【摘要】：烏桕(Sapium sebiferum(L.)Roxb.ndl)作為中國(guó)特有落葉喬木,樹形優(yōu)美,是極具觀賞價(jià)值的彩葉樹種之一,其體內(nèi)所含的大量植物油,被廣泛應(yīng)用到工業(yè)、食品、日用護(hù)膚品等領(lǐng)域。由于烏桕栽培歷史悠久、引種選育過程繁瑣,親子代間世代交替背景復(fù)雜,導(dǎo)致當(dāng)前烏桕種質(zhì)資源遺傳譜系尚不明了。近年來,關(guān)于烏桕遺傳多樣性的研究較少,且參所選種質(zhì)代表性不足,所用分子技術(shù)有限。因此,本研究利用Illumina HiSeq2500測(cè)序平臺(tái)對(duì)烏桕嫩葉進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,挖掘SSR位點(diǎn),并利用多態(tài)性SSR位點(diǎn)對(duì)13個(gè)地源的烏桕種質(zhì)進(jìn)行遺傳評(píng)價(jià)。主要結(jié)論如下:1.對(duì)烏桕嫩葉進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,共獲得8.0G的數(shù)據(jù)量,利用Trinity拼接后獲得Unigene 59441條,平均長(zhǎng)度692bp,波動(dòng)范圍是300~6929bp;通過與Nr蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),42020條Unigege成功獲得到注釋,注釋比例為70.69%;隨后將注釋的Unigene用GO信息庫(kù)作參考,有31277條Unigene被注釋,其功能分為49類,包括了分細(xì)胞組分、基因的分子功能和參與的生物過程三個(gè)部分。2.使用軟件MISA對(duì)測(cè)序獲得的59441條Unigene進(jìn)行SSR位點(diǎn)搜索,共檢測(cè)到SSR位點(diǎn)7344個(gè),頻率為12.36%。隨機(jī)挑選120對(duì)SSR位點(diǎn)使用軟件Primer 3對(duì)上述SSR位點(diǎn)進(jìn)行引物設(shè)計(jì),選擇地源相隔較遠(yuǎn)的6份烏桕種質(zhì)對(duì)其進(jìn)行篩選,共有98對(duì)引物能擴(kuò)增出明亮、清晰的條帶,擴(kuò)增效率為81.67%。其中,有10對(duì)引物具有多態(tài)性,占比8.33%。3.利用得到的10對(duì)多態(tài)性EST-SSR引物對(duì)236份烏桕種質(zhì)進(jìn)行遺傳評(píng)價(jià),結(jié)果顯示所采集烏桕種質(zhì)遺傳多樣性高,有效等位基因數(shù)Ne(1.9884)、香農(nóng)指數(shù)I(0.7045)等系數(shù)與鵝掌楸等觀葉林木相近。利用UPGMA法,對(duì)13個(gè)地源的烏桕進(jìn)行聚類,地源相近群體無法聚到一起。利用NJ法對(duì)236份烏桕種質(zhì)也單獨(dú)進(jìn)行聚類,同地源的個(gè)體也無法全部聚到一起,說明遺傳關(guān)系與烏桕地理分布沒有明顯關(guān)聯(lián)。本研究首次開發(fā)了烏桕轉(zhuǎn)錄組SSR分子標(biāo)記,并利用篩選得到的多態(tài)性引物對(duì)236份烏桕種質(zhì)進(jìn)行了遺傳評(píng)價(jià),為烏桕種質(zhì)資源的研究、保護(hù)及利用奠定了理論基礎(chǔ)。
【學(xué)位授予單位】：浙江農(nóng)林大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：S687
【圖文】：

圖 2.1 Unigene 長(zhǎng)度分布圖Figure 2.1 Length distribution of all unigenes.注：x 軸代表 unigenes 的長(zhǎng)度大小，y 軸代表某一長(zhǎng)度大小所對(duì)應(yīng)的 unigenes 數(shù)量。Note: the x-axis represents the size of all unigenes, and the y-axis represents the number of allunigenes with a certain length..2 Unigene 的注釋組裝修飾獲得的 59441 個(gè)烏桕 Unigene 進(jìn)行蛋白功能的注釋，獲得 Unigene 在 NR、、KEGG 數(shù)據(jù)庫(kù)中的注釋[79]。NR 數(shù)據(jù)庫(kù)相對(duì)應(yīng)的 Unigene 數(shù)量為 42020，占比總桕 Unigene 數(shù)的 70.69%；GO 數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng) Unigene 數(shù)量為 31277，占比為 52.53%；GG 數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng) Unigene 數(shù)量為 9722，占比 16.36%。表 2.2 烏桕 Unigene 功能注釋Table2.2 Functional annotation of the Sapium sebiferum (L.) Roxb.ndl transcriptomeDatabase 59411 Unigene

blast比對(duì)E-value分布

圖 2.3 GO 功能分布圖Figure 2.3 GO analysis of the unigenes sequences.注：右邊的 y 軸表示相應(yīng)類型所對(duì)應(yīng)的 unigenes 的數(shù)量；左邊的 y 軸表示相應(yīng)類型所對(duì)unigenes 所占的比例。Note: the y-axis on the right indicates the number of genes in a category; the y-axis on thindicates the percentage of a specific category of genes in that main category.同時(shí)將 Unigene 與 COG 數(shù)據(jù)庫(kù)做比對(duì)，將烏桕的最佳蛋白序列提交到 NCBI 上(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi ，COG—4873 PSSMs，E-value 0.01，Maximum number of hits 500)，得到與 Unigege 編號(hào)相對(duì)應(yīng)的 COG 編統(tǒng)計(jì) COG 各個(gè)類別 Unigege 的數(shù)量，如圖 2.3：

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本文編號(hào)：2793925