隨著越來越多物種基因組測序的完成,利用生物信息學手段揭示不同家族基因的功能被廣泛地應用于動植物等的研究中。本研究通過序列分析、系統(tǒng)進化分析以及表達量檢測等方法,對14種代表植物中含有未知功能結構域DUF4228基因家族進行了綜合分析,得到以下結果:1.利用Pfam30.0數(shù)據(jù)庫中下載的DUF4228結構域的HMM模型,通過HMMsearch從14種陸生植物以及2種藻類植物基因組中搜索具有DUF4228結構域的基因,發(fā)現(xiàn)藻類植物團藻和萊茵衣藻沒有含該結構域的基因,其他14種陸生植物共含有489個DUF4228家族基因。2.對上述的489個基因的氨基酸序列進行進化分析發(fā)現(xiàn),可將該家族分為3個組,分別為group Ⅰ,group Ⅱ和groupⅢ。其中group Ⅰ基因數(shù)量最少,groupⅢ基因數(shù)量最多,groupⅡ為種子植物所特有。3.分析本研究中的489個基因的結構域發(fā)現(xiàn),僅裸子植物火炬松中少數(shù)序列存在2-3個DUF4228結構域,其余基因均僅含有一個DUF4228結構域。4.保守基序分析表明,14個陸生物種的489個DUF4228家族基因中均存在motif Ⅰ。5.擬南芥AtDUF42... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學內(nèi)蒙古自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：106 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１本研究技術路線??Ｆｉｇ．?１?Ｔｈｅ?ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?ｒｏｕｔｅ?ｉｎ?ｔｈｉｓ?ｓｔｕｄｙ??

圖５陸生植物中家族基因中ｇｒｏｕｐ丨的進化分析（第二部分）?

圖６陸生植物中Ｚ７Ｗ４２％家族基因中ｇｒｏｕｐ?Ｉ的進化分析（第三部分）??Ｆｉｇ．６?Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ＤＵＦ４２２８?ｇｅｎｅｓ?ａｂｏｕｔ?ｇｒｏｕｐ?Ｉ?ｉｎ?ｌａｎｄ?ｐｌａｎｔ?ｌｉｎｅａｇｅｓ?（ｐａｒｔ?ＩＩＩ?）？??


本文編號：3225577