作為最原始的多細(xì)胞生物,海綿(多孔動(dòng)物門,Porifera)已經(jīng)在地球上生存了至少6億年。自出現(xiàn)以來,海綿一直在生態(tài)系統(tǒng)方面扮演重要角色。近年來,海綿作為具有生物活性海洋天然產(chǎn)物的主要來源得到了廣泛研究。此外,海綿骨針的特性及其生長(zhǎng)機(jī)制和生物礦化過程也是研究熱點(diǎn)。人們普遍認(rèn)為海綿是現(xiàn)存最古老的多細(xì)胞種系,因此它在多細(xì)胞分化研究中的地位舉足輕重。雖然海綿可被利用的價(jià)值如此之高,但是關(guān)于海綿的基礎(chǔ)研究依然非常薄弱。 隨著測(cè)序技術(shù)的迅猛發(fā)展,轉(zhuǎn)錄組作為一種有力的研究手段,已被廣泛地運(yùn)用到數(shù)以千計(jì)個(gè)物種的研究中。目前關(guān)于海綿轉(zhuǎn)錄組的研究有兩篇報(bào)道,它們關(guān)注的焦點(diǎn)均是找出一批與海綿生活史相關(guān)的基因。轉(zhuǎn)錄組不僅可以用來獲取反映特定生理狀態(tài)的基因,還可用于開發(fā)新的分子標(biāo)記。單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)是指在DNA序列上,同一位點(diǎn)的不同等位基因之間核苷酸的差異,屬于第三代DNA分子標(biāo)記。通過分析編碼序列區(qū)域的SNP,可以計(jì)算非同義替代率與同義替代率的比值(SNP A/S),進(jìn)而研究物種的功能基因的選擇壓力。 本研究利用Illumina ...

【文章頁(yè)數(shù)】：118 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 海綿
        1.1.1 海綿概述
        1.1.2 海綿研究?jī)r(jià)值
        1.1.3 苔海綿和葉片山海綿簡(jiǎn)介
    1.2 轉(zhuǎn)錄組
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組概述
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄組的研究手段
        1.2.3 海綿轉(zhuǎn)錄組研究概況
    1.3 SNP
        1.3.1 SNP概述
        1.3.2 SNP的研究手段
        1.3.3 海洋動(dòng)物SNP研究與海綿SNP的研究進(jìn)展
    1.4 本研究目的、意義和內(nèi)容
第2章 海綿轉(zhuǎn)錄組unigene構(gòu)建
    2.1 生物信息學(xué)分析平臺(tái)構(gòu)建
    2.2 轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建
        2.2.1 樣品采集及cDNA文庫(kù)構(gòu)建
        2.2.2 文庫(kù)測(cè)序
    2.3 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)預(yù)處理及unigene拼接
        2.3.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.3.2 unigene拼接
    2.4 海綿轉(zhuǎn)錄組拼接結(jié)果與分析
第3章 海綿轉(zhuǎn)錄組unigene的基因注釋和GO(Gene Ontology)注釋
    3.1 基因注釋和GO(Gene Ontology)注釋背景介紹
    3.2 海綿unigene的基因注釋和GO注釋方法構(gòu)建
        3.2.1 海綿unigene的基因注釋方法構(gòu)建
        3.2.2 BLAST2GO數(shù)據(jù)庫(kù)本地化
        3.2.3 海綿轉(zhuǎn)錄組GO注釋及比較
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 海綿unigene的基因注釋結(jié)果與分析
        3.3.2 unigene的GO注釋結(jié)果與分析
        3.3.3 不同海綿轉(zhuǎn)錄組GO注釋比較結(jié)果與分析
第4章 海綿轉(zhuǎn)錄組同源基因分析
    4.1 同源基因背景介紹
        4.1.1 同源基因概述
        4.1.2 海綿轉(zhuǎn)錄組同源基因背景介紹
    4.2 海綿轉(zhuǎn)錄組同源基因方法構(gòu)建
        4.2.1 同源基因探測(cè)
        4.2.2 同源基因功能注釋
    4.3 結(jié)果與分析
        4.3.1 不同海綿轉(zhuǎn)錄組之間的直系同源基因
        4.3.2 不同海綿轉(zhuǎn)錄組之間直系同源基因的功能注釋
第5章 海綿轉(zhuǎn)錄組SNP分析
    5.1 海綿轉(zhuǎn)錄組SNP分析方法構(gòu)建
        5.1.1 海綿轉(zhuǎn)錄組SNP檢測(cè)
        5.1.2 海綿轉(zhuǎn)錄組SNP分布及SNP A/S計(jì)算方法
        5.1.3 海綿轉(zhuǎn)錄組SNPA/S分析
    5.2 海綿SNP結(jié)果
        5.2.1 SNP密度統(tǒng)計(jì)
        5.2.2 SNP A/S統(tǒng)計(jì)
    5.3 海綿SNP討論
        5.3.1 SNP A/S在GO注釋中的差異分布
1的CDS分析">        5.3.2 SNP A/S>1的CDS分析
        5.3.3 不足
參考文獻(xiàn)
致謝



本文編號(hào)：4041860