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SNP標(biāo)記全基因組關(guān)聯(lián)分析饅頭的主要品質(zhì)性狀

發(fā)布時(shí)間:2020-08-07 22:03
【摘要】:饅頭是我國(guó)人民尤其是北方人民的傳統(tǒng)主食,在膳食結(jié)構(gòu)中一直占有重要的地位。目前,國(guó)內(nèi)外已有許多關(guān)于饅頭的研究,但這些研究多局限于饅頭的原材料、加工工藝以及配料對(duì)饅頭品質(zhì)的影響,對(duì)饅頭品質(zhì)分子遺傳機(jī)理方面的研究幾乎是空白。近年來,隨著生物統(tǒng)計(jì)技術(shù)的不斷發(fā)展和基因組學(xué)在植物領(lǐng)域的成功應(yīng)用,利用自然群體單核苷酸多態(tài)性(SNP)標(biāo)記的全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)挖掘作物數(shù)量性狀基因已成為作物領(lǐng)域研究的熱點(diǎn),這為從分子角度研究影響?zhàn)z頭各品質(zhì)性狀的基因提供新的思路。本實(shí)驗(yàn)利用24 355個(gè)SNP標(biāo)記對(duì)饅頭的主要品質(zhì)性狀(比容、色澤以及質(zhì)構(gòu))進(jìn)行全基因組分析,旨在深入探究基因?qū)︷z頭品質(zhì)性狀的影響,為結(jié)合分子育種技術(shù)培育有良好性狀的小麥植株奠定基礎(chǔ)。主要研究結(jié)果如下:1.對(duì)四個(gè)環(huán)境下小麥粉饅頭主要品質(zhì)的表型變異分析表明:各性狀表型變異系數(shù)存在差異,內(nèi)a~*、外a~*、硬度、黏著性、膠著性5個(gè)性狀的遺傳變異系數(shù)超過20%,比容、外L~*、外b~*、內(nèi)L~*、內(nèi)b~*、彈性和回復(fù)性7個(gè)性狀的遺傳變異系數(shù)位于10%-20%之間。以上性狀遺傳變異較為豐富,具有較大的改良潛力。2.運(yùn)用TASSEL3.0軟件分析GLM、GLM_Q和MLM_Q+K三種統(tǒng)計(jì)模型的顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)數(shù)量與Q-Q plot圖中每個(gè)SNP位點(diǎn)的P值的實(shí)際值和期望值的吻合程度,確定研究所用最優(yōu)統(tǒng)計(jì)模型為MLM_Q+K模型。3.在四個(gè)環(huán)境下,利用24 355個(gè)分布于小麥染色體上的SNP位點(diǎn)對(duì)饅頭主要品質(zhì)性狀進(jìn)行性狀/標(biāo)記全基因組關(guān)聯(lián)分析。顯著水平下(P0.001)共得到631個(gè)性狀/標(biāo)記(Marker-trait association,MTA)關(guān)聯(lián)位點(diǎn)。其中,極顯著和相對(duì)穩(wěn)定關(guān)聯(lián)位點(diǎn)78個(gè),貢獻(xiàn)率10%的位點(diǎn)即主效位點(diǎn)84個(gè),分布于小麥的21條染色體上,且染色體4A、2B、5B、7A、3B和6A分布位點(diǎn)數(shù)量約占位點(diǎn)總數(shù)的56%。4.本研究共得到40個(gè)SNP標(biāo)記同時(shí)與兩個(gè)及以上性狀存在關(guān)聯(lián)的多效性關(guān)聯(lián)位點(diǎn)。位于染色體2D上的位點(diǎn)Kukri_c13329_800和染色體7A上的wsnp_Ex_c14654_22713386同時(shí)關(guān)聯(lián)性狀最多(4個(gè))。
【學(xué)位授予單位】:山東農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號(hào)】:TS213.2
【圖文】:

正態(tài)分布,關(guān)聯(lián)分析,饅頭,全基因組


圖 1 E3環(huán)境三種模型饅頭內(nèi) a*、膠著性全基因組關(guān)聯(lián)分析的 Manhattan 圖和 Q-Q plot 圖(a: GLM 模型; b: GLM_Q模型; c: MLM_Q+K模型, E1:2014,德州; E2: 2014, 泰安)Fig. 1Manhattan plot and Q-Q plot of GWAS for internal a*and gumminess using three Modes in two environmen(a: GLM model; b: GLM_Q model; c: MLM_Q+K model, E1:2014, Dezhou; E2: 2014, Tai,an)注:紅色水平線代表全基因組關(guān)聯(lián)分析的顯著閾值(p<0.001)Note: Red horizontal line indicates the genome-wide significance threshold (p<0.001)頭主要品質(zhì)性狀的表型變異和關(guān)聯(lián)分析 比容性狀的表型變異和關(guān)聯(lián)分析.1 比容性狀的表型變異分析四個(gè)環(huán)境下,小麥粉饅頭比容表型數(shù)據(jù)如表 2 所示。E4 環(huán)境下饅頭比容性狀的數(shù)最大(19.54%),E1 環(huán)境下變異系數(shù)最。8.45%);除個(gè)別環(huán)境外,各性度和峰度的絕對(duì)值大部分都小于 1,符合正態(tài)分布,表現(xiàn)為數(shù)量性狀遺傳,適合聯(lián)分析。

全基因組,條染,位點(diǎn)


2D 769 17 53A 1154 32 33B 1628 50 53D 331 3 04A 1145 54 34B 882 23 14D 78 2 05A 1243 33 15B 2187 88 55D 240 3 16A 1463 47 16B 1786 30 16D 234 6 17A 1550 54 217B 1471 33 67D 230 8 3全基因組 24355 631 78

【參考文獻(xiàn)】

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1 袁金紅;李俊華;黃小城;李莎;高武軍;;基于全基因組重測(cè)序的SNP分析在作物基因定位中的研究進(jìn)展[J];植物生理學(xué)報(bào);2015年09期

2 田再民;張立平;王麗輝;趙昌平;單福華;呂愛枝;龔學(xué)臣;;小麥“BS20×Fu3”DH群體SSR遺傳圖譜的構(gòu)建及不育基因的QTL定位[J];植物遺傳資源學(xué)報(bào);2015年04期

3 曹廷杰;謝菁忠;吳秋紅;陳永興;王振忠;趙虹;王西成;詹克慧;徐如強(qiáng);王際睿;羅明成;劉志勇;;河南省近年審定小麥品種基于系譜和SNP標(biāo)記的遺傳多樣性分析[J];作物學(xué)報(bào);2015年02期

4 張學(xué)勇;童依平;游光霞;郝晨陽;蓋紅梅;王蘭芬;李濱;董玉琛;李振聲;;選擇牽連效應(yīng)分析:發(fā)掘重要基因的新思路[J];中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué);2006年08期

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1 崔法;高密度小麥遺傳連鎖圖譜構(gòu)建及產(chǎn)量相關(guān)性狀QTL定位[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2011年



本文編號(hào):2784583

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