CRISPR/Cas9技術(shù)介導(dǎo)的RNA甲基轉(zhuǎn)移酶NSUN2基因敲除及其功能研究
發(fā)布時(shí)間:2021-02-09 21:20
5-甲基胞嘧啶(m5C)作為RNA的一種普遍的修飾近年來得到廣泛的關(guān)注。越來越多的研究表明,RNAm5C修飾在RNA加工、RNA穩(wěn)定性、RNA出核轉(zhuǎn)運(yùn)以及mRNA翻譯等過程中起到重要作用。NSUN2(NOP2/Sun domain family,member 2)是哺乳動(dòng)物RNAm5C甲基轉(zhuǎn)移酶之一,主要負(fù)責(zé)tRNA和mRNA的甲基化。最近研究表明,NSUN2參與調(diào)節(jié)生物體的發(fā)育及疾病的發(fā)生,如細(xì)胞增殖、干細(xì)胞分化、腦和睪丸發(fā)育以及腫瘤發(fā)生等。但對(duì)NSUN2在生物體發(fā)育和疾病發(fā)生中的作用和功能及其分子機(jī)制仍不甚明了。本研究以腎小管上皮細(xì)胞系HEK293和肝癌細(xì)胞系HepG2為研究模型,通過CRISPR/Cas9介導(dǎo)的基因編輯技術(shù)敲除NSUN2基因,觀察NSUN2敲除后細(xì)胞的表型、基因表達(dá)和mRNA m5C修飾的變化,進(jìn)而闡明NSUN2基因及其RNA m5C修飾的生物學(xué)功能和作用。1.利用CRISPR/Cas9技術(shù)建立RNA m5C甲基轉(zhuǎn)移酶NSUN2基因缺失型HEK293和HepG2細(xì)胞系本研究通過CRISPR/Cas9技術(shù)介導(dǎo)的同源重組將抗性篩選標(biāo)記(NeoR和PuroR)及轉(zhuǎn)錄終止...
【文章來源】:揚(yáng)州大學(xué)江蘇省
【文章頁數(shù)】:147 頁
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
圖2-1?NSUN2去表達(dá)細(xì)胞系建立示意圖
圖2-2?Donor載體工作原理示意圖。Cas9切割基因組靶位點(diǎn)后,Donor載體利用同源修復(fù)機(jī)制,將左??右同源臂中間的篩選基因和轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)從切割位點(diǎn)整合入基因組。??Fig.2-2?Schematic?diagram?of?donor?vector.?After?target?site?of?the?genome?was?cutted?by?Cas9?protein,?donor??carriers?integrate?the?screening?genes?and?transcriptional?termination?signal?between?the?left?and?right??homologous?recombination?arm?into?the?cutting?site?of?the?genome?through?homologous?repair?mechanism.??Donor載體骨架為T?easy?vector-multi-5,是由T-vector改造而來,其中插入一段有兩??個(gè)&wBl酶切位點(diǎn)的序列。Donor序列主要組成為NSUN2-LR?(左同源臂)、T2A-篩選基因??和?《/#)、轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)(BGHploy(A)?signal)、NSUN2-RR?(右同源臂)。主要構(gòu)建??方法如下:??(1)左右同源臂的擴(kuò)增,左右同源臂分別擴(kuò)增于NSUN2基因gRNA切割位點(diǎn)上游和下游??各800?bp序列,引物如下:???引物名稱?序列(5,-3,)???HAL-Bsa?1?-F?TTTGCTCAGGTCTCACTCTGTGGCTGGGC?AGCGCG??
4.1成功構(gòu)建針對(duì)人NSUN2基因的sgRNA??本文利用在線網(wǎng)站在NSUN2基因第一和第二外顯子上設(shè)計(jì)并挑選出5個(gè)錯(cuò)配率低的??gRNA位點(diǎn)(圖2-3)。為檢測各sgRNA的定位效率,我們將sgRNA和Cas9質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染至??HEK293細(xì)胞系,在提取基因組和PCR擴(kuò)增靶序列后,用T7E1酶切法確定各位點(diǎn)切割效??率。??Te*t-F?Tett-R??Hh-f?+?I---4?1?1-?4?H-.?l?轚I?I-I?I?I-????glLNA初卿??w??gRNA-4??fRNA-l??j??|RNA-S?Homo?sdpieii??NOP??Sun?RNA?melhyttr?n?f<^rdsc?f^m&y?member?7?(NSUN?)??圖2-3?gRNA位點(diǎn)和檢測引物在NSUN2基因組上位置示意圖。??Fig.2-3?The?location?of?gRNA?loci?and?detection?primers?in?NSUN2?gene.??
本文編號(hào):3026253
【文章來源】:揚(yáng)州大學(xué)江蘇省
【文章頁數(shù)】:147 頁
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
圖2-1?NSUN2去表達(dá)細(xì)胞系建立示意圖
圖2-2?Donor載體工作原理示意圖。Cas9切割基因組靶位點(diǎn)后,Donor載體利用同源修復(fù)機(jī)制,將左??右同源臂中間的篩選基因和轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)從切割位點(diǎn)整合入基因組。??Fig.2-2?Schematic?diagram?of?donor?vector.?After?target?site?of?the?genome?was?cutted?by?Cas9?protein,?donor??carriers?integrate?the?screening?genes?and?transcriptional?termination?signal?between?the?left?and?right??homologous?recombination?arm?into?the?cutting?site?of?the?genome?through?homologous?repair?mechanism.??Donor載體骨架為T?easy?vector-multi-5,是由T-vector改造而來,其中插入一段有兩??個(gè)&wBl酶切位點(diǎn)的序列。Donor序列主要組成為NSUN2-LR?(左同源臂)、T2A-篩選基因??和?《/#)、轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)(BGHploy(A)?signal)、NSUN2-RR?(右同源臂)。主要構(gòu)建??方法如下:??(1)左右同源臂的擴(kuò)增,左右同源臂分別擴(kuò)增于NSUN2基因gRNA切割位點(diǎn)上游和下游??各800?bp序列,引物如下:???引物名稱?序列(5,-3,)???HAL-Bsa?1?-F?TTTGCTCAGGTCTCACTCTGTGGCTGGGC?AGCGCG??
4.1成功構(gòu)建針對(duì)人NSUN2基因的sgRNA??本文利用在線網(wǎng)站在NSUN2基因第一和第二外顯子上設(shè)計(jì)并挑選出5個(gè)錯(cuò)配率低的??gRNA位點(diǎn)(圖2-3)。為檢測各sgRNA的定位效率,我們將sgRNA和Cas9質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染至??HEK293細(xì)胞系,在提取基因組和PCR擴(kuò)增靶序列后,用T7E1酶切法確定各位點(diǎn)切割效??率。??Te*t-F?Tett-R??Hh-f?+?I---4?1?1-?4?H-.?l?轚I?I-I?I?I-????glLNA初卿??w??gRNA-4??fRNA-l??j??|RNA-S?Homo?sdpieii??NOP??Sun?RNA?melhyttr?n?f<^rdsc?f^m&y?member?7?(NSUN?)??圖2-3?gRNA位點(diǎn)和檢測引物在NSUN2基因組上位置示意圖。??Fig.2-3?The?location?of?gRNA?loci?and?detection?primers?in?NSUN2?gene.??
本文編號(hào):3026253
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