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東北林蛙和黑龍江林蛙腸道菌群比較及免疫功能初步分析

發(fā)布時(shí)間:2020-10-10 02:28
   兩棲蛙類是一種重要的生態(tài)環(huán)境指示類群,林蛙是其中重要品種,然而由于環(huán)境及人為因素的影響導(dǎo)致林蛙野生資源的銳減。腸道是機(jī)體最大的儲(chǔ)菌庫(kù)和免疫器官。在宿主生長(zhǎng)和發(fā)育過(guò)程中,許多生理和免疫功能在腸道菌群的輔助下得到完善。研究證實(shí),動(dòng)物體內(nèi)存在的正常菌群能夠刺激機(jī)體健全免疫系統(tǒng),來(lái)維護(hù)自身免疫力。當(dāng)腸道細(xì)菌缺乏時(shí),它會(huì)導(dǎo)致腸道免疫系統(tǒng)發(fā)育不良。由于水陸兩棲的獨(dú)特生活史及皮膚的高滲透性,兩棲動(dòng)物比其他類群對(duì)環(huán)境變化更加敏感。因此,一些科學(xué)家推測(cè)環(huán)境對(duì)其具有重大影響。那么不同的林蛙宿主與微生物群落及環(huán)境三者之間的相互關(guān)系如何呢?本研究應(yīng)用Illumina高通量高通量測(cè)序技術(shù)檢測(cè)了伊春地區(qū)東北林蛙、伊春地區(qū)黑龍江林蛙和哈爾濱地區(qū)黑龍江林蛙的腸道菌群結(jié)構(gòu)特征,并對(duì)腸道組織切片中T細(xì)胞進(jìn)行了顯微觀察,同時(shí)檢測(cè)了腸道溶菌酶活性。以此來(lái)比較不同種林蛙以及同種不同地理種群林蛙腸道菌群的結(jié)構(gòu)特征及腸道免疫功能差異,以期為林蛙物種保護(hù)及養(yǎng)殖提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。測(cè)序結(jié)果顯示,哈爾濱與伊春黑龍江林蛙以及伊春東北林蛙與黑龍江林蛙腸道微生物群落結(jié)構(gòu)相似性均較高,而來(lái)自不同生境的不同物種伊春東北林蛙與哈爾濱黑龍江林蛙微生物群落格局存在顯著差異;東北林蛙比黑龍江林蛙具有更高的菌群多樣性,而預(yù)測(cè)到的微生物基因功能豐度黑龍江林蛙普遍高于東北林蛙;盡管在林蛙體內(nèi)普遍具有重要功能的優(yōu)勢(shì)菌群是一致的,但在不同分類水平上絕大多數(shù)優(yōu)勢(shì)菌在各樣品中所占的具體比例存在顯著差異;ANAE染色和溶菌酶檢測(cè)結(jié)果顯示,T細(xì)胞數(shù)量及溶菌酶含量,伊春地區(qū)東北林蛙伊春地區(qū)黑龍江林蛙哈爾濱地區(qū)黑龍江林蛙。綜上所述,兩棲蛙類腸道菌群結(jié)構(gòu)的差異應(yīng)歸因于物種本身及環(huán)境因素共同作用的結(jié)果,且推測(cè)黑龍江林蛙比東北林蛙分布更廣,種群數(shù)量相對(duì)較多,可能與黑龍江林蛙具有更高的抗菌能力和微生物基因功能更活躍有關(guān)。
【學(xué)位單位】:東北林業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:Q95;Q93
【部分圖文】:

長(zhǎng)度分布,長(zhǎng)度分布,東北林業(yè)大學(xué),碩士學(xué)位論文


東北林業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文B3邐62148邐58352邐457.59邐48.52邐93.89逡逑C1邐54269邐48997邐452.26邐50.19邐90.29逡逑C2邐54053邐48737邐452.28邐50.21邐90.17逡逑C3邐69718邐63197邐452.18邐50.2邐90.65逡逑sum邐560622邐519700邐4115.66邐—邐—逡逑average邐62291邐57744邐457.30邐—邐—逡逑ffective(%):去除嵌合體后有效Nochimera與有效PE_reads的百分比。逡逑Effective邋sequence邋length邋distribution逡逑O逡逑0逡逑

熱圖,豐度,聚類,黑龍江林蛙


逡逑最高的30個(gè)OTU做出了如圖2-2所示的OTU豐度聚類熱圖。從圖中可以看出三組樣逡逑品組內(nèi)的各樣品OTU豐度表現(xiàn)出了高度的一致性,而組間則表現(xiàn)出了特異性。A組豐逡逑度最高的為OTU1,B組豐度最高的為OTU3,邋C組風(fēng)度最高的為OTU7。逡逑根據(jù)OTU聚類分析結(jié)果,分析了不同樣本/組相同和不同的OTU制作出了邋Venn逡逑圖。結(jié)果顯示(圖2-3),OTU總數(shù)A組為56個(gè)OTU,B組為79個(gè)OTU,C組有逡逑125個(gè)OTU。A組、B組、C組共有的0TU數(shù)目為46個(gè);A組和B組共有OTU數(shù)目逡逑為53個(gè),占A組OTU總數(shù)的94.64%,占B組OTU總數(shù)的67.09%。這說(shuō)明了伊春地逡逑區(qū)的黑龍江林蛙OTU數(shù)目特異性高于哈爾濱地區(qū)的黑龍江林蛙;B組和C組的共有逡逑OTU數(shù)目為70個(gè),占B組OTU總數(shù)的88.61%,占C組OTU總數(shù)的56%。這說(shuō)明逡逑了,伊春地區(qū)的東北林蛙OTU數(shù)目特異性高于同一地區(qū)的黑龍江林蛙。A組和C組的逡逑共有OTU數(shù)目為46個(gè)

曲線,韋恩圖,樣品,聚類


邐10000邐20000邐30000邐40000逡逑Sequences邋Per邋Sample逡逑圖2-4邋OTU稀釋曲線逡逑Fig邋2-4邋OTU邋dilution邋curve逡逑稀釋曲線(rarefaction邋curve)邋—般用于檢測(cè)樣本的數(shù)量是否足夠和預(yù)測(cè)物種的豐富逡逑度。圖2-4顯示實(shí)驗(yàn)采用的樣品數(shù)量充分,可以作為分析使用。從使用Mothur軟件繪逡逑制出的0TU稀釋曲線上,可以看出隨著測(cè)序深度的增加,每條曲線0TU的值從上升開(kāi)逡逑始變得逐漸變平坦,這表明實(shí)驗(yàn)的測(cè)序數(shù)據(jù)是合理的。在達(dá)到飽和前,C組的腸道菌群逡逑-12-逡逑

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本文編號(hào):2834582

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