乳腺癌ceRNA生物信息學(xué)分析與SSP411基因功能驗(yàn)證
發(fā)布時(shí)間:2021-01-17 18:21
目的:隨著對(duì)乳腺癌發(fā)病機(jī)制的進(jìn)一步了解,有許多與乳腺癌相關(guān)的信號(hào)通路和治療靶點(diǎn)被發(fā)現(xiàn)。本研究通過使用生物信息學(xué)分析以及實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA(ceRNA)網(wǎng)絡(luò)與SSP411基因?qū)τ谌橄侔┑陌l(fā)生和發(fā)展有影響。方法:1.從腫瘤基因組圖譜(TCGA)數(shù)據(jù)庫(kù)下載芯片數(shù)據(jù),在R軟件上分析得到差異的長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA),構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行GO和KEGG的富集分析。通過考慮每個(gè)與預(yù)后相關(guān)的lncRNA的功效,在多變量Cox回歸分析中擬合與預(yù)后相關(guān)lncRNA,構(gòu)建風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分模型。2.構(gòu)建SSP411敲除載體,通過細(xì)胞轉(zhuǎn)染將構(gòu)建好的載體轉(zhuǎn)入乳腺癌細(xì)胞SKBR3中,篩選獲得SSP411敲除的穩(wěn)定表達(dá)細(xì)胞株SKBR3-SSP411-/-,通過Real-time PCR及Western Blot等實(shí)驗(yàn)手段,根據(jù)基因表達(dá)結(jié)果、蛋白表達(dá)結(jié)果及細(xì)胞驗(yàn)證的實(shí)驗(yàn)結(jié)果來(lái)探究SSP411對(duì)于乳腺癌細(xì)胞SKBR3的影響。結(jié)果:1.本研究結(jié)果顯示,有5個(gè)lncRNA與乳腺癌的預(yù)后相關(guān)。這五個(gè)lncRNA不僅在ceRNA網(wǎng)絡(luò)中處于關(guān)鍵節(jié)點(diǎn),而且與乳腺癌患者的總體預(yù)后生存也相關(guān)。2.成...
【文章來(lái)源】:桂林醫(yī)學(xué)院廣西壯族自治區(qū)
【文章頁(yè)數(shù)】:73 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
mRNA差異表達(dá)分析及KEGG富集分析
圖 2 lncRNA 差異表達(dá)分析Figure 2 Differential expression of lncRNA熱圖顯示,與正常組織相比,乳腺癌組織中有 106 種異常表達(dá)的 lncRNA。他們被認(rèn)為是乳腺癌起始相關(guān)的。
圖 3 乳腺癌患者 DEmiRNAs 的 Kaplan-Meier 曲線分析Figure 3 Kaplan-Meier curve analysis of DEMINAs in breast cancer patients(A)乳腺癌中has-mir-3200的Kaplan-Meier曲線分析。(B)乳腺癌中has-mir-1258的Kaplan-Meier曲線分析。(C)乳腺癌中 has-mir-183 的 Kaplan-Meier 曲線分析。(D) 乳腺癌中 has-mir-21 的
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Nanoparticle-linked antagonist for leptin signaling inhibition in breast cancer[J]. Tia Harmon,Adriana Harbuzariu,Viola Lanier,Crystal C Lipsey,Ward Kirlin,Lily Yang,Ruben R Gonzalez-Perez. World Journal of Clinical Oncology. 2017(01)
本文編號(hào):2983370
【文章來(lái)源】:桂林醫(yī)學(xué)院廣西壯族自治區(qū)
【文章頁(yè)數(shù)】:73 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
mRNA差異表達(dá)分析及KEGG富集分析
圖 2 lncRNA 差異表達(dá)分析Figure 2 Differential expression of lncRNA熱圖顯示,與正常組織相比,乳腺癌組織中有 106 種異常表達(dá)的 lncRNA。他們被認(rèn)為是乳腺癌起始相關(guān)的。
圖 3 乳腺癌患者 DEmiRNAs 的 Kaplan-Meier 曲線分析Figure 3 Kaplan-Meier curve analysis of DEMINAs in breast cancer patients(A)乳腺癌中has-mir-3200的Kaplan-Meier曲線分析。(B)乳腺癌中has-mir-1258的Kaplan-Meier曲線分析。(C)乳腺癌中 has-mir-183 的 Kaplan-Meier 曲線分析。(D) 乳腺癌中 has-mir-21 的
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Nanoparticle-linked antagonist for leptin signaling inhibition in breast cancer[J]. Tia Harmon,Adriana Harbuzariu,Viola Lanier,Crystal C Lipsey,Ward Kirlin,Lily Yang,Ruben R Gonzalez-Perez. World Journal of Clinical Oncology. 2017(01)
本文編號(hào):2983370
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