piRNA是一類主要在生殖細胞中表達、長度介于24-32nt之間,能夠與Piwi家族蛋白結(jié)合發(fā)揮作用的非編碼RNA。piRNA在生殖系統(tǒng)基因組穩(wěn)定性、基因組甲基化、基因調(diào)控等方面有著重要作用。隨著測序技術(shù)的發(fā)展,piRNA在多個物種中被鑒定出來,產(chǎn)生了大量有待分析和整理的數(shù)據(jù)。但是現(xiàn)有的piRNA的數(shù)據(jù)庫存在著收集的序列數(shù)量和物種數(shù)量上較少、piRNA和mRNA/lncRNA關(guān)系以及piRNA和疾病的關(guān)系收集不足、基因組版本缺乏更新、在搜索和下載方面使用不便等諸多問題,且現(xiàn)存的數(shù)據(jù)庫無法反映近年來piRNA研究的成果,也無法滿足廣大研究人員對物種、序列、注釋等方面多樣化的需求。在此基礎上,我們對piRBase數(shù)據(jù)庫進行了升級。本次對piRBase數(shù)據(jù)庫的升級更新,以“piRNA”為關(guān)鍵字搜索PuMed數(shù)據(jù)庫,篩選了自2014年數(shù)據(jù)庫第一版上線以來公開發(fā)表的piRNA相關(guān)數(shù)據(jù),從UCSC下載了新的基因組以及注釋信息,使用Bowtie、Bedtools等軟件對序列和注釋信息進行整理。除了更新piRNA序列、piRNA相關(guān)的注釋信息以及對所有物種基因組版本進行更新之外,本次數(shù)據(jù)庫還更新整合了... 

【文章來源】：鄭州大學河南省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

piRNA次級生成過程及參與乒乓循環(huán)的相關(guān)蛋白示意圖

PIWI蛋白結(jié)構(gòu)示意圖

人體當中各轉(zhuǎn)座子比例

【參考文獻】：
期刊論文
[1]大黃魚高溫適應的轉(zhuǎn)錄組學分析[J]. 鄧素貞,韓兆方,陳小明,李慶昌,肖世俊,李佳凱,劉賢德.  水產(chǎn)學報. 2018(11)
[2]基于piggyBac轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)的西方蜜蜂Rubia基因轉(zhuǎn)移研究[J]. 柯俐,胡小芬,王子龍,曾志將,何旭江.  江西農(nóng)業(yè)大學學報. 2018(05)
[3]LINE-1的低甲基化在癌癥中的研究進展[J]. 李佳慈,李克秋,景亞青,李光.  重慶醫(yī)學. 2018(19)
[4]綿羊高效轉(zhuǎn)基因通用型piggyBac轉(zhuǎn)座子載體構(gòu)建及功能驗證[J]. 胡廣東,郝科興,黃濤,曾維斌,谷新利,王靜.  遺傳. 2018(08)
[5]腺病毒介導的“睡美人”轉(zhuǎn)座子與IL-10共表達對NOD小鼠Th17/Treg細胞平衡的影響[J]. 龐春艷,王慧,王志華,馮秀媛,王永福.  吉林大學學報(醫(yī)學版). 2018(02)
[6]睡美人轉(zhuǎn)座子在草魚CIK細胞中介導的高效基因整合[J]. 陳凱,薛亭,王藝舟,潘啟華,于淼,陳天圣.  水生生物學報. 2018(02)
[7]Tol2轉(zhuǎn)座子介導斑馬魚rps26基因附近增強子捕獲及注解分析[J]. 桑亞通,沈丹,陳偉,產(chǎn)舒恒,顧浩,高波,宋成義.  生物工程學報. 2018(03)
[8]9種硬骨魚類轉(zhuǎn)座組注釋[J]. 高波,沈丹,陳才,王賽賽,楊昆侖,陳偉,王偉,張麗,宋成義.  生物工程學報. 2018(01)
[9]新型非編碼小RNA-piRNA在惡性血液病發(fā)病中的作用研究進展[J]. 江妍霞,胥倩,陳國安.  中華實用診斷與治療雜志. 2017(12)
[10]基于煙草基因組重測序數(shù)據(jù)的SNP提取軟件組合比較[J]. 余世洲,曹培健,李澤鋒,林世鋒,張潔,郭玉雙,余婧,任學良.  煙草科技. 2017(10)

博士論文
[1]斑馬魚早期胚胎發(fā)育過程中的小RNA預測和分析[D]. 姚元根.華中科技大學 2014

碩士論文
[1]家蠶大腦中piRNA的鑒定及功能探索[D]. 劉曉.南陽師范學院 2018
[2]7種榕小蜂的Argonaute蛋白基因的分子進化[D]. 黎劍平.河北大學 2017
[3]灰飛虱體內(nèi)AGO家族的鑒定及其表達分析[D]. 周燕茹.浙江師范大學 2015



本文編號：3037362