異常漢遜酵母具有高產乙酸乙酯的能力,且在較高溫度的下具有較強的發(fā)酵力和酯化力,是釀造工業(yè)中的主要生香來源,同時也是常用的外源基因表達載體,用于離子注入介導的轉基因研究。本研究使用PacBio三代測序技術對離子束重組異常漢遜酵母菌Ar_Han0458及其原始菌株As2340進行了基因組de novo測序,應用生物信息學方法,從基因組結構與組分、基因功能、系統(tǒng)進化等方面開展了低能離子注入前后的異常漢遜酵母菌基因組學的研究。基因組de novo測序結果表明,低能離子注入前,異常漢遜酵母菌As2340的基因組大小為13,760,069bp,Contig N50長度為1,883,332bp,GC含量為34.53%;檢測到總長為238,164bp的1,897條串聯(lián)重復序列,散在重復序列108,253bp,重復序列長度占基因組的2.46%;預測到了932個非編碼RNA基因;在預測的6,664個編碼基因中,98.62%具有同源蛋白基因,其基因完整性達到91.7%;注釋到KOG、KEGG和GO數據庫的蛋白編碼基因分別為4,391個、2,119個和3,580個,富集獲得了3,937種GO功能(GO Ter... 

【文章來源】：新疆大學新疆維吾爾自治區(qū) 211工程院校

【文章頁數】：65 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 離子束注入技術
    1.2 測序技術及研究現狀
        1.2.1 第一代測序技術
        1.2.2 第二代測序技術
        1.2.3 第三代測序技術
    1.3 酵母菌基因組研究現狀
    1.4 研究內容及意義
第二章 材料與方法
    2.1 材料
        2.1.1 酵母菌株
        2.1.2 培養(yǎng)基配制
    2.2 方法
        2.2.1 基因組DNA提取及測序
        2.2.2 基因組組裝
        2.2.3 重復序列
        2.2.4 非編碼RNA
        2.2.5 基因預測
        2.2.6 基因完整性評估
        2.2.7 基因功能注釋
        2.2.8 SNP/InDel
        2.2.9 基因家族分析
        2.2.10 系統(tǒng)進化分析
第三章 結果與討論
    3.1 酵母菌培養(yǎng)及其基因組DNA制備
Han0458 基因組草圖">    3.2 離子束重組異常漢遜酵母菌Ar_Han0458 基因組草圖
        3.2.1 測序結果
        3.2.2 組裝結果
        3.2.3 重復序列
        3.2.4 非編碼RNA
        3.2.5 基因預測
        3.2.6 基因完整性
        3.2.7 基因功能注釋
    3.3 原始菌株As2340 基因組草圖
        3.3.1 測序結果
        3.3.2 組裝結果
        3.3.3 重復序列
        3.3.4 非編碼RNA
        3.3.5 基因預測
        3.3.6 基因完整性
        3.3.7 基因功能注釋
    3.4 異常漢遜酵母菌的比較基因組學分析
        3.4.1 離子注入前后異常漢遜酵母菌含六核苷酸重復基序的微衛(wèi)星序列分析
        3.4.2 SNP/InDel分析
        3.4.3 基因家族
        3.4.4 系統(tǒng)進化分析
第四章 結論與展望
參考文獻
附錄
在讀期間發(fā)表論文及參加學術會議
致謝


【參考文獻】：
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