利用羊肚菌（Morchella spp.）轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)開發(fā)EST-SSR（表達序列標簽-簡單重復序列）標記,并對33份羊肚菌材料進行遺傳多樣性分析。結(jié)果表明,轉(zhuǎn)錄組測序共獲得73 781條Unigene序列,其中25 461條Unigene序列中含有41 814個簡單重復序列（Simple sequence repeats, SSR）位點,SSR位點發(fā)生頻率為34.51%,平均分布距離為2.51 kb。優(yōu)勢重復序列類型為單核苷酸,占總SSR位點數(shù)量的51.39%,其次為三核苷酸和二核苷酸,分別占總SSR位點數(shù)量的28.04%和13.35%。A/T、AG/TC、AGC/TCG分別是單核苷酸、二核苷酸、三核苷酸的優(yōu)勢重復基元。以33份羊肚菌和1份酵母菌為材料,從61對SSR引物中篩選出15對多態(tài)性引物,經(jīng)擴增得到130條多態(tài)性條帶,多態(tài)性比例為100%。遺傳多樣性分析結(jié)果顯示,平均每個位點的等位基因數(shù)（N_a）為4.866 7個,平均有效等位基因數(shù)（N_e）為2.124 2個,平均多樣性指數(shù)（I）為0.958 3,平均觀察雜合度（H_o

【文章來源】：江蘇農(nóng)業(yè)學報. 2020,36(05)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：9 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗材料
    1.2 試驗方法
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組測序
        1.2.2 基因組DNA的提取
        1.2.3 引物設(shè)計與合成
        1.2.4 PCR擴增及檢測
        1.2.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計
2 結(jié)果與分析
    2.1 羊肚菌轉(zhuǎn)錄組中SSR位點的分布及特點
    2.2 羊肚菌轉(zhuǎn)錄組SSR基序重復類型和頻率特征
    2.3 核心引物的篩選及通用性檢測
    2.4 遺傳多樣性分析
    2.5 聚類分析
3 討 論
4 結(jié) 論


【參考文獻】：
期刊論文
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[10]粗柄羊肚菌轉(zhuǎn)錄組的SSR分布和序列特征分析[J]. 劉偉,蔡英麗,何培新.  輕工學報. 2017(02)

博士論文
[1]蒙古白麗蘑的遺傳多樣性及其保育學研究[D]. 魯鐵.吉林農(nóng)業(yè)大學 2018

碩士論文
[1]灰樹花EST-SSR引物開發(fā)及遺傳多樣性研究[D]. 楊楊.吉林農(nóng)業(yè)大學 2016
[2]野生香菇數(shù)量性狀與SSR分子標記的關(guān)聯(lián)分析[D]. 徐銳.華中農(nóng)業(yè)大學 2013
[3]大型真菌黑松露EST-SSR信息分析[D]. 李明衛(wèi).浙江農(nóng)林大學 2012



本文編號：3183949