蛋白質、RNA等生物分子是組成生物體的重要物質,其通過相互作用的方式參與了生物體的大部分生理過程。為了理解這些分子在生理過程中的作用與機制,對其分子結構的研究是必要的。對于現階段的實驗技術而言,得到蛋白質與RNA的序列要易于得到其結構,并且得到其單體結構要易于得到其復合體結構。所以發(fā)展出了利用已有的序列和結構信息來預測未知的生物分子結構的計算方法。以此為基礎在本文中主要研究了三個方面的問題:1.構建新的蛋白質-RNA復合體結構預測的打分函數。目前對于生物分子的復合體結構預測主要分為兩個步驟:采樣和打分。其中打分部分的打分函數可以分為基于知識的打分函數和基于物理的打分函數�；谥R的打分函數主要受兩個因素的影響:統(tǒng)計對象和參考態(tài)的選擇。本文嘗試使用新的統(tǒng)計對象來構建新的打分函數:a)以蛋白質殘基與RNA堿基之間的堆積（stacking）現象作為統(tǒng)計對象構建了打分函數Score_π。該打分函數在已有的打分函數基礎上加入stacking修正項,從而使打分函數更容易得到近天然態(tài)結構。b)不同于以往的打分函數通過距離,角度等參數描述配對狀態(tài),以蛋白質殘基與RNA堿基之間的配對... 

【文章來源】：華中科技大學湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數】：240 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

homas小組提出的迭代算法流程圖

華 中 科 技 大 學 博 士 學 位 論 文24圖1-8. 在人類細胞的細胞周期不同階段中不同的 yclin 復合體在細胞中的出現情況，其中左側標記出的是不同的細胞周期；中間為不同的 yclin 復合體，其中 yclin 簡化為 yc， 簡化為 ；右側為不同復合體在不同的細胞周期中的作用。本圖來自文獻106在細胞周期的 G1 階段，CyclinD 會優(yōu)先與 CDK4 和 CDK6 形成復合體并發(fā)揮其催化作用。Cyclin D 的合成和穩(wěn)定性受細胞內的生長因子水平的控制，并且Cyclin D 的活化可以控制細胞通過 G1 階段的速度[117; 118]。同一階段，Cyclin E會與 CDK2 形成活性的復合體，并且其濃度會在細胞周期由 G1 階段轉入至 S 階段時達到頂峰

華 中 科 技 大 學 博 士 學 位 論 文29圖2-2. 蛋白質和 中具有非飽和鍵平面 環(huán)形結構的氨基酸 堿基結構，而在這些結構之間會出現 π-π 相互作用。


本文編號：2942117