木麻黃（Casuarina equisetifolia Forst.）是一種原產(chǎn)于熱帶、亞熱帶的典型沿海防護(hù)林樹(shù)種,其基因組較小,種子數(shù)量較多,很適合作為耐鹽研究的模式樹(shù)種。然而,其耐鹽機(jī)制尚不清楚。本研究對(duì)木麻黃進(jìn)行了0,100 mM,200 mM鹽脅迫處理和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。通過(guò)GO分類(lèi)、KEGG代謝通路及差異基因表達(dá)分析確定了CeCIGR1作為耐鹽候選基因并進(jìn)行了熒光定量PCR驗(yàn)證。利用根癌農(nóng)桿菌介導(dǎo)的轉(zhuǎn)基因技術(shù)侵染楊樹(shù)莖段外植體,對(duì)鑒定為陽(yáng)性的轉(zhuǎn)基因楊樹(shù)進(jìn)行鹽脅迫下的生理指標(biāo)測(cè)定。得到的主要結(jié)果如下:一、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序共得到57850條Unigene,最短的Unigene長(zhǎng)度為201 nt,最長(zhǎng)13035 nt。在eggNOG數(shù)據(jù)庫(kù)中共有55.48%的Unigene被注釋,是六大數(shù)據(jù)庫(kù)（Nr、eggNOG、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot）中注釋程度最高的;GO功能分類(lèi)占比最高的是細(xì)胞組件,占了所有Unigene的33%,KEGG代謝通路注釋有32.8%是新陳代謝通路,占比最高;根據(jù)Nr數(shù)據(jù)庫(kù)中蛋白序列相似度對(duì)比,發(fā)現(xiàn)有46.63%的蛋白序列與胡桃同源,是與木麻黃親緣關(guān)系的... 

【文章來(lái)源】：浙江農(nóng)林大學(xué)浙江省

【文章頁(yè)數(shù)】：72 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

cDNA文庫(kù)構(gòu)建Figure2.1constructionofcDNAlibrary

木麻黃轉(zhuǎn)錄組特征與耐鹽基因挖掘//www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)驗(yàn)證序列質(zhì)量，所有的下析都是基于高質(zhì)量的有效數(shù)據(jù)。2 序列組裝用從頭組裝軟件對(duì)所有樣本過(guò)濾后得到的有效讀長(zhǎng)（Clean Reads）進(jìn)行從再將所有組裝成的長(zhǎng)片段（Contig）組裝成兩端不能再延長(zhǎng)的序列，最后進(jìn)化得到 Unigene。 接下來(lái)對(duì)得到的 Unigene 進(jìn)行組裝質(zhì)量的評(píng)判，包括ne 的長(zhǎng)度、GC 含量和 N50 等。N50 可以作為基因組、轉(zhuǎn)錄組拼接結(jié)果好壞判斷標(biāo)準(zhǔn)，指的是將所有組裝出來(lái)的結(jié)果按照長(zhǎng)度從高到低進(jìn)行排列后，長(zhǎng)度一半時(shí)的長(zhǎng)度。3 Unigene 功能注釋及分類(lèi)裝完的 Unigene 并沒(méi)有對(duì)應(yīng)的功能注釋?zhuān)晕覀儗?Unigene 對(duì)照 NCBI、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot 和 eGGNOG 六個(gè)權(quán)威數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行注釋。

Unigene長(zhǎng)度分布圖

【參考文獻(xiàn)】：
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博士論文
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碩士論文
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