隨著越來越多物種基因組測序的完成,利用生物信息學(xué)手段揭示不同家族基因的功能被廣泛地應(yīng)用于動植物等的研究中。本研究通過序列分析、系統(tǒng)進(jìn)化分析以及表達(dá)量檢測等方法,對14種代表植物中含有未知功能結(jié)構(gòu)域DUF4228基因家族進(jìn)行了綜合分析,得到以下結(jié)果:1.利用Pfam30.0數(shù)據(jù)庫中下載的DUF4228結(jié)構(gòu)域的HMM模型,通過HMMsearch從14種陸生植物以及2種藻類植物基因組中搜索具有DUF4228結(jié)構(gòu)域的基因,發(fā)現(xiàn)藻類植物團(tuán)藻和萊茵衣藻沒有含該結(jié)構(gòu)域的基因,其他14種陸生植物共含有489個DUF4228家族基因。2.對上述的489個基因的氨基酸序列進(jìn)行進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn),可將該家族分為3個組,分別為group Ⅰ,group Ⅱ和groupⅢ。其中g(shù)roup Ⅰ基因數(shù)量最少,groupⅢ基因數(shù)量最多,groupⅡ為種子植物所特有。3.分析本研究中的489個基因的結(jié)構(gòu)域發(fā)現(xiàn),僅裸子植物火炬松中少數(shù)序列存在2-3個DUF4228結(jié)構(gòu)域,其余基因均僅含有一個DUF4228結(jié)構(gòu)域。4.保守基序分析表明,14個陸生物種的489個DUF4228家族基因中均存在motif Ⅰ。5.擬南芥AtDUF42... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：106 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１本研究技術(shù)路線??Ｆｉｇ．?１?Ｔｈｅ?ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?ｒｏｕｔｅ?ｉｎ?ｔｈｉｓ?ｓｔｕｄｙ??

圖５陸生植物中家族基因中ｇｒｏｕｐ丨的進(jìn)化分析（第二部分）?

圖６陸生植物中Ｚ７Ｗ４２％家族基因中ｇｒｏｕｐ?Ｉ的進(jìn)化分析（第三部分）??Ｆｉｇ．６?Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ＤＵＦ４２２８?ｇｅｎｅｓ?ａｂｏｕｔ?ｇｒｏｕｐ?Ｉ?ｉｎ?ｌａｎｄ?ｐｌａｎｔ?ｌｉｎｅａｇｅｓ?（ｐａｒｔ?ＩＩＩ?）？??


本文編號：3225577