【摘要】：MicroRNAs(miRNAs)是一種內(nèi)源性小非編碼RNA,參與轉(zhuǎn)錄后基因調(diào)控,在植物生長(zhǎng)、發(fā)育和應(yīng)激反應(yīng)中起關(guān)鍵作用。西瓜是世界上重要的農(nóng)作物之一。然而,西瓜中的mi RNAs和phasiRNAs及其功能尚未得到充分的研究。在此,我們通過(guò)分析來(lái)自根、葉、雄蕊、花瓣和果實(shí)的14個(gè)小RNA樣本以及一個(gè)已經(jīng)發(fā)表過(guò)的混合組織樣本,利用生物信息學(xué)和實(shí)驗(yàn)方法分析西瓜中的miRNAs和分段次級(jí)小干擾RNA。我們利用SeqTar算法及西瓜葉子降解組數(shù)據(jù)識(shí)別miRNAs和phasiRNAs的靶基因。我們識(shí)別了97個(gè)保守的前體miRNAs,其中58個(gè)保守的前體miRNAs未被報(bào)道過(guò),348個(gè)保守的成熟miRNAs不包括前體miRNAs。我們還發(fā)現(xiàn)了9個(gè)新的前體mi RNAs編碼18個(gè)成熟的miRNAs,發(fā)現(xiàn)了101個(gè)編碼21個(gè)核苷酸小干擾RNA的PHAS位點(diǎn),241個(gè)編碼24個(gè)核苷酸小干擾RNA的PHAS位點(diǎn)。利用西瓜葉子降解組數(shù)據(jù),我們識(shí)別了127個(gè)保守miRNAs以及TAS3生成的tasiRNAs的靶基因。本研究結(jié)果對(duì)西瓜中小調(diào)控RNA以及它們的靶基因提供了一個(gè)全面的分析。
【圖文】：

圖 1.1 植物 miRNA 的生物合成和功能[16]igure 1.1 The plants miRNA biogenesis and functions

然后由DCL4切割成21個(gè)核苷酸的雙鏈分段。在tasiRNA的加工過(guò)程中，通過(guò)miRNA引導(dǎo)來(lái)決定tasiRNA分段的起點(diǎn)。目前的報(bào)道認(rèn)為miRNA通常由兩種模式來(lái)引導(dǎo)tasiRNA的生成，如圖1.2所示，（1）一個(gè)22nt的miRNA結(jié)合到tasiRNA生成區(qū)域上游，并從miRNA結(jié)合區(qū)域中間開(kāi)始產(chǎn)生分段生成siRNA；（2）另一個(gè)21nt的miRNA分別結(jié)合到siRNA生成區(qū)域上游和下游，并從下游miRNA結(jié)合區(qū)域中點(diǎn)開(kāi)始分段產(chǎn)生siRNA[35]。在擬南芥中一共發(fā)現(xiàn)了四種TAS基因，分別被命名為TAS1至TAS4。其中TAS3在植物中是高度保守的，是由21nt miR390引導(dǎo)產(chǎn)生tasiRNA，這些tasiRNA進(jìn)一步調(diào)控ARF2、ARF3和ARF4。因而miR390和tasiRNA的調(diào)控系統(tǒng)控制了葉、花和根等器官的發(fā)育時(shí)間和模式形成[36]。TAS1a/b/和TAS2由22nt的miR173引導(dǎo)，TAS1/2產(chǎn)生的tasiRNA調(diào)控了一些PPR基因。TAS4由22nt的miR828引導(dǎo)產(chǎn)生不同的tasiRNA
【學(xué)位授予單位】：昆明理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：Q943.2;S651

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前6條

1 ;Interaction between two timing microRNAs controls trichome distribution in arabidopsis[J];Science Foundation in China;2014年02期

2 韓璐;欒雨時(shí);;植物miR168的研究進(jìn)展[J];基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué);2014年02期

3 董淼;黃越;陳文鐸;徐濤;郎秋蕾;;降解組測(cè)序技術(shù)在植物miRNA研究中的應(yīng)用[J];植物學(xué)報(bào);2013年03期

4 湯海明;陳紅;張靜;任景怡;許寧;;新一代測(cè)序技術(shù)應(yīng)用于microRNA檢測(cè)[J];遺傳;2012年06期

5 占愛(ài)瑤;羅培高;;DNA測(cè)序技術(shù)概述[J];生物技術(shù)通訊;2011年04期

6 王鳴;侯沛;;西瓜的起源、歷史、分類及育種成就[J];當(dāng)代蔬菜;2006年03期

，

本文編號(hào)：2700100