利用羊肚菌（Morchella spp.）轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)開(kāi)發(fā)EST-SSR（表達(dá)序列標(biāo)簽-簡(jiǎn)單重復(fù)序列）標(biāo)記,并對(duì)33份羊肚菌材料進(jìn)行遺傳多樣性分析。結(jié)果表明,轉(zhuǎn)錄組測(cè)序共獲得73 781條Unigene序列,其中25 461條Unigene序列中含有41 814個(gè)簡(jiǎn)單重復(fù)序列（Simple sequence repeats, SSR）位點(diǎn),SSR位點(diǎn)發(fā)生頻率為34.51%,平均分布距離為2.51 kb。優(yōu)勢(shì)重復(fù)序列類型為單核苷酸,占總SSR位點(diǎn)數(shù)量的51.39%,其次為三核苷酸和二核苷酸,分別占總SSR位點(diǎn)數(shù)量的28.04%和13.35%。A/T、AG/TC、AGC/TCG分別是單核苷酸、二核苷酸、三核苷酸的優(yōu)勢(shì)重復(fù)基元。以33份羊肚菌和1份酵母菌為材料,從61對(duì)SSR引物中篩選出15對(duì)多態(tài)性引物,經(jīng)擴(kuò)增得到130條多態(tài)性條帶,多態(tài)性比例為100%。遺傳多樣性分析結(jié)果顯示,平均每個(gè)位點(diǎn)的等位基因數(shù)（N_a）為4.866 7個(gè),平均有效等位基因數(shù)（N_e）為2.124 2個(gè),平均多樣性指數(shù)（I）為0.958 3,平均觀察雜合度（H_o

【文章來(lái)源】：江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2020,36(05)北大核心CSCD

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗(yàn)材料
    1.2 試驗(yàn)方法
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
        1.2.2 基因組DNA的提取
        1.2.3 引物設(shè)計(jì)與合成
        1.2.4 PCR擴(kuò)增及檢測(cè)
        1.2.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
2 結(jié)果與分析
    2.1 羊肚菌轉(zhuǎn)錄組中SSR位點(diǎn)的分布及特點(diǎn)
    2.2 羊肚菌轉(zhuǎn)錄組SSR基序重復(fù)類型和頻率特征
    2.3 核心引物的篩選及通用性檢測(cè)
    2.4 遺傳多樣性分析
    2.5 聚類分析
3 討 論
4 結(jié) 論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]牡丹轉(zhuǎn)錄組SSR信息分析及其分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)[J]. 賀丹,吳芳芳,張佼蕊,謝棟博,李小康,劉藝平,栗燕,何松林.  江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2019(06)
[2]青海小海綿羊肚菌M12-10轉(zhuǎn)錄組SSR信息分析及其分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)[J]. 孟清,謝占玲,戴大日,王曉芳,陳薇,薛治峰,唐佳斌.  青海大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(06)
[3]SSR分子標(biāo)記的研究進(jìn)展[J]. 楊夢(mèng)婷,黃洲,干建平,徐君馳,龐基良.  杭州師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2019(04)
[4]北方地區(qū)黑木耳部分主栽品種與野生菌株遺傳多樣性SSR分析[J]. 張躍新,胡偉,郝藝銘,閆寶松,馬鳳,么宏偉.  中國(guó)食用菌. 2019(05)
[5]我國(guó)羊肚菌的產(chǎn)業(yè)發(fā)展[J]. 倪淑君,張海峰.  北方園藝. 2019(02)
[6]龍眼EST-SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)及無(wú)患子科5個(gè)屬種質(zhì)遺傳多樣性分析[J]. 胡文舜,陳秀萍,鄭少泉.  園藝學(xué)報(bào). 2019(07)
[7]甘薯引進(jìn)種SSR遺傳多樣性分析[J]. 蘇一鈞,王嬌,霍愷森,趙路寬,趙冬蘭,唐君,陳艷麗,曹清河.  江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2018(05)
[8]SSR分子標(biāo)記技術(shù)在植物研究中的應(yīng)用[J]. 王玲玲,陳東亮,黃叢林,邢震.  安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(36)
[9]杏鮑菇轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)SSR位點(diǎn)的生物信息學(xué)分析[J]. 李強(qiáng),陳誠(chéng),熊川,陳祖琴,金鑫,黃文麗.  應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報(bào). 2017(03)
[10]粗柄羊肚菌轉(zhuǎn)錄組的SSR分布和序列特征分析[J]. 劉偉,蔡英麗,何培新.  輕工學(xué)報(bào). 2017(02)

博士論文
[1]蒙古白麗蘑的遺傳多樣性及其保育學(xué)研究[D]. 魯鐵.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018

碩士論文
[1]灰樹(shù)花EST-SSR引物開(kāi)發(fā)及遺傳多樣性研究[D]. 楊楊.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]野生香菇數(shù)量性狀與SSR分子標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析[D]. 徐銳.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[3]大型真菌黑松露EST-SSR信息分析[D]. 李明衛(wèi).浙江農(nóng)林大學(xué) 2012



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