抗脂多糖因子(Anti-lipopolysaccharide factor,ALF)是甲殼動(dòng)物體內(nèi)主要的抗菌肽分子,屬于陽(yáng)離子抗菌肽家族。該家族抗菌肽具有序列和功能多樣性的特點(diǎn),在抗細(xì)菌、真菌、病毒等免疫反應(yīng)中發(fā)揮重要作用。目前,對(duì)于該類抗菌肽如何通過(guò)序列的多樣性影響其功能的多樣性,仍缺乏足夠的了解。本研究論文從擬穴青蟹體內(nèi)鑒定了2種非典型的抗脂多糖因子成員,通過(guò)序列分析和功能研究,初步闡明了ALF家族成員序列多樣性和其免疫功能的關(guān)系,揭示了序列多樣性對(duì)功能多樣的性的影響規(guī)律。我們研究首先從擬穴青蟹體內(nèi)鑒定了SpALF6及其變異體SpALF6-V。與該家族大多成員蛋白屬于陽(yáng)離子抗菌肽不同,SpALF6的pI值為6.79,其LPS結(jié)合結(jié)構(gòu)域LBD(LPS-binding domain)pI值為6.05,屬于非典型的ALF家族成員,而其自然界中變異體SpALF6-V的pI值卻為7.98,屬于陽(yáng)離子抗菌肽。生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),這個(gè)變異體的產(chǎn)生是源于特定位點(diǎn)單核苷酸多態(tài)性(SNP)。為了研究SNP位點(diǎn)的存在對(duì)蛋白質(zhì)功能的影響,我們對(duì)這兩個(gè)蛋白質(zhì)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,發(fā)現(xiàn)這兩個(gè)氨基酸的突變分別是S...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖2-1.預(yù)測(cè)的SpALF6的LBD結(jié)合域的氨基酸殘基的疏水性和pI值

因?yàn)镾pALF6基因組內(nèi)有兩個(gè)SNPs位點(diǎn)的存在,而且這兩個(gè)突變并非同義突變這兩個(gè)突變分別是DNA序列上第215位的堿基A突變成了G,第406位的堿基突變成了C，最終導(dǎo)致氨基酸序列第46位的組氨酸（H）突變成了精氨酸（R和第110位的丙氨酸（A）突....

圖2-2.(A)cDNA全長(zhǎng)序列和預(yù)測(cè)的SpALF6氨基酸序列

242-2.(A)cDNA全長(zhǎng)序列和預(yù)測(cè)的SpALF6氨基酸序列。陰影部分表示LPS結(jié)合域，終子用*表示。紅色部分是信號(hào)肽序列，H46和A110用方框表示。（B）SpALF6，SpALF6LF6-M序列對(duì)比圖。SpALF6的變異位點(diǎn)H46和A110....

圖2-4.Phyer服務(wù)器預(yù)測(cè)的SpALF6的三維空間結(jié)構(gòu)

ALFhomologsarelistedinthefigure.SpALF6ndsquare,respectively.空間結(jié)構(gòu)ALFPm3成熟肽序列比對(duì)結(jié)果顯示只有顯示相似度并不是很高，所以我們用到了測(cè)得到的三維結(jié)構(gòu)顯示該成熟肽（25aa構(gòu)，和ALFP....

圖2-5.SpALF6組織分布和病原刺激后表達(dá)模式分析

上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文利用實(shí)時(shí)定量PCR來(lái)檢測(cè)分析SpALF6的組織分布和實(shí)時(shí)表達(dá)水平。圖顯示SpALF6主要在血細(xì)胞中表達(dá)。因此，檢測(cè)了在金黃色葡萄球菌，副溶血菌，白斑綜合征病毒免疫刺激青蟹后，其血細(xì)胞中SpALF6的實(shí)時(shí)表達(dá)水平。金黃色葡萄球菌感染后2-....

本文編號(hào)：3927265