基于葉綠體全基因組和核糖體編碼基因的新木姜子屬植物(樟科)的進化差異
發(fā)布時間:2020-08-27 11:17
【摘要】:熱帶的植物往往有復雜多樣、分布廣泛的特點,所以在研究他們的基因組進化和生物地理學時往往會受到很多技術方面的阻礙。樟科植物廣泛分布在熱帶和亞熱帶地區(qū),是熱帶雨林的重要組成物種。全世界大約有3000多種樟科植物。但是今年國際自然保護聯(lián)盟紅色名單中樟科植物數(shù)量逐年增長,面臨滅絕的風險,同時由于樟科植物之間缺乏關鍵性狀特征難以辨認,對樟科植物了解甚少,給保護的研究增加了一定的困難。新木姜子屬植物是樟科的一個屬,全世界大概有100多種,其中有五十多種分布在中國。目前對于新木姜子屬的內(nèi)部親緣關系及其在科中的進化位置的研究非常少,在總結(jié)前人的分子學研究和形態(tài)學研究基礎上,我們對新木姜子屬的系統(tǒng)進化位置進行了探索。在我們的研究中,我們第一次提出利用全葉綠體基因去討論新木姜子屬的屬內(nèi)屬間親緣關系,在研究中一共使用16個新木姜子屬植物和7個樟科其他屬的植物,使用Mig-seq和下一代側(cè)序的方法得到的全葉綠體基因、核糖體基因、蛋白編碼序列和長單拷貝序列。我們用Orgasm,Geneniou,OGDraw等進行生物學分析,并構建了基于最大似然法的SH-like 系統(tǒng)發(fā)育樹。結(jié)構數(shù)據(jù)表明N.chuii,N.sericea,N.dealbata,N,ovatifolia,N.cambodiana,N.aurata,N.chuii 在同一個分支A里面,而N.pinninervis,N.zeylanica,N.longipedicellata,N.shingningensis則被歸為分支B里面。另一方面,用蛋白編碼序列,長單拷貝序列構建的系統(tǒng)發(fā)育樹被證明不能成功的反映出新木姜子屬屬內(nèi)的系統(tǒng)學關系,但基于全葉綠體基因與核糖體基因結(jié)合的數(shù)據(jù)可以較準確的反映出新木姜子屬內(nèi)系統(tǒng)發(fā)育關系,同時為新木姜子屬是個單系類群提供了有力證據(jù)。在綜合幾種數(shù)據(jù)方法的使用后,正如我們的研究所證明的那樣,全葉綠體基因和核糖體核蛋白編碼基因的結(jié)合數(shù)據(jù)開辟了令人興奮的前景。研究新木姜子屬內(nèi)系統(tǒng)發(fā)育對我們研究起源和全球氣候變化有一定的意義,并擴充了樟科的基因庫。未來我們會加入更多的物種數(shù)據(jù)進行分析,新木姜子屬內(nèi)進化研究也有待繼續(xù)完善。
【學位授予單位】:廣西大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2019
【分類號】:Q943.2
本文編號:2806031
【學位授予單位】:廣西大學
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【學位授予年份】:2019
【分類號】:Q943.2
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本文編號:2806031
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