在藥物發(fā)現(xiàn)的課題中,我們可以通過研究藥物和蛋白質(zhì)相互作用來達(dá)到發(fā)現(xiàn)藥物的目的。藥物蛋白質(zhì)親和度指的是藥物和蛋白質(zhì)相互作用后結(jié)合的強(qiáng)度。因此找出蛋白質(zhì)和配體藥物的親和度問題至關(guān)重要。最早期,藥物發(fā)現(xiàn)只能依靠人們偶然發(fā)現(xiàn)。直到生物、化學(xué)等學(xué)科逐漸發(fā)展起來后,人們?cè)趯?shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)了藥物。并且隨著生物化學(xué)研究的深入,人們可以開始有目的性的設(shè)計(jì)藥物。但是直到這個(gè)時(shí)期,所有的藥物發(fā)現(xiàn)課題都只能依靠臨床實(shí)驗(yàn)的方式進(jìn)行,然而臨床實(shí)驗(yàn)的方式耗時(shí)長(zhǎng)且花費(fèi)大,并且成功率也無法得到保證。隨著計(jì)算機(jī)學(xué)科的發(fā)展,計(jì)算方法被引入藥物發(fā)現(xiàn)的課題中。在預(yù)測(cè)藥物蛋白質(zhì)相互作用親和度問題上,計(jì)算方法表現(xiàn)出了卓越的優(yōu)勢(shì)。不僅成功率更高、速度更快,而且極大地降低了經(jīng)濟(jì)成本。目前主流的計(jì)算方法主要有以下幾種:基于分子對(duì)接方法、基于相似度的方法和基于機(jī)器學(xué)習(xí)方法�；诜肿訉�(duì)接的方法需要了解蛋白質(zhì)和藥物小分子的三維結(jié)構(gòu),在三維空間中找到蛋白質(zhì)和藥物的最佳結(jié)合位點(diǎn),并預(yù)測(cè)結(jié)合親和度。基于相似度的方法主要依賴于一個(gè)假設(shè):具有相似序列和結(jié)構(gòu)的藥物或蛋白質(zhì)應(yīng)該在其生物功能的表現(xiàn)上也具有相似性。而目前最主流的方式是使用機(jī)器學(xué)習(xí)的方法,機(jī)器學(xué)習(xí)方法... 

【文章來源】：哈爾濱工業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校 985工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】：55 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第1章 緒論
    1.1 課題來源
    1.2 課題背景及意義
        1.2.1 課題背景
        1.2.2 課題研究意義
    1.3 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀
    1.4 本文主要內(nèi)容
    1.5 本文結(jié)構(gòu)安排
第2章 蛋白質(zhì)和藥物表示的“分詞”技術(shù)
    2.1 數(shù)據(jù)表示
        2.1.1 藥物表示
        2.1.2 蛋白質(zhì)表示
        2.1.3 親和度表示
    2.2 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和基序獲取
    2.3 蛋白質(zhì)和藥物表示的“分詞”
    2.4 Word Embedding
    2.5 親和度值轉(zhuǎn)換
    2.6 本章小結(jié)
第3章 基于注意力池化網(wǎng)絡(luò)的藥靶親和度預(yù)測(cè)模型
    3.1 Attentive Pooling Networks模型
    3.2 使用GRU替代模型中LSTM
    3.3 模型結(jié)構(gòu)
    3.4 本章小結(jié)
第4章 模型實(shí)現(xiàn)與結(jié)果分析
    4.1 數(shù)據(jù)集
    4.2 難點(diǎn)及解決
        4.2.1 Scan Prosite獲取結(jié)構(gòu)域和基序超時(shí)
        4.2.2 GRU處理不等長(zhǎng)數(shù)據(jù)
    4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.3.1 實(shí)驗(yàn)設(shè)置
        4.3.2 評(píng)價(jià)指標(biāo)
        4.3.3 結(jié)果展示與分析
    4.4 本章小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝



本文編號(hào)：3162012