【摘要】：在生物信息研究領(lǐng)域,對于植物基因組的研究是非常重要的熱點領(lǐng)域。在擬南芥這一植物測序工作的里程碑模式生物完全測序之后,對一百多種植物物種的DNA序列的測序工作接連完成,其中毛果楊就是其中一種典型的可供科研工作者深入的模式植物物種。但是這些不用國家的科研工作者在研究過程中,產(chǎn)生的各類數(shù)據(jù)都無序或有序的存儲在不同的數(shù)據(jù)庫中,缺乏一個針對毛果楊這個重要模式生物,建立的一個專門的數(shù)據(jù)可視化平臺,以供科研人員在對毛果楊進行研究的過程中更直接、快捷的獲取數(shù)據(jù)——不僅能簡單的獲得別的數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站沒有存儲的數(shù)據(jù),還能夠使用一些生物信息技術(shù)的進行研究工作,于是本課題建立了一個專門的毛果楊生物數(shù)據(jù)可視化平臺。這個平臺被設(shè)計為一個基于Django網(wǎng)絡(luò)框架的網(wǎng)站形式,通過集成毛果楊的大量生物信息數(shù)據(jù),整理并數(shù)據(jù)可視化,為相關(guān)的科研人員提過獲取數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)分析的一個平臺。本文主要成果:(1)通過對收錄毛果楊不同數(shù)據(jù)庫的研究,匯集了各類數(shù)據(jù),并理解和闡明了不同類型的數(shù)據(jù)的意義和獲取方法。(2)通過研究目的出發(fā)對網(wǎng)站系統(tǒng)的需求分析,并在這些需求分析的基礎(chǔ)上,進行了主題框架、數(shù)據(jù)庫、功能模塊,以此對用戶行為行為進行了模擬。(3)對每一個功能模塊的搭建方法進行了具體的解釋和陳述,然后每一個功能模塊的完成情況進行了呈現(xiàn)。介紹了整個毛果楊基因數(shù)據(jù)平臺的部署和對其進行的系統(tǒng)測試,保證平臺的可靠性和完整性。最后經(jīng)過一段時間的設(shè)計、開發(fā)、測試工作后,該毛果楊生物數(shù)據(jù)可視化平臺完成了設(shè)計前期的目標和想法,實現(xiàn)了一個整合毛果楊生物大數(shù)據(jù),為科研人員提過數(shù)據(jù)便利以及研究便利的一個數(shù)據(jù)平臺網(wǎng)站。
【圖文】：

第 3 章 毛果楊生物數(shù)據(jù)的整理與分析方法3.1 毛果楊生物信息數(shù)據(jù)來源和類型3.1.1 常見的生物數(shù)據(jù)格式FASTA 格式Fasta 格式是最常見的存儲脫氧核糖核酸堿基序列或者是蛋白質(zhì)氨基酸序列的文件格式，在 Fasta 中每一條 DNA 序列或者蛋白質(zhì)序列都通過兩行數(shù)據(jù)的形式進行存儲。第一行一般描述了該條序列的名稱（轉(zhuǎn)錄本、基因、各 RNA）以及來源（數(shù)據(jù)庫、測序平臺），，還有可能會提供位置信息、數(shù)據(jù)的版本號，最重要的是這一行通常以“>” 符號作為起始信息。然后第二行就承載了具體的序列信息。如下圖 3-所示。

圖 3-2 測序質(zhì)量 Fastq 文件示意圖GFF 格式GFF 格式是最普遍的的一種生物信息注釋文件格式，收到了許多生物信息軟件的廣泛支持，其中也包括 JBrowse、ABrowse 等基因數(shù)據(jù)瀏覽器。GFF的開頭幾行都以“##”開頭，說明了文件的 GFF 格式版本，文件的具體信息等等。GFF 格式文件的主體內(nèi)容是“\t”間隔的九條屬性，分別是序列的編號、來源、類型、在序列上的起始位置、在在序列上的終止位置、得分、正負鏈、起始編碼位置（僅開放閱讀框）以及更多描述。如下圖 所示。
【學位授予單位】：哈爾濱工業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2019
【分類號】：Q943;TP311.13

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本文編號：2671340