不同生物的蛋白編碼基因中密碼子偏倚現(xiàn)象普遍存在,其通常被認(rèn)為是突變偏倚和自然選擇共同作用的結(jié)果。本研究利用9種鳥類的全基因組數(shù)據(jù)探究了密碼子偏倚模式、影響密碼子偏倚的因素以及密碼子偏倚的驅(qū)動(dòng)力量等,試圖從這些方面加深對(duì)鳥類基因組的理解。結(jié)果顯示,物種密碼子偏倚模式的分層聚類結(jié)果與物種間親緣關(guān)系聯(lián)系不大,而與密碼子第三位堿基組成、tRNA基因拷貝數(shù)相關(guān)。密碼子偏倚強(qiáng)的基因往往具有基因長(zhǎng)度較短、密碼子第三位堿基的GC含量（GC3）高的特性,而且GC3是影響密碼子偏倚的關(guān)鍵因素。通過非編碼區(qū)估計(jì)突變偏倚的強(qiáng)度,解析突變偏倚和選擇約束對(duì)密碼子使用的相對(duì)作用大小,發(fā)現(xiàn)密碼子第三位堿基組成受到極強(qiáng)的突變偏倚以及同方向的自然選擇的共同作用。 

【文章來源】：基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(07)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：14 頁(yè)

【文章目錄】：
1 結(jié)果與分析
    1.1 鳥類同義密碼子使用模式與t RNA豐度分析
        1.1.1 不同密碼子的RSCU值的跨物種分布
        1.1.2 基于RSCU值的聚類分析
        1.1.3 t RNA基因拷貝數(shù)分布
        1.1.4 t RNA基因拷貝數(shù)與RSCU值的關(guān)系
    1.2 鳥類密碼子偏倚的影響因素
        1.2.1 Nc值的分布
        1.2.2 Nc值的影響因素
    1.3 鳥類密碼子偏倚的驅(qū)動(dòng)力
2 討論
3 材料與方法
    3.1 研究的鳥類物種及數(shù)據(jù)來源
    3.2 同義密碼子相對(duì)使用率（relative synonymous cod-on usage,RSCU）的計(jì)算
    3.3 RSCU值的PCA聚類分析
    3.4 t RNA基因拷貝數(shù)統(tǒng)計(jì)
    3.5 有效密碼子數(shù)（effective number of codons,ENC or Nc）的計(jì)算
    3.6 與密碼子偏倚相關(guān)因素的計(jì)算
    3.7 統(tǒng)計(jì)分析
作者貢獻(xiàn)



本文編號(hào)：3156753