以念珠藻屬（Nostoc）及其近緣類群hetR基因的51條序列為研究對(duì)象,對(duì)hetR基因的編碼蛋白進(jìn)行生物信息學(xué)分析和系統(tǒng)發(fā)育分析,并使用分支模型、位點(diǎn)模型和分支-位點(diǎn)模型進(jìn)行該基因位點(diǎn)的適應(yīng)性進(jìn)化研究。系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果顯示,51條hetR基因蛋白序列可分為4個(gè)大分支。適應(yīng)性進(jìn)化分析結(jié)果表明,在3種進(jìn)化模型中,大多數(shù)分支及藻株都沒(méi)有檢測(cè)到統(tǒng)計(jì)學(xué)上具有顯著性的正選擇位點(diǎn),說(shuō)明檢測(cè)的位點(diǎn)大多處于負(fù)選擇壓力下。但在普通念珠藻（Nostoc commune,CHAB2802）中檢測(cè)到正選擇位點(diǎn)（126T）,提示念珠藻屬植物hetR基因發(fā)生了適應(yīng)性改變。 

【文章來(lái)源】：植物科學(xué)學(xué)報(bào). 2020,38(01)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【部分圖文】：

基于hetR基因蛋白序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹

本研究基于同源建模原理，對(duì)PDB數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行Blast搜索，發(fā)現(xiàn)普通念珠藻與Fischerella屬藻類(PDBID:4J00)HetR蛋白的結(jié)構(gòu)相似度高達(dá)92.36%，滿足同源建模的可靠性條件。基于此來(lái)預(yù)測(cè)HetR蛋白的三維結(jié)構(gòu)。經(jīng)對(duì)位排列(圖2)，確定被檢測(cè)出的正選擇位點(diǎn)的相對(duì)位置。在HetR蛋白三維預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)中標(biāo)示出正選擇位點(diǎn)(圖3)。圖3 普通念珠藻HetR正選擇位點(diǎn)的空間位置

普通念珠藻HetR正選擇位點(diǎn)的空間位置

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3069391