紅藻是我們日常生活中一類非常重要的海洋生物資源。為探究紅藻rbcL基因密碼子的偏愛性,確定該類基因的最優(yōu)密碼子,本研究通過使用CodonW 1.4.4、CUSP和SPSS 20.0軟件對20條紅藻rbcL基因進行了多元統(tǒng)計和密碼子偏愛性分析,最終獲得了紅藻rbcL基因三個位置的GC堿基含量、ENC值和RSCU值。結果顯示,紅藻rbcL基因AT堿基含量高于GC堿基,ENC值為41.89,說明紅藻rbcL基因密碼子偏愛于A/T堿基結尾。ENC繪圖分析,PR2-plot分析和中性繪圖分析表明自然選擇是影響rbcL基因密碼子偏愛性的主要因素。通過與擬南芥等五個物種的密碼子使用頻率比較,發(fā)現(xiàn)紅藻rbcL基因和它們均有較大的差異性。最后篩選得到了UUU、UUA、AUU等18個最優(yōu)密碼子,均偏向于以A/U堿基結尾。研究結果對紅藻資源的開發(fā)利用和rbcL基因的表達研究具有重要意義。 

【文章來源】：分子植物育種. 2020,18(01)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

中性繪圖分析

根據(jù)紅藻rbcL基因的ENC值(縱坐標)和GC3S(橫坐標)關系圖可知(圖1),20條紅藻rbcL基因的ENC值的分布范圍大致為30～60，只有Melanthalia intermedia(ENC值為57.72)分布在曲線上，其余的紅藻均位于曲線下方，表明紅藻的rbcL基因密碼子偏愛性的影響因素中，隨機突變影響較弱，自然選擇影響較強。1.3 PR2-plot分析

PR2-plot分析

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3108324