斑石鯛(Oplegnathus punctatus)隸屬于鱸形目、石鯛科、石鯛屬,俗稱斑鯛,黑金鼓。憑借優(yōu)良的肉質(zhì)口感、營(yíng)養(yǎng)和經(jīng)濟(jì)價(jià)值斑石鯛已然躋身為重要的新興水產(chǎn)品種。然而,隨著養(yǎng)殖規(guī)模的擴(kuò)大,養(yǎng)殖密度的提高,斑石鯛與其他養(yǎng)殖魚類相比易感染病毒病且致死率極高的問題更加凸顯。斑石鯛具有22對(duì)常染色體和一組復(fù)性染色體(X1、X2和Y),其性別決定機(jī)制為(X1X2Y)型。其特殊的性別決定類型對(duì)豐富和提高人們對(duì)性染色體、性別決定機(jī)制和性染色體進(jìn)化機(jī)制認(rèn)知具有重要的意義。為了探究以上兩個(gè)問題,本論文,首次完成對(duì)斑石鯛基因組進(jìn)行測(cè)序、組裝和比較基因組學(xué)分析,解析了其基因組結(jié)構(gòu)特點(diǎn),揭示了其易感染病毒病的可能的遺傳基礎(chǔ)。通過對(duì)斑石鯛不同發(fā)育時(shí)期雌雄性腺轉(zhuǎn)錄組分析,分析了其性腺發(fā)育的動(dòng)態(tài)過程,首次確定了雌性斑石鯛的兩條性染色體。通過對(duì)基因組數(shù)據(jù)的比較分析,首次發(fā)掘了一個(gè)斑石鯛雄性特異的DNA分子標(biāo)記,開發(fā)了一種應(yīng)用該DNA標(biāo)記快速鑒定斑石鯛遺傳性別的技術(shù)。(1)首次完成對(duì)斑石鯛基因組的測(cè)序和組裝,最終將組裝結(jié)果掛載到24條染色體。其染色體數(shù)目和大小與核型結(jié)果一致(R2=0.97)。共注釋出22970個(gè)...

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
引言
第一章 綜述
    1.1 測(cè)序技術(shù)的發(fā)展概述
    1.2 水產(chǎn)養(yǎng)殖中高通量測(cè)序技術(shù)的研究與應(yīng)用
        1.2.1 水產(chǎn)養(yǎng)殖動(dòng)物重要性狀的研究現(xiàn)狀概述
        1.2.2 水產(chǎn)養(yǎng)殖動(dòng)物中高通量測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用
    1.3 魚類性別標(biāo)記開發(fā)研究概述
    1.4 本論文的目的和意義
第二章 斑石鯛基因組組裝注釋
    2.1 引言
    2.2 材料和方法
        2.2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.2.2 基因組特征分析
        2.2.3 基因組組裝
        2.2.4 基因組結(jié)構(gòu)與功能注釋
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 基因組大小與復(fù)雜度評(píng)估
        2.3.2 基因組組裝
        2.3.3 基因組重復(fù)序列特征
        2.3.4 基因組結(jié)構(gòu)注釋
        2.3.5 基因組功能注釋
    2.4 討論
第三章 比較基因組學(xué)分析
    3.1 引言
    3.2 材料方法
        3.2.1 基因家族鑒定
        3.2.2 系統(tǒng)進(jìn)化分析
        3.2.3 基因家族擴(kuò)張收縮分析
        3.2.4 正選擇分析
    3.3 結(jié)果
        3.3.1 基因家族鑒定
        3.3.2 系統(tǒng)進(jìn)化分析
        3.3.3 基因家族擴(kuò)張收縮分析
        3.3.4 正選擇分析
    3.4 討論
第四章 雌雄性腺轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析
    4.1 引言
    4.2 材料和方法
        4.2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        4.2.2 原始數(shù)據(jù)處理
        4.2.3 轉(zhuǎn)錄本重構(gòu)與注釋
        4.2.4 基因變異與可變剪接
        4.2.5 基因定量與差異表達(dá)
    4.3 結(jié)果
        4.3.1 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
        4.3.2 測(cè)序數(shù)據(jù)處理
        4.3.3 轉(zhuǎn)錄本構(gòu)建和分析
        4.3.4 SNP與 INDEL突變
        4.3.5 基因轉(zhuǎn)錄本差異剪接
        4.3.6 基因的定量和差異表達(dá)分析
        4.3.7 差異表達(dá)基因的KEGG和 GO分析
    4.4 討論
第五章 斑石鯛性別特異分子標(biāo)記的發(fā)掘與應(yīng)用
    5.1 引言
    5.2 材料方法
        5.2.1 樣品準(zhǔn)備
        5.2.2 基因組DNA提取
        5.2.3 組織學(xué)切片和HE染色
        5.2.4 雄性性別標(biāo)記篩選
        5.2.5 雄性特異性標(biāo)記物的PCR驗(yàn)證
        5.2.6 遺傳性別鑒定技術(shù)的開發(fā)與確認(rèn)
    5.3 結(jié)果
        5.3.1 雄性特異性標(biāo)記篩選
        5.3.2 雄性特異性標(biāo)記的驗(yàn)證
        5.3.3 遺傳性別鑒定技術(shù)的建立與應(yīng)用
    5.4 討論
小結(jié)
參考文獻(xiàn)



本文編號(hào)：4007160