發(fā)布時(shí)間：2020-07-15 03:49

【摘要】：MiRNA(MicroRNA)是一類由20到25個(gè)核苷酸組成的非編碼RNA。研究初期,由于miRNA的功能尚未被發(fā)現(xiàn),所以miRNA一度被稱為“暗物質(zhì)”。隨著研究的不斷深入,大量的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和案例表明,miRNA與疾病有著密切的聯(lián)系,在人類所必需的多種生物過(guò)程中均發(fā)揮著重要的作用。因此miRNA常常被作為生物標(biāo)志物輔助醫(yī)生進(jìn)行醫(yī)療診斷。發(fā)掘miRNA與疾病的關(guān)聯(lián)關(guān)系在科學(xué)領(lǐng)域以及人類醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)的發(fā)展方面都具有重要意義,因此逐漸成為科研工作者重要的研究課題。目前,利用傳統(tǒng)的生物實(shí)驗(yàn)方法雖然已經(jīng)可以得到miRNA與疾病的關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù),但是這些方法的實(shí)驗(yàn)周期往往很長(zhǎng),而且需要耗費(fèi)大量的人力物力資源,所以得到的關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)數(shù)量極其有限。近年來(lái),在新興的生物信息學(xué)的指導(dǎo)下,研究人員提出了大量與傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)方法相比較更加準(zhǔn)確有效的方法來(lái)實(shí)現(xiàn)miRNA-疾病關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè),其中很多都取得了十分矚目的成果。本文利用miRNA功能相似性網(wǎng)絡(luò),疾病語(yǔ)義相似性網(wǎng)絡(luò)和miRNA與疾病的關(guān)系網(wǎng)絡(luò)等生物數(shù)據(jù)提出三種預(yù)測(cè)miRNA與疾病關(guān)聯(lián)關(guān)系的計(jì)算方法,即基于KATZ模型的預(yù)測(cè)方法KATZMDA、基于稀疏近鄰的方法SNMDA和基于局部約束線性編碼的LLCMDA方法�？紤]到miRMA功能相似性和疾病語(yǔ)義相似性數(shù)據(jù)過(guò)于稀疏,所以,三種方法都是對(duì)miRNA相似性和疾病相似性進(jìn)行重構(gòu)。其中,KATZMDA模型利用重構(gòu)的相似性信息與已有的信息進(jìn)行整合來(lái)構(gòu)建異構(gòu)網(wǎng)絡(luò),然后再使用KATZ算法預(yù)測(cè)相關(guān)性分?jǐn)?shù)。SNMDA和LLCMDA則是利用稀疏近鄰和局部約束線性編碼算法對(duì)相似性信息進(jìn)行重構(gòu),然后再利用標(biāo)簽傳播算法得到miRNA與疾病的關(guān)聯(lián)關(guān)系。在實(shí)驗(yàn)部分,我們使用留一交叉驗(yàn)證和K折交叉驗(yàn)證來(lái)檢驗(yàn)方法的有效性,同時(shí)對(duì)多種疾病進(jìn)行案例分析來(lái)進(jìn)一步驗(yàn)證。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,本文提出的三種方法均可以有效地預(yù)測(cè)miRNA與疾病間的關(guān)聯(lián)關(guān)系。
【學(xué)位授予單位】：山東師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：TP301.6;Q811.4
【圖文】：

圖 2-1 乳腺癌的 DAG 圖 d，可被表示為：DAGd=(d, Td, Ed)。 表示包含子節(jié)點(diǎn) d 的所有祖先節(jié)點(diǎn)也包括其本身的集合，Ed 節(jié)點(diǎn)的有向邊的集合。的 DAG 中，疾病所處層次的不同對(duì)疾病 d 產(chǎn)生的語(yǔ)義貢獻(xiàn)值的疾病 d 節(jié)點(diǎn)越遠(yuǎn)的祖先疾病節(jié)點(diǎn)對(duì)其語(yǔ)義貢獻(xiàn)值越小。假設(shè)疾使用 Dd(t)表示疾病 t 對(duì)疾病 d 的語(yǔ)義貢獻(xiàn)值。疾病 t 對(duì)疾病過(guò)公式 2-1 進(jìn)行計(jì)算： 1maxdd dD t if t dD t D t t child of t if t d 用 表示語(yǔ)義貢獻(xiàn)值因子，t 表示疾病 t 的子節(jié)點(diǎn)。由公式 2-1身的語(yǔ)義貢獻(xiàn)值設(shè)置為 1。通常情況下，我們將 設(shè)置為 0.5。

山東師范大學(xué)碩士學(xué)位論文。.3 MiRNA 功能相似性網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建基于功能相似的 miRNA 往往作用于相似疾病的假設(shè)，Wang[43]提出了一個(gè)用于計(jì)算iRNA 功能相似性的方法。在 2.2 中，我們已經(jīng)介紹如何計(jì)算疾病語(yǔ)義相似性，Wang助疾病語(yǔ)義相似性來(lái)計(jì)算 miRNA 的功能相似性。目前，很多文獻(xiàn)中使用的 miRNA能相似性均是利用該方法計(jì)算而來(lái)，該相似性數(shù)據(jù)可以直接下載使用。計(jì)算過(guò)程主要為三個(gè)步驟，我們將借助 Xuan[21]文獻(xiàn)中的圖來(lái)解釋具體步驟。

山東師范大學(xué)碩士學(xué)位論文 1 1, ,,u vi v j ui DT j DTu vS dt DT S dt DTMisim u vDT DT 結(jié)介紹了后續(xù)提出算法中使用的三種生物數(shù)據(jù)。使用三種生物數(shù) miRNA-疾病異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)。其中，d 表示疾病，m 表示 miRNA。層為 miRNA 間的網(wǎng)絡(luò)。實(shí)線表示 miRNA 或疾病內(nèi)部間的相似 與疾病間存在的關(guān)聯(lián)。

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 劉曉爽;李建鋒;;無(wú)線異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的協(xié)作與競(jìng)爭(zhēng)關(guān)系探討[J];電腦知識(shí)與技術(shù);2018年35期

2 李渝舟;江濤;曹洋;李贊;;5G綠色超密集無(wú)線異構(gòu)網(wǎng)絡(luò):理念、技術(shù)及挑戰(zhàn)[J];電信科學(xué);2017年06期

3 王文杰;;基于物聯(lián)網(wǎng)的制造業(yè)異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)融合技術(shù)研究[J];高等職業(yè)教育(天津職業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào));2015年06期

4 Tao HUANG;Ying-lei TENG;Meng-ting LIU;Jiang LIU;;理想/非理想感知條件下認(rèn)知異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的容量分析（英文）[J];Journal of Zhejiang University-Science C(Computers & Electronics);2015年01期

5 王海濤;宋麗華;陳暉;張禎松;;異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)融合及實(shí)現(xiàn)技術(shù)方案探討[J];數(shù)據(jù)通信;2014年02期

6 陳如明;;多元異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的協(xié)同與融合助力智慧城市的務(wù)實(shí)發(fā)展[J];中國(guó)無(wú)線電;2011年09期

7 胡海波;;無(wú)線異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)發(fā)展綜述[J];現(xiàn)代電信科技;2009年12期

8 吳蒙;季麗娜;王X;;無(wú)線異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵安全技術(shù)[J];中興通訊技術(shù);2008年03期

9 陶毅,郭顏軍,李成博,張昕;基于TCP/IP的異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)的互聯(lián)與集成[J];計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)與制造;1999年02期

10 張建安;;基于移動(dòng)切換認(rèn)證的分層異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)中的用戶敏感信息隱藏方法[J];計(jì)算機(jī)科學(xué);2019年03期

相關(guān)會(huì)議論文 前10條

1 范恒;王正洪;李智;;基于SDN技術(shù)的異構(gòu)無(wú)線網(wǎng)絡(luò)均衡研究[A];2017全國(guó)無(wú)線及移動(dòng)通信學(xué)術(shù)大會(huì)論文集[C];2017年

2 陳瑩瑩;張庚;翟明岳;李杰;黨美琳;邢桂蘭;;基于統(tǒng)一通信技術(shù)的異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)穿越安全算法研究[A];2013電力行業(yè)信息化年會(huì)論文集[C];2013年

3 傅承鵬;;對(duì)《下一代通訊網(wǎng)的戰(zhàn)略思考》的補(bǔ)充[A];2006中國(guó)科協(xié)年會(huì)論文集（第13分會(huì)場(chǎng)）[C];2006年

4 熊越;;基于異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的通信資源軍民融合設(shè)想[A];第十五屆衛(wèi)星通信學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2019年

5 王磊;李威;;5G獨(dú)立組網(wǎng)下超密集異構(gòu)網(wǎng)方案的研究[A];5G網(wǎng)絡(luò)創(chuàng)新研討會(huì)（2019）論文集[C];2019年

6 張昕;;LTE異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)干擾協(xié)調(diào)技術(shù)研究[A];2014LTE網(wǎng)絡(luò)創(chuàng)新研討會(huì)論文集[C];2014年

7 羅新軍;楊超;;LTE異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)深度覆蓋解決方案研究[A];2015LTE網(wǎng)絡(luò)創(chuàng)新研討會(huì)論文集[C];2015年

8 劉璋奯;;異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)下國(guó)際IM系統(tǒng)架構(gòu)及關(guān)鍵技術(shù)研究[A];2014全國(guó)無(wú)線及移動(dòng)通信學(xué)術(shù)大會(huì)論文集[C];2014年

9 王長(zhǎng)峰;田雨;;大型工程(科技)項(xiàng)目應(yīng)急管理異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)組織行動(dòng)者網(wǎng)絡(luò)分析[A];第九屆中國(guó)軟科學(xué)學(xué)術(shù)年會(huì)論文集（下冊(cè)）[C];2013年

10 盧燕青;張榮;吳恒章;;異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)融合下的統(tǒng)一QoS策略控制方案研究[A];中國(guó)通信學(xué)會(huì)信息通信網(wǎng)絡(luò)技術(shù)委員會(huì)2009年年會(huì)論文集（下冊(cè)）[C];2009年

相關(guān)重要報(bào)紙文章 前10條

1 李蕙心　陳能端;新加坡計(jì)劃推出“異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)”[N];人民郵電;2014年

2 陳如明;TD—SCDMA與WiMAX可進(jìn)行異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)融合[N];中國(guó)電子報(bào);2008年

3 中興通訊 宋軍邋尤建潔 蘭光華;異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的資源控制體系為業(yè)務(wù)提供服務(wù)質(zhì)量保證[N];通信信息報(bào);2008年

4 本報(bào)記者 徐勇;異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)引發(fā)挑戰(zhàn)移動(dòng)回程亟待革新[N];人民郵電;2012年

5 謝麗容;國(guó)家無(wú)線電頻率規(guī)劃專家咨詢委員會(huì)主任陳如明 經(jīng)營(yíng)好多元異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)[N];通信產(chǎn)業(yè)報(bào);2011年

6 北京郵電大學(xué)無(wú)線新技術(shù)研究所所長(zhǎng) 張平;用全新的思路對(duì)待4G[N];通信產(chǎn)業(yè)報(bào);2007年

7 工業(yè)和信息化部電信研究院 馬軍鋒　何寶宏;五大方案實(shí)現(xiàn)IPv6與IPv4共存互通[N];通信產(chǎn)業(yè)報(bào);2011年

8 ;2012年通信業(yè)10大發(fā)展趨勢(shì)展望[N];人民郵電;2012年

9 上海貝爾;2012年通信業(yè)十大發(fā)展趨勢(shì)展望[N];通信產(chǎn)業(yè)報(bào);2012年

10 趙曉濤;VPN: 只有測(cè)試,沒(méi)有最好[N];網(wǎng)絡(luò)世界;2006年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 謝朝臣;基于MIMO的超密集異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)資源分配及切換技術(shù)研究[D];重慶大學(xué);2018年

2 牛烙

本文編號(hào)：2755933