目前在真核生物的基因組中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了大量的長鏈非編碼RNAs(lncRNAs),而近年來,越來越多的證據(jù)表明這類非編碼基因在生物體表觀遺傳水平,轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平等多個(gè)層次都發(fā)揮著極為重要的調(diào)控作用。小鼠視網(wǎng)膜是研究神經(jīng)細(xì)胞發(fā)育和分化的重要模型。此前的相關(guān)研究已使我們對(duì)轉(zhuǎn)錄因子等蛋白編碼基因在視網(wǎng)膜形成過程中的作用有了較多的了解,但lncRNAs在小鼠視網(wǎng)膜中的表達(dá)及在視網(wǎng)膜神經(jīng)細(xì)胞分化和發(fā)育過程中功能尚未有全面地研究。本研究利用l ong-read測(cè)序方法,從胚胎小鼠和新生小鼠視網(wǎng)膜中共鑒定出690個(gè)基因間區(qū)的lncRNA(lincRNA),包括940個(gè)轉(zhuǎn)錄本,其中約16%可能是視網(wǎng)膜特異性表達(dá)的。對(duì)其鄰近基因的功能分析表明,這些視網(wǎng)膜lincRNA與視網(wǎng)膜神經(jīng)元細(xì)胞的分化和發(fā)育密切相關(guān)。進(jìn)一步研究表明在視網(wǎng)膜神經(jīng)節(jié)細(xì)胞(retinal ganglion c ell,RGC)分化關(guān)鍵調(diào)控因子(Math5,Isl1和Brn3b)功能喪失后,有90個(gè)lincR NA表達(dá)水平出現(xiàn)顯著變化,提示其可能在RGC的發(fā)育過程中有重要功能,其中包括與POU結(jié)構(gòu)域轉(zhuǎn)錄因子(Pou4f1、Pou4f2和Pou4f3)相鄰的lincRNA基因linc-3a,linc-3b和linc-3c,且隨后的原位雜交實(shí)驗(yàn)表明這3個(gè)lincRNA可能具有RGC細(xì)胞特異性。綜上所述,這項(xiàng)工作提供了小鼠視網(wǎng)膜lincRNA的更全面的注釋,這將對(duì)進(jìn)一步探討它們?cè)谝暰W(wǎng)膜發(fā)育中的重要功能以及深入了解視網(wǎng)膜發(fā)育的調(diào)控機(jī)制有極大的促進(jìn)作用。
【學(xué)位單位】：杭州師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：Q344
【部分圖文】：

分為視錐細(xì)胞(cones)和視桿細(xì)胞(rods)，它們緊挨著色素上皮層(retinalpigmented epithelium, RPE)。圖1.1 小鼠視網(wǎng)膜結(jié)構(gòu)[3]。1.2 視網(wǎng)膜的發(fā)生多年來視網(wǎng)膜發(fā)育的過程已經(jīng)研究的相對(duì)深入，在視網(wǎng)膜細(xì)胞增殖、細(xì)胞命運(yùn)、分化遷移、突觸發(fā)生和細(xì)胞凋亡等機(jī)制都有大量的研究報(bào)道[4]。從結(jié)構(gòu)上看，視網(wǎng)膜是貼近眼球壁的里層組織，由神經(jīng)外胚層演變而來。胚胎發(fā)育過程中，前腦外翻逐漸形成視泡，在視泡的誘導(dǎo)下外胚層形成晶狀體，

杭州師范大學(xué)碩士學(xué)位論文 引言這種活性[80]。(4)蛋白質(zhì)介導(dǎo)的相互作用：近四分之一的人類已知蛋白具有核苷酸結(jié)合域[81]，因此蛋白質(zhì)很有可能充當(dāng) lncRNA 與靶基因相連的媒介。例如，在端粒復(fù)合物中，核糖核蛋白 hnRNP A2 結(jié)合端粒酶 RNA40 和端粒 DNA[82]，填補(bǔ) DNA 復(fù)制過程損失的端粒 DNA[83]。

個(gè) ORF 具有明顯的結(jié)構(gòu)域特征，16,251 個(gè)與已知的小鼠蛋白質(zhì)具有高度相似性。任何包含這些 ORF 的轉(zhuǎn)錄本都被過濾，得到一個(gè)有 33,060 個(gè)轉(zhuǎn)錄本的集合。用基于核苷酸序列的同源搜索 (BLASTN) 對(duì)比得出有 3,306 個(gè)轉(zhuǎn)錄本被映射到特征的 5’-或 3’- 非翻譯區(qū)域 (UTRs)，這些被認(rèn)為蛋白質(zhì)編碼轉(zhuǎn)錄本的片段。此外，將保留的 29,754 個(gè)轉(zhuǎn)錄本的外顯子和內(nèi)含子結(jié)構(gòu)，用 MatchAnnot 將其與已注釋的小鼠基因進(jìn)行了比較。如果轉(zhuǎn)錄物的結(jié)構(gòu)與已知的蛋白質(zhì)編碼/結(jié)構(gòu) RNA 基因完全匹配，或者它們與蛋白質(zhì)編碼基因共享一個(gè)或多個(gè)內(nèi)含子，則對(duì)其進(jìn)行過濾，最終得到 27,867 個(gè)候選 lncRNAs，其中總共 5,404 個(gè)含有多外顯子。值得注意的是，來源于 Iso-seq 的轉(zhuǎn)錄本不存在鏈的特異性，因此盡管有許多候選 lncRNAs 可以根據(jù)其初始序列和結(jié)構(gòu)的相似性分類為反義/內(nèi)含子 lncRNAs，且擁有很高的置信度，但是在許多情況下很難準(zhǔn)確區(qū)分反義/內(nèi)含子 lncRNAs 與蛋白質(zhì)編碼基因的轉(zhuǎn)錄本。因此，本文只選取了所有的 940 個(gè)多外顯子的lincRNAs 進(jìn)行后續(xù)分析。
【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 胡單萍;羅雪;劉詩亮;沈吟;;一種急性分離視網(wǎng)膜細(xì)胞的實(shí)驗(yàn)方法[J];武漢大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版);2015年03期

2 ;再生鼠視網(wǎng)膜細(xì)胞取得成功[J];生物醫(yī)學(xué)工程與臨床;2009年01期

3 張洪偉;美移植流產(chǎn)胎兒視網(wǎng)膜細(xì)胞治老人眼疾[J];醫(yī)學(xué)信息;1997年04期

4 Cullbertson WW;趙強(qiáng);;水痘帶狀皰疹病毒是急性視網(wǎng)膜壞死綜合征的病因[J];國外醫(yī)學(xué).眼科學(xué)分冊(cè);1987年04期

5 張鴻鳴;視網(wǎng)膜微電腦診斷方法[J];計(jì)算機(jī)應(yīng)用研究;1988年06期

6 劉黎,蘇國輝;視網(wǎng)膜神經(jīng)纖維在不同發(fā)育時(shí)期雞胚視網(wǎng)膜基膜上的生長~*[J];實(shí)驗(yàn)生物學(xué)報(bào);1988年04期

7 胡玉章;羅成仁;;糖尿病性視網(wǎng)膜病變發(fā)病機(jī)理的研究進(jìn)展[J];國外醫(yī)學(xué).眼科學(xué)分冊(cè);1988年06期

8 育巍;;鋅減低致盲疾病發(fā)展速度[J];國外醫(yī)學(xué)情報(bào);1988年15期

9 王琦;中西結(jié)合治療視網(wǎng)膜靜脈栓塞35例對(duì)照觀察[J];廣西中醫(yī)藥;1989年01期

10 李力;;視網(wǎng)膜細(xì)胞移植成功[J];眼科新進(jìn)展;1989年02期

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 郭敬;視網(wǎng)膜中可用于早期診治阿爾茨海默病的可視化生物標(biāo)記分子研究[D];華中科技大學(xué);2018年

2 殷麗;Rho激酶抑制劑Y27632對(duì)大鼠視網(wǎng)膜急性缺血再灌注損傷保護(hù)機(jī)制的研究[D];南京醫(yī)科大學(xué);2016年

3 謝晶;嗅鞘細(xì)胞調(diào)控膠質(zhì)微環(huán)境延緩視網(wǎng)膜視神經(jīng)功能退變的作用機(jī)制研究[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2017年

4 程肖寧;Dishevelled作用蛋白Lurap1調(diào)節(jié)細(xì)胞極性和Wnt受體Frizzled8a調(diào)節(jié)視網(wǎng)膜細(xì)胞分化的機(jī)制研究[D];山東大學(xué);2018年

5 朱云喜;長鏈非編碼RNA MEG3沉默對(duì)光誘導(dǎo)視網(wǎng)膜變性保護(hù)作用研究[D];南京醫(yī)科大學(xué);2018年

6 李秀苗;NLGN3對(duì)H_2O_2誘導(dǎo)的視網(wǎng)膜細(xì)胞損傷的保護(hù)作用和機(jī)制研究[D];南京醫(yī)科大學(xué);2018年

7 胡仔仲;Microglia/NLRP3/IL-1β通路在視網(wǎng)膜慢性光損傷中的作用研究[D];南京醫(yī)科大學(xué);2018年

8 邱峰;miR-21-5p調(diào)控高糖誘導(dǎo)的視網(wǎng)膜內(nèi)皮細(xì)胞增殖、遷移以及血管形成的實(shí)驗(yàn)研究[D];中國醫(yī)科大學(xué);2018年

9 曹利群;CD81在正常、脫離及再復(fù)位大鼠視網(wǎng)膜中的表達(dá)[D];中國人民解放軍軍醫(yī)進(jìn)修學(xué)院;2004年

10 潘愛華;視網(wǎng)膜內(nèi)Kir通道的分布、表達(dá)和發(fā)育[D];中南大學(xué);2004年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 萬穎;基于全長轉(zhuǎn)錄本測(cè)序的小鼠視網(wǎng)膜基因間lncRNA系統(tǒng)鑒定[D];杭州師范大學(xué);2019年

2 李睿嬋;富氫水對(duì)視網(wǎng)膜氧化應(yīng)激損傷的保護(hù)機(jī)制研究[D];錦州醫(yī)科大學(xué);2019年

3 李疏鳳;Decorin對(duì)DR血視網(wǎng)膜內(nèi)屏障的保護(hù)作用及機(jī)制研究[D];上海交通大學(xué);2017年

4 蘇睿虹;Zebularine對(duì)糖尿病大鼠視網(wǎng)膜的生物學(xué)影響[D];天津醫(yī)科大學(xué);2018年

5 張茜;芬戈莫德對(duì)大鼠視網(wǎng)膜光損傷的保護(hù)作用及免疫機(jī)制研究[D];電子科技大學(xué);2018年

6 張俏;褪黑素對(duì)糖尿病視網(wǎng)膜Müller細(xì)胞的影響[D];錦州醫(yī)科大學(xué);2018年

7 張艷;c-Ski基因?qū)η喙庋坌砸暽窠?jīng)損傷保護(hù)作用及機(jī)制研究[D];西南醫(yī)科大學(xué);2018年

8 尹一舟;ResolvinD1對(duì)糖尿病大鼠視網(wǎng)膜炎癥小體及NF-κB通路影響[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2017年

9 華婷;E1A激活基因阻遏子抑制大鼠視網(wǎng)膜光損傷感光細(xì)胞凋亡及其機(jī)制的研究[D];內(nèi)蒙古民族大學(xué);2017年

10 李美璇;高強(qiáng)度聚焦超聲輻照活體兔眼角膜后對(duì)視網(wǎng)膜及視神經(jīng)的影響[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2017年

本文編號(hào)：2853497