【摘要】：MicroRNAs(miRNAs)是一種內(nèi)源性小非編碼RNA,參與轉(zhuǎn)錄后基因調(diào)控,在植物生長、發(fā)育和應(yīng)激反應(yīng)中起關(guān)鍵作用。西瓜是世界上重要的農(nóng)作物之一。然而,西瓜中的mi RNAs和phasiRNAs及其功能尚未得到充分的研究。在此,我們通過分析來自根、葉、雄蕊、花瓣和果實的14個小RNA樣本以及一個已經(jīng)發(fā)表過的混合組織樣本,利用生物信息學(xué)和實驗方法分析西瓜中的miRNAs和分段次級小干擾RNA。我們利用SeqTar算法及西瓜葉子降解組數(shù)據(jù)識別miRNAs和phasiRNAs的靶基因。我們識別了97個保守的前體miRNAs,其中58個保守的前體miRNAs未被報道過,348個保守的成熟miRNAs不包括前體miRNAs。我們還發(fā)現(xiàn)了9個新的前體mi RNAs編碼18個成熟的miRNAs,發(fā)現(xiàn)了101個編碼21個核苷酸小干擾RNA的PHAS位點,241個編碼24個核苷酸小干擾RNA的PHAS位點。利用西瓜葉子降解組數(shù)據(jù),我們識別了127個保守miRNAs以及TAS3生成的tasiRNAs的靶基因。本研究結(jié)果對西瓜中小調(diào)控RNA以及它們的靶基因提供了一個全面的分析。
【圖文】：

圖 1.1 植物 miRNA 的生物合成和功能[16]igure 1.1 The plants miRNA biogenesis and functions

然后由DCL4切割成21個核苷酸的雙鏈分段。在tasiRNA的加工過程中，通過miRNA引導(dǎo)來決定tasiRNA分段的起點。目前的報道認(rèn)為miRNA通常由兩種模式來引導(dǎo)tasiRNA的生成，如圖1.2所示，（1）一個22nt的miRNA結(jié)合到tasiRNA生成區(qū)域上游，并從miRNA結(jié)合區(qū)域中間開始產(chǎn)生分段生成siRNA；（2）另一個21nt的miRNA分別結(jié)合到siRNA生成區(qū)域上游和下游，并從下游miRNA結(jié)合區(qū)域中點開始分段產(chǎn)生siRNA[35]。在擬南芥中一共發(fā)現(xiàn)了四種TAS基因，分別被命名為TAS1至TAS4。其中TAS3在植物中是高度保守的，是由21nt miR390引導(dǎo)產(chǎn)生tasiRNA，這些tasiRNA進一步調(diào)控ARF2、ARF3和ARF4。因而miR390和tasiRNA的調(diào)控系統(tǒng)控制了葉、花和根等器官的發(fā)育時間和模式形成[36]。TAS1a/b/和TAS2由22nt的miR173引導(dǎo)，TAS1/2產(chǎn)生的tasiRNA調(diào)控了一些PPR基因。TAS4由22nt的miR828引導(dǎo)產(chǎn)生不同的tasiRNA
【學(xué)位授予單位】：昆明理工大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：Q943.2;S651

【參考文獻】

相關(guān)期刊論文 前6條

1 ;Interaction between two timing microRNAs controls trichome distribution in arabidopsis[J];Science Foundation in China;2014年02期

2 韓璐;欒雨時;;植物miR168的研究進展[J];基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué);2014年02期

3 董淼;黃越;陳文鐸;徐濤;郎秋蕾;;降解組測序技術(shù)在植物miRNA研究中的應(yīng)用[J];植物學(xué)報;2013年03期

4 湯海明;陳紅;張靜;任景怡;許寧;;新一代測序技術(shù)應(yīng)用于microRNA檢測[J];遺傳;2012年06期

5 占愛瑤;羅培高;;DNA測序技術(shù)概述[J];生物技術(shù)通訊;2011年04期

6 王鳴;侯沛;;西瓜的起源、歷史、分類及育種成就[J];當(dāng)代蔬菜;2006年03期

，

本文編號：2700100