在三維基因組領(lǐng)域,Hi-C技術(shù)在研究全基因組交互中扮演關(guān)鍵角色。隨著技術(shù)的進(jìn)步,傳統(tǒng)Hi-C實(shí)驗(yàn)中的數(shù)據(jù)利用率低,實(shí)驗(yàn)周期長(zhǎng),實(shí)驗(yàn)成本高等問(wèn)題逐漸顯露。為了彌補(bǔ)這一不足,2018年5月份Nature Genetics發(fā)表了一篇關(guān)于新的Hi-C技術(shù)DLO Hi-C（Digestion-ligation-only Hi-C）。相比于傳統(tǒng)Hi-C技術(shù),DLO Hi-C有著測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量高,實(shí)驗(yàn)周期短,可重復(fù)性好,操作簡(jiǎn)單等優(yōu)勢(shì)。由于實(shí)驗(yàn)方法與傳統(tǒng)Hi-C有較大不同,傳統(tǒng)的Hi-C分析軟件不適應(yīng)于DLO Hi-C數(shù)據(jù),因此開(kāi)發(fā)一個(gè)適用于DLO Hi-C數(shù)據(jù)的分析軟件就顯得極為重要。在本文中,我們開(kāi)發(fā)了一款名為DLO Hi-C Tool的工具,用于DLO Hi-C數(shù)據(jù)分析。DLO Hi-C Tool集合了ChIA-PET Tool,MAFFT的部分功能以及傳統(tǒng)的Hi-C流程,并使用Java語(yǔ)言構(gòu)建出了一個(gè)一體化的DLO Hi-C分析軟件。DLO Hi-C Tool有著使用簡(jiǎn)單,自動(dòng)化,軟件依賴少,運(yùn)行速度快等優(yōu)點(diǎn)。除了一鍵式分析之外,DLO Hi-C Tool還支持分步運(yùn)行并且提供了一些常用的文件... 

【文章來(lái)源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：67 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

C及其衍生技術(shù)原理圖(方亞平etal2018)

4圖 2. 染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的層次化(Bonev and Cavalli 2016)Figure 2. Hierarchical organization of chromatin structure(Bonev and Cavalli 2016)ChIA-PET 則是將配對(duì)末端標(biāo)簽測(cè)序技術(shù)（Pair-End Tag Sequencing）與染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChromatinImmunoprecipitation,ChIP）相結(jié)合，用于測(cè)定特定的蛋白因子及其相關(guān)聯(lián)的染色質(zhì)相互作用。ChIA-PET 技術(shù)在人類癌細(xì)胞(Fullwoodet al 2009; Guoliang Li et al 2012)、小鼠胚胎干細(xì)胞(Handoko et al 2011)、神經(jīng)組細(xì)胞(Zhang et al 2013)等有著大量應(yīng)用并發(fā)現(xiàn)了不同的交互類型，如增強(qiáng)子-啟動(dòng)子

有不同的條形碼（barcode），因此可以識(shí)別出線性遠(yuǎn)離但空間鄰近的多重相互作用的染色質(zhì)位點(diǎn)(Zhenget al2019)。相對(duì)于 ChIA-PET 和 Hi-C，ChIA-Drop 實(shí)驗(yàn)操作更加簡(jiǎn)單，且可以檢測(cè)到真正的多重染色質(zhì)相互作用。1.2 Hi-C 和原位 Hi-C 技術(shù)2009 年 Job Dekker 研究團(tuán)隊(duì)首次提出了 Hi-C 技術(shù)，目的是為了能捕獲全基因組的染色質(zhì)空間交互。Hi-C 技術(shù)的主要步驟為：1. 利用甲醛溶液將蛋白質(zhì)、DNA 交聯(lián)在一起 2. 使用限制性內(nèi)切酶將 DNA 切成短片段 3. 利用有生物素標(biāo)記的核苷酸將5′粘性末端補(bǔ)平 4. 在 DNA 濃度較低的環(huán)境中將交聯(lián)一起的 DNA 片段連接起來(lái)，再使用蛋白酶解除交聯(lián) 5. 利用超聲波打斷 DNA 片段，使用鏈霉親和素磁珠純化出帶有生物素標(biāo)記的片段 6.雙端測(cè)序并用于后續(xù)研究(Lieberm-Anaiden et al 2009)。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]起航三維基因組學(xué)研究[J]. 李國(guó)亮,阮一駿,谷瑞升,杜生明.  科學(xué)通報(bào). 2014(13)



本文編號(hào)：3037979