【摘要】：褐沙蒿(Artemisia intramongolica H.C.Fu)分布于渾善達克沙地,為中國特有種。本文對褐沙蒿進行轉(zhuǎn)錄組測序,開發(fā)出SSR引物,分析SSR的分布特征,并利用篩選得到的SSR引物對褐沙蒿進行遺傳多樣性和遺傳結構的研究,主要結果如下:1.基于全部84183個Unigene搜索SSR,其中有9784個序列共包含1148個SSR,總長55,956,737bp。SSR的分布頻率為13.64%,發(fā)生頻率為11.62%,分布密度為4.87 kb。數(shù)量最多的SSR重復類型依次為單核苷酸、三核苷酸、二核苷酸,SSR密度分布同樣為單核苷酸三核苷酸二核苷酸。單核苷酸、三核苷酸、二核苷酸重復次數(shù)最多的分別為8~10、5、6次,重復基元序列最多的分別是A/T、AC/GT、ATC/ATG。重復長度類型中10~19bp的SSR位點最多。2.利用15對引物對褐沙蒿94個個體毛細管電泳后,共識別到81個等位基因,平均每個位點識別5.4個等位基因。共識別266個基因型,132個特異基因型,平均每個位點特異基因型比率為49.63%。3.褐沙蒿物種水平的預期雜合度He是0.63,Shannon多樣性指數(shù)I是1.82,PIC值為0.58,大于0.5,反映出褐沙蒿有高的多態(tài)信息含量。各種群預期雜合度在0.60~0.65之間,種群水平的I值為1.67~1.89,多態(tài)信息含量PIC的變幅為0.54~0.60,總體表現(xiàn)出有高的多樣性水平,且各種群間差別不大,三個指標均以內(nèi)蒙古正藍旗桑根達來(SGDL)和中國科學院內(nèi)蒙古錫林浩特草原生態(tài)系統(tǒng)定位研究站(DWZ)的種群多樣性最高。4.褐沙蒿種群內(nèi)的遺傳分化Hpop/Hsp為86.02%,種群間的遺傳分化(Hsp-Hpop)/Hsp為13.98%,說明86.02%的遺傳變異存在于種群內(nèi),13.98%的遺傳變異存在于種群間。各種群間的遺傳距離在0.0368~0.0913之間,遺傳距離較小。其中桑根達來(SGDL)與蘇尼特右旗(XSQ)的遺傳距離最近,為0.0368。利用MEGA6依據(jù)Nei’s遺傳距離繪制了UPGMA類型的聚類圖,顯示桑根達來(SGDL)與蘇尼特右旗(XSQ)聚為一支,再與錫林浩特市南貝力克牧場(BLKMC)聚到一起,定位站(DWZ)種群與克什克騰旗三義(SY)種群聚為一支。利用Mantel檢驗,遺傳距離與地理距離無顯著的相關性。5.利用Structure2.3.4軟件基于貝葉斯算法分析褐沙蒿的群體結構,并利用Structure Harvester軟件計得到DeltaK隨K變化的變化圖,顯示當K為3時,DeltaK值最大,即褐沙蒿5個種群來自3個基因庫。遺傳結構分析顯示,定位站和三義種群屬于一個基因庫,西蘇旗屬于第二個基因庫,桑根達來和貝力克牧場屬于第三個基因庫。
【圖文】：

Tab. 2-1 Results of transcriptome sequencing dataReads 數(shù)量 堿基數(shù)量 GC 含量 % ≥ Q37,198,257 11,127,458,248 42.64% 92.05%%≥Q30 為質(zhì)量值≥30 的堿基占總堿基的百分比2 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)的組裝結果利用 Trinity 的 de novo 組裝，組裝結果見表 2-2。組裝得到的 Unigene 101bp ，組裝完整性較高。Clean Reads 組裝共得到 Unigene 84183 個，956,737bp，平均長度為 664.70bp。其中 200~300bp 的 Unigene 含量最高占總數(shù)的 39.33%。其次為 300~500bp 的 Unigene，有 19998 個，占總數(shù)的1000bp、1000~2000bp 和 2000bp 以上的 Unigene 數(shù)量依次減少，2000ene 僅有 4996 個，占總數(shù)的 5.93%。

內(nèi)蒙古師范大學碩士學位論文的 Unigene 數(shù)量最少。隨著長度區(qū)間的增大，Unigene 數(shù)量整體呈下降趨勢。表 2-2 Unigene 組裝結果統(tǒng)計表Tab. 2-2 Statistical table of assembly results長度范（bp）200~300 300~500 500~1000 1000~2000 >2000 總數(shù)量 總長度 N50長度 平均長度nigene 33111（39.33%）19998（23.76%）15051（17.88%）11027（13.10%）4996（5.93%）84183 55956737 1101 664
【學位授予單位】：內(nèi)蒙古師范大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2019
【分類號】：Q943

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本文編號：2666171