真枝藻目環(huán)化酶FamC1和FilC1的結(jié)構(gòu)與功能研究
發(fā)布時間:2021-02-19 20:10
Hapalindole吲哚生物堿是真枝藻目藍綠藻的一類次級代謝產(chǎn)物,它擁有多個復(fù)雜的手性中心,具有廣泛的抗菌、抗腫瘤和殺蟲等生物活性。近年來,多環(huán)系統(tǒng)和潛在的應(yīng)用價值讓其倍受關(guān)注,逐漸成為生物化學(xué)合成領(lǐng)域的研究熱點。本論文研究的FamC1和FilC1這兩個真枝藻目環(huán)化酶,它們在Hapalindole吲哚生物堿生物合成中發(fā)揮了重要的催化作用。因此,其結(jié)構(gòu)與功能催化方面的研究在Hapalindole生物堿生物合成中是尤為重要的。本論文首先將無跨膜區(qū)的FamC1和FilC1在E.coli BL21(DE3)表達后經(jīng)過Ni-NTA和DEAE兩步層析純化蛋白。晶體初篩主要采用坐滴法在48孔晶體板中對Hampton Research晶體篩選試劑盒進行條件篩選。通過汞衍生物的制備和晶體衍射數(shù)據(jù)的收集,利用SIRAS方法獲得了 FamC1初始電子密度圖。通過Phenix和Coot進行結(jié)構(gòu)的修正成功解析出FamC1晶體結(jié)構(gòu)。FilC1的結(jié)構(gòu)利用FamC1結(jié)構(gòu)作為模板通過MR方法獲得。此外,為了找到底物結(jié)合的關(guān)鍵位點,通過浸泡底物類似物法成功獲得了 FilC1與CI4、FilC1與4IB復(fù)合體結(jié)構(gòu)。Fam...
【文章來源】:中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)安徽省 211工程院校 985工程院校
【文章頁數(shù)】:80 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1.2四種Hapalindole類生物堿的生理功能??
.3.1.1生物信息學(xué)預(yù)測??3.1.1.1?FamC】和FilC?1結(jié)構(gòu)預(yù)測??據(jù)李莎莎等人報道[46],FamCl和FilCl的序列相似性達到94%。在NCBI??的TOB數(shù)據(jù)庫中進行Blast,結(jié)果沒有發(fā)現(xiàn)與FamCl序列具有高相似度的蛋白??結(jié)構(gòu),結(jié)果如圖3.1所示。通過Phyre?2預(yù)測了?FamCl的三級結(jié)構(gòu),是以半乳糖??結(jié)合區(qū)CBM4?(PDBID:1GU1)作為模板進行的預(yù)測。結(jié)果發(fā)現(xiàn)67%的序列參與??預(yù)測,可信度為98.8%,與模板結(jié)構(gòu)的相似度只有20%,如圖3.2所示。預(yù)測的??結(jié)構(gòu)是由多個反向平行的(3折疊鏈組成,表面的loop區(qū)柔性較大,通常是配體??結(jié)合區(qū)。??鑒于以上的預(yù)測結(jié)果,目前這類催化科普重排發(fā)生的真枝藻目環(huán)化酶的三維??結(jié)構(gòu)還未解析。因此,本課題嘗試?yán)茫厣渚衍射技術(shù)手段解析這兩個Stig環(huán)??化酶的晶體結(jié)構(gòu),通過結(jié)構(gòu)分析深入了解這類新型的Stig環(huán)化酶的結(jié)構(gòu)和功能,??也對吲哚生物堿生物合成的研宄具有重要的指導(dǎo)意義。??No?putative?conserved?domains?have?been?detected??
p七y,2結(jié)構(gòu)預(yù)洲結(jié)果
【參考文獻】:
期刊論文
[1]長春花萜類吲哚生物堿生物合成與調(diào)控研究[J]. 匡雪君,王彩霞,鄒麗秋,朱孝軒,孫超. 中國中藥雜志. 2016(22)
[2]強筋健骨丸治療骨關(guān)節(jié)炎60例[J]. 黨建軍,劉敏,張久紅. 陜西中醫(yī). 2003(09)
博士論文
[1]吲哚類化合物的合成及其相關(guān)問題研究[D]. 郭翔海.天津大學(xué) 2006
本文編號:3041623
【文章來源】:中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)安徽省 211工程院校 985工程院校
【文章頁數(shù)】:80 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1.2四種Hapalindole類生物堿的生理功能??
.3.1.1生物信息學(xué)預(yù)測??3.1.1.1?FamC】和FilC?1結(jié)構(gòu)預(yù)測??據(jù)李莎莎等人報道[46],FamCl和FilCl的序列相似性達到94%。在NCBI??的TOB數(shù)據(jù)庫中進行Blast,結(jié)果沒有發(fā)現(xiàn)與FamCl序列具有高相似度的蛋白??結(jié)構(gòu),結(jié)果如圖3.1所示。通過Phyre?2預(yù)測了?FamCl的三級結(jié)構(gòu),是以半乳糖??結(jié)合區(qū)CBM4?(PDBID:1GU1)作為模板進行的預(yù)測。結(jié)果發(fā)現(xiàn)67%的序列參與??預(yù)測,可信度為98.8%,與模板結(jié)構(gòu)的相似度只有20%,如圖3.2所示。預(yù)測的??結(jié)構(gòu)是由多個反向平行的(3折疊鏈組成,表面的loop區(qū)柔性較大,通常是配體??結(jié)合區(qū)。??鑒于以上的預(yù)測結(jié)果,目前這類催化科普重排發(fā)生的真枝藻目環(huán)化酶的三維??結(jié)構(gòu)還未解析。因此,本課題嘗試?yán)茫厣渚衍射技術(shù)手段解析這兩個Stig環(huán)??化酶的晶體結(jié)構(gòu),通過結(jié)構(gòu)分析深入了解這類新型的Stig環(huán)化酶的結(jié)構(gòu)和功能,??也對吲哚生物堿生物合成的研宄具有重要的指導(dǎo)意義。??No?putative?conserved?domains?have?been?detected??
p七y,2結(jié)構(gòu)預(yù)洲結(jié)果
【參考文獻】:
期刊論文
[1]長春花萜類吲哚生物堿生物合成與調(diào)控研究[J]. 匡雪君,王彩霞,鄒麗秋,朱孝軒,孫超. 中國中藥雜志. 2016(22)
[2]強筋健骨丸治療骨關(guān)節(jié)炎60例[J]. 黨建軍,劉敏,張久紅. 陜西中醫(yī). 2003(09)
博士論文
[1]吲哚類化合物的合成及其相關(guān)問題研究[D]. 郭翔海.天津大學(xué) 2006
本文編號:3041623
本文鏈接:http://sikaile.net/projectlw/swxlw/3041623.html
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