【摘要】：辣椒(Capsicum annuum L.)是一種重要的園藝蔬菜作物,辣椒對(duì)不同農(nóng)業(yè)氣候有很強(qiáng)的適應(yīng)性,廣泛種植于世界各地。辣椒果實(shí)中維生素C、維生素A、維生素B_6含量豐富,是人們膳食營(yíng)養(yǎng)的重要組成部分。辣椒果實(shí)的形狀、大小、色澤、口味豐富多樣,這種多樣性使其成為果實(shí)發(fā)育生物學(xué)研究的一個(gè)重要模型。辣椒與其他茄科植物相比基因組龐大(約3.3Gb)且重復(fù)序列占比高(81%)、病毒誘導(dǎo)的基因沉默困難、遺傳轉(zhuǎn)化體系不成熟,種種原因致使辣椒相關(guān)研究進(jìn)展緩慢。此外,缺乏一個(gè)綜合性的辣椒生物信息平臺(tái)也在一定程度上阻礙了辣椒組學(xué)的研究。基于前人的研究成果和本研究團(tuán)隊(duì)新的測(cè)序數(shù)據(jù)及其分析結(jié)果,本研究構(gòu)建了PepperHub辣椒組學(xué)生物信息平臺(tái),其主要研究成果如下:1.下載已公布的CM334辣椒和Zunla辣椒的基因組序列和基因注釋文件,組裝并注釋pacbio三代重測(cè)序得到的“6421”株系辣椒基因組數(shù)據(jù),利用GBrowse基因?yàn)g覽器可視化各組數(shù)據(jù),結(jié)合本地安裝的BLAST工具和建立的辣椒文庫(kù)共同構(gòu)建Gemome模塊。2.處理分析測(cè)序得到的根、葉、花、果實(shí)在不同發(fā)育時(shí)期的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和根、葉噴施脫落酸、赤霉素等生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑或高鹽、低溫等逆境處理后的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)�；诜治龊蟮臄�(shù)據(jù),利用Perl語(yǔ)言、R語(yǔ)言編寫腳本展示基因在各個(gè)組織的不同發(fā)育時(shí)期的表達(dá)狀況和基因在噴施生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑后和不同非生物脅迫下的表達(dá)狀況,比較基因在各個(gè)組織的不同發(fā)育時(shí)期的表達(dá)差異和基因在噴施生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑后和不同非生物脅迫下的表達(dá)差異,構(gòu)建某一基因與其相關(guān)基因的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。3.利用已發(fā)表的辣椒sRNA數(shù)據(jù)庫(kù)和miRNA列表編寫sRNA注釋文件和miRNA注釋文件,并用GBrowse可視化不同辣椒sRNA和known miRNA、novel miRNA在基因組中的分布。同時(shí)構(gòu)建miRNA靶基因數(shù)據(jù)庫(kù),檢索特定名稱、特定序列的miRNA在辣椒基因組中的靶基因。4.分析處理辣椒基因組重測(cè)序數(shù)據(jù),找出辣椒基因組的SNP和InDel位點(diǎn),并用其生成注釋文件。用GBrowse讀取注釋文件,可視化SNP和InDel位點(diǎn)。建立SNP、InDel數(shù)據(jù)庫(kù),查詢特定區(qū)域的SNP、InDel位點(diǎn)。5.使用HTML、CSS、JavaScript、Perl等工具和語(yǔ)言將各個(gè)功能模塊整合成一個(gè)綜合性辣椒生物信息平臺(tái)——PeperHub。
【圖文】：

圖12016年世界各國(guó)辣椒產(chǎn)量分布地圖

人的研究進(jìn)展類動(dòng)植物信息分析平臺(tái)息分析平臺(tái)收集、存儲(chǔ)、共享一個(gè)物種的相關(guān)信息。研究人員解物種信息、跟蹤科研進(jìn)展，下載基因組數(shù)據(jù)、分析比對(duì)序列基因結(jié)構(gòu)、變異位點(diǎn)、基因表達(dá)等信息。由于平臺(tái)的實(shí)用性和研究物種均建立了各自的信息分析平臺(tái)，，如果蠅、線蟲、斑馬水稻、薔薇科各物種、柑橘屬各物種等。The Arabidopsis Information Resource）是為擬南芥研究者提供生物學(xué)信息的綜合性網(wǎng)站（圖 2），它整合并提供了全基因組信功能、基因表達(dá)、基因組圖譜、基因標(biāo)記、遺傳物理圖譜、蛋株突變圖像、種子材料、相關(guān)出版物和研究社區(qū)的信息。網(wǎng)站將各種數(shù)據(jù)和信息緊密的連接在一起。
【學(xué)位授予單位】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：S641.3

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1 劉明磊;辣椒組學(xué)分析平臺(tái)PepperHub的構(gòu)建[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2018年

本文編號(hào)：2709780