【摘要】：在生物信息研究領(lǐng)域,對(duì)于植物基因組的研究是非常重要的熱點(diǎn)領(lǐng)域。在擬南芥這一植物測(cè)序工作的里程碑模式生物完全測(cè)序之后,對(duì)一百多種植物物種的DNA序列的測(cè)序工作接連完成,其中毛果楊就是其中一種典型的可供科研工作者深入的模式植物物種。但是這些不用國(guó)家的科研工作者在研究過(guò)程中,產(chǎn)生的各類(lèi)數(shù)據(jù)都無(wú)序或有序的存儲(chǔ)在不同的數(shù)據(jù)庫(kù)中,缺乏一個(gè)針對(duì)毛果楊這個(gè)重要模式生物,建立的一個(gè)專(zhuān)門(mén)的數(shù)據(jù)可視化平臺(tái),以供科研人員在對(duì)毛果楊進(jìn)行研究的過(guò)程中更直接、快捷的獲取數(shù)據(jù)——不僅能簡(jiǎn)單的獲得別的數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站沒(méi)有存儲(chǔ)的數(shù)據(jù),還能夠使用一些生物信息技術(shù)的進(jìn)行研究工作,于是本課題建立了一個(gè)專(zhuān)門(mén)的毛果楊生物數(shù)據(jù)可視化平臺(tái)。這個(gè)平臺(tái)被設(shè)計(jì)為一個(gè)基于Django網(wǎng)絡(luò)框架的網(wǎng)站形式,通過(guò)集成毛果楊的大量生物信息數(shù)據(jù),整理并數(shù)據(jù)可視化,為相關(guān)的科研人員提過(guò)獲取數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)分析的一個(gè)平臺(tái)。本文主要成果:(1)通過(guò)對(duì)收錄毛果楊不同數(shù)據(jù)庫(kù)的研究,匯集了各類(lèi)數(shù)據(jù),并理解和闡明了不同類(lèi)型的數(shù)據(jù)的意義和獲取方法。(2)通過(guò)研究目的出發(fā)對(duì)網(wǎng)站系統(tǒng)的需求分析,并在這些需求分析的基礎(chǔ)上,進(jìn)行了主題框架、數(shù)據(jù)庫(kù)、功能模塊,以此對(duì)用戶(hù)行為行為進(jìn)行了模擬。(3)對(duì)每一個(gè)功能模塊的搭建方法進(jìn)行了具體的解釋和陳述,然后每一個(gè)功能模塊的完成情況進(jìn)行了呈現(xiàn)。介紹了整個(gè)毛果楊基因數(shù)據(jù)平臺(tái)的部署和對(duì)其進(jìn)行的系統(tǒng)測(cè)試,保證平臺(tái)的可靠性和完整性。最后經(jīng)過(guò)一段時(shí)間的設(shè)計(jì)、開(kāi)發(fā)、測(cè)試工作后,該毛果楊生物數(shù)據(jù)可視化平臺(tái)完成了設(shè)計(jì)前期的目標(biāo)和想法,實(shí)現(xiàn)了一個(gè)整合毛果楊生物大數(shù)據(jù),為科研人員提過(guò)數(shù)據(jù)便利以及研究便利的一個(gè)數(shù)據(jù)平臺(tái)網(wǎng)站。
【圖文】：

第 3 章 毛果楊生物數(shù)據(jù)的整理與分析方法3.1 毛果楊生物信息數(shù)據(jù)來(lái)源和類(lèi)型3.1.1 常見(jiàn)的生物數(shù)據(jù)格式FASTA 格式Fasta 格式是最常見(jiàn)的存儲(chǔ)脫氧核糖核酸堿基序列或者是蛋白質(zhì)氨基酸序列的文件格式，在 Fasta 中每一條 DNA 序列或者蛋白質(zhì)序列都通過(guò)兩行數(shù)據(jù)的形式進(jìn)行存儲(chǔ)。第一行一般描述了該條序列的名稱(chēng)（轉(zhuǎn)錄本、基因、各 RNA）以及來(lái)源（數(shù)據(jù)庫(kù)、測(cè)序平臺(tái)），，還有可能會(huì)提供位置信息、數(shù)據(jù)的版本號(hào)，最重要的是這一行通常以“>” 符號(hào)作為起始信息。然后第二行就承載了具體的序列信息。如下圖 3-所示。

圖 3-2 測(cè)序質(zhì)量 Fastq 文件示意圖GFF 格式GFF 格式是最普遍的的一種生物信息注釋文件格式，收到了許多生物信息軟件的廣泛支持，其中也包括 JBrowse、ABrowse 等基因數(shù)據(jù)瀏覽器。GFF的開(kāi)頭幾行都以“##”開(kāi)頭，說(shuō)明了文件的 GFF 格式版本，文件的具體信息等等。GFF 格式文件的主體內(nèi)容是“\t”間隔的九條屬性，分別是序列的編號(hào)、來(lái)源、類(lèi)型、在序列上的起始位置、在在序列上的終止位置、得分、正負(fù)鏈、起始編碼位置（僅開(kāi)放閱讀框）以及更多描述。如下圖 所示。
【學(xué)位授予單位】：哈爾濱工業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類(lèi)號(hào)】：Q943;TP311.13

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本文編號(hào)：2671340