包含T細(xì)胞表位信息、B細(xì)胞表位信息和主要組織相容性復(fù)合物配體信息。圖2.2展示了復(fù)合體1YY9.pdb在IEDB中的記錄。圖2.21YY9在IEDB數(shù)據(jù)庫中的記錄2.1.3CED數(shù)據(jù)庫CED（ConformationalEpitopeDatabase）[52]是收錄儲存經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的構(gòu)象性表位相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址為http://immunet.cn/ced/。CED數(shù)據(jù)庫是由黃健研究組創(chuàng)建以及維護(hù)，當(dāng)前已經(jīng)發(fā)布了第三版。CED界面簡介，層次清楚，用戶可以通過數(shù)據(jù)庫中的多個(gè)字段實(shí)現(xiàn)多條件搜索。CED數(shù)據(jù)庫中包含大量的構(gòu)象性B細(xì)胞表位信息，主要涵蓋了表位ID、表位殘基構(gòu)成及其在抗原中的位置、相應(yīng)的抗原信息、表位性質(zhì)、對應(yīng)的抗體信息、實(shí)驗(yàn)算法、對應(yīng)發(fā)表的文獻(xiàn)PubMedID以及注釋信息等字段。我們從中廣泛的搜集構(gòu)象性表位ID、表位殘基及其在抗原中的位置、抗原名稱和序列等信息，CED的數(shù)據(jù)查詢界面如圖2.3所示。

東北師范大學(xué)碩士學(xué)位論文14圖2.3CED數(shù)據(jù)查詢界面示例操作2.1.4AAindex數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)的組成包含20種不同的氨基酸，因此在做蛋白質(zhì)相關(guān)研究時(shí)，首先想到的特征就是借助氨基酸將蛋白質(zhì)數(shù)值化。AAindex[53]是包含氨基酸指數(shù)的一個(gè)常用生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址為https://www.genome.jp/aaindex/。該數(shù)據(jù)庫有三部分組成：AAindex1、AAindex2和AAindex3。AAindex1包含了已發(fā)表的氨基酸指數(shù)集合，AAindex2包含了發(fā)表的氨基酸突變矩陣的集合，而AAindex3則包含統(tǒng)計(jì)的蛋白接觸電位。所有數(shù)據(jù)均來已發(fā)表的文獻(xiàn)。本文中使用的氨基酸理化性質(zhì)均來自于AAindex1。目前，AAindex共收集了五百多種氨基酸指數(shù)。對于疏水性的其中一條查詢結(jié)果如下圖所示：圖2.4AAindex數(shù)據(jù)庫中的一個(gè)疏水性指數(shù)信息


本文編號：3227783