雙孢蘑菇轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及酶促褐變相關(guān)基因篩選的研究
發(fā)布時(shí)間:2020-06-11 01:45
【摘要】:雙孢蘑菇味道鮮美,營(yíng)養(yǎng)豐富,但采后極易褐變,造成嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失。為從分子水平研究雙孢蘑菇酶促褐變的機(jī)理,本研究以雙孢蘑菇為試驗(yàn)材料,將4℃貯藏組和短波紫外線照射組在三個(gè)貯藏時(shí)間的雙孢蘑菇菌蓋進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果進(jìn)行測(cè)序數(shù)據(jù)評(píng)估、參考序列比對(duì)分析、基因表達(dá)水平分析、相關(guān)性分析、差異表達(dá)分析、GO富集分析及KEGG富集分析,并采用與RT-PCR結(jié)合的方法,篩選出與酶促褐變相關(guān)的基因,為今后雙孢蘑菇抗褐變改良儲(chǔ)備基因資源,為后期改進(jìn)雙孢蘑菇品質(zhì)提供理論基礎(chǔ)。具體研究結(jié)果如下:(1)采用Trizol法提取六個(gè)雙孢蘑菇菌蓋樣品的總RNA,能夠高效的提取雙孢蘑菇RNA,并采用三種檢測(cè)方法檢測(cè)總RNA,結(jié)果表明RNA純度高、完整性好,符合質(zhì)量要求,可以進(jìn)行后續(xù)測(cè)序?俁NA檢測(cè)合格后,進(jìn)行RNA-seq文庫的構(gòu)建,并庫檢合格。構(gòu)建得到的文庫經(jīng)過Illumina HiSeq~(TM)測(cè)序平臺(tái)對(duì)其進(jìn)行測(cè)序,得到后的測(cè)序數(shù)據(jù)通過測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估、參考序列比對(duì)分析、基因表達(dá)分析和RNA-Seq相關(guān)性檢查等檢測(cè)過程,結(jié)果表明轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)的數(shù)量和質(zhì)量較高,基因表達(dá)水平較高,樣本選擇可靠且合理,可對(duì)其進(jìn)行后續(xù)分析。(2)4℃貯藏期間雙孢蘑菇褐變度隨著貯藏時(shí)間的延長(zhǎng)呈現(xiàn)逐漸增加的趨勢(shì),并對(duì)此條件下的雙孢蘑菇菌蓋轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,共獲得176 329 392個(gè)raw reads,168 607 212個(gè)高質(zhì)量的clean reads。按照,
本文編號(hào):2707199
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