嗜熱鏈球菌（Streptococcus thermophilus）作為自然發(fā)酵乳制品中的重要菌種,是工業(yè)生產(chǎn)發(fā)酵乳制品常用的發(fā)酵劑菌種之一,具有廣泛的應(yīng)用前景和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。菌株的產(chǎn)酸、糖代謝和蛋白水解等生產(chǎn)性能與發(fā)酵乳的品質(zhì)密切相關(guān),因此,基于全基因組和甲基化信息解析嗜熱鏈球菌基因型與表型之間的內(nèi)在聯(lián)系對(duì)于嗜熱鏈球菌的開(kāi)發(fā)利用意義重大。本研究以產(chǎn)酸性能差異較大的22株代表性嗜熱鏈球菌菌株為研究對(duì)象,采用PacBio SMRT測(cè)序平臺(tái)從全基因組和甲基化組水平探索菌株表型與基因型的內(nèi)在關(guān)系。主要研究結(jié)果如下:（1）獲得22株嗜熱鏈球菌的全基因組完成圖,發(fā)現(xiàn)不同菌株基因組序列高度保守,但與應(yīng)激蛋白、生物合成和噬菌體相關(guān)的蛋白編碼基因在菌株間有一定差異。（2）利用比較基因組學(xué)方法分析了 22株嗜熱鏈球菌基因組中與產(chǎn)酸、蛋白水解、碳水化合物活性酶和CRISPR-Cas系統(tǒng)等相關(guān)的重要功能基因,發(fā)現(xiàn)相關(guān)功能基因的拷貝數(shù)在不同菌株間差異很小,且菌株中產(chǎn)酸功能基因的拷貝數(shù)與酸度值無(wú)顯著相關(guān)性,但存在PrtS胞外蛋白酶的6株菌具有較強(qiáng)的產(chǎn)酸能力,都屬于快產(chǎn)酸類群。（3）嗜熱鏈球菌基因組中鑒定到m4C和m6... 

【文章來(lái)源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)

【文章頁(yè)數(shù)】：73 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語(yǔ)表
1 引言
    1.1 嗜熱鏈球菌
        1.1.1 嗜熱鏈球菌概述
        1.1.2 嗜熱鏈球菌的生物學(xué)特性
        1.1.3 嗜熱鏈球菌的應(yīng)用
    1.2 基因組學(xué)研究進(jìn)展
        1.2.1 基因組學(xué)與比較基因組學(xué)
        1.2.2 比較基因組學(xué)在嗜熱鏈球菌研究中的應(yīng)用
        1.2.3 PacBio SMRT三代測(cè)序技術(shù)在基因組學(xué)中的應(yīng)用
    1.3 甲基化組學(xué)研究進(jìn)展
        1.3.1 DNA甲基化及其在細(xì)菌中的應(yīng)用
        1.3.2 SMRT測(cè)序技術(shù)在DNA甲基化中的應(yīng)用
    1.4 立題意義和研究?jī)?nèi)容
        1.4.1 立題意義
        1.4.2 研究?jī)?nèi)容
2 材料與方法
    2.1 試驗(yàn)材料
        2.1.1 菌株來(lái)源
        2.1.2 材料與試劑
        2.1.3 儀器設(shè)備
    2.2 試驗(yàn)方法
        2.2.1 菌株的選取
        2.2.2 菌株活化及全基因組DNA的提取
        2.2.3 全基因組DNA的純化
        2.2.4 文庫(kù)構(gòu)建及SMRT測(cè)序
        2.2.5 全基因組序列拼接及其組裝
        2.2.6 嗜熱鏈球菌基因組分析
        2.2.7 嗜熱鏈球菌甲基化組分析
    2.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)
3 結(jié)果與分析
    3.1 嗜熱鏈球菌菌株的基因組分析
        3.1.1 嗜熱鏈球菌基因組的一般特點(diǎn)
        3.1.2 比較基因組分析
        3.1.3 基因組的預(yù)測(cè)與注釋
        3.1.4 泛-核心（Pan-Core）基因集的構(gòu)建
        3.1.5 系統(tǒng)發(fā)育分析
        3.1.6 嗜熱鏈球菌中的重要功能基因分析
    3.2 嗜熱鏈球菌甲基化組分析
        3.2.1 嗜熱鏈球菌甲基化組的一般特點(diǎn)
        3.2.2 motifs甲基化基序的類型統(tǒng)計(jì)
        3.2.3 甲基化位點(diǎn)堿基偏好性分析
        3.2.4 全基因組甲基化水平分布差異
        3.2.5 差異甲基化位點(diǎn)分析
        3.2.6 差異甲基化基因鑒定及其功能注釋
4 討論
    4.1 嗜熱鏈球菌菌株的基因組分析
    4.2 嗜熱鏈球菌菌株的甲基化組分析
5 結(jié)論
致謝
參考文獻(xiàn)
附表
作者簡(jiǎn)介


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]龍巖鮮煙葉特征香氣成分前體物代謝組學(xué)的通路分析[J]. 陳愛(ài)國(guó),劉光亮,周道金,謝鳳標(biāo),周培祿,蔣代兵,周東新,林天然,沈燦柱,曾文龍.  安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2018(03)
[2]分子生物學(xué)法快速篩選具有優(yōu)良產(chǎn)酸特性的嗜熱鏈球菌[J]. 趙潔,席曉霞,張興昌,劉文俊,王記成,孫志宏,孫天松.  中國(guó)食品學(xué)報(bào). 2018(03)
[3]烏頭非生物脅迫下萜類化合物次級(jí)代謝的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[J]. 張大燕,文歡,王偉,彭成,高繼海.  中藥材. 2017(10)
[4]酸奶市場(chǎng)規(guī)模過(guò)千億 成乳業(yè)增長(zhǎng)新途徑[J]. 劉麗.  乳品與人類. 2017(04)
[5]甲基化修飾在細(xì)菌表觀調(diào)控中的功能[J]. 童童,王連榮.  微生物學(xué)報(bào). 2017(11)
[6]表觀遺傳學(xué)修飾的遺傳模式及其研究進(jìn)展[J]. 沈雙,路則明,金景姬,蔡勇.  科學(xué)通報(bào). 2016(36)
[7]嗜熱鏈球菌CRISPR序列的檢測(cè)及原間隔序列預(yù)測(cè)[J]. 李婉,王娜娜,張丹青,霍貴成.  現(xiàn)代食品科技. 2016(10)
[8]單分子實(shí)時(shí)測(cè)序及其在微生物表觀遺傳學(xué)中的應(yīng)用[J]. 葛元潔,陳實(shí).  微生物學(xué)通報(bào). 2017(01)
[9]嗜熱鏈球菌的特性與應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 田輝,梁宏彰,霍貴成,Evivie Smith Etareri.  生物技術(shù)通報(bào). 2015(09)
[10]氨酰tRNA合成酶研究進(jìn)展[J]. 莫小,劉文叢.  生物技術(shù)世界. 2015(06)

博士論文
[1]德氏乳桿菌保加利亞亞種的群體遺傳學(xué)和功能基因組學(xué)研究[D]. 宋宇琴.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]自然發(fā)酵乳中嗜熱鏈球菌群體遺傳學(xué)和功能基因組學(xué)研究[D]. 趙潔.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[3]京海黃雞腿肌全基因組甲基化和轉(zhuǎn)錄組分析研究[D]. 薛倩.揚(yáng)州大學(xué) 2017
[4]中國(guó)、俄羅斯和蒙古國(guó)地區(qū)傳統(tǒng)發(fā)酵乳制品中嗜熱鏈球菌的多位點(diǎn)序列分型研究[D]. 于潔.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013

碩士論文
[1]Streptococcus thermophilus MN-ZLW-002培養(yǎng)過(guò)程中關(guān)鍵氨基酸代謝路徑蛋白表達(dá)變化研究[D]. 冷聰.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[2]普通牛、牦牛和犏牛Y染色體基因表達(dá)模式及全基因組DNA甲基化差異分析[D]. 吳雨徽.西南大學(xué) 2019
[3]具有優(yōu)良發(fā)酵特性嗜熱鏈球菌的篩選及其發(fā)酵乳中關(guān)鍵性風(fēng)味物質(zhì)的研究[D]. 靳汝霖.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[4]地衣芽孢桿菌DW2的基因組分析和轉(zhuǎn)錄組表達(dá)研究[D]. 舒成城.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[5]紅鰭東方鲀紅肌、白肌全基因組甲基化的比較分析[D]. 王昊澤.大連海洋大學(xué) 2018
[6]草魚(yú)嗜水氣單胞菌感染免疫指標(biāo)變化及基因組DNA甲基化研究[D]. 李立森.上海海洋大學(xué) 2017
[7]低pH條件下嗜熱鏈球菌產(chǎn)酸關(guān)鍵酶及控制研究[D]. 李琦.哈爾濱工業(yè)大學(xué) 2010



本文編號(hào)：3152531