本課題組于2012年從中國東部的虹鱒魚養(yǎng)殖場分離得到了嚴(yán)重威脅我國鮭鱒魚養(yǎng)殖的傳染性造血器官壞死病毒(IHNV)IHNV-Sn1203病毒株。根據(jù)GenBank中收錄的IHNV病毒株的序列設(shè)計引物,將IHNV-Sn1203基因組序列分成5個片段進(jìn)行RT-PCR克隆,最終得到完整的IHNV-Sn1203基因組序列。利用Lasergene和MEGA 5.0軟件分析了IHNV-Sn1203株的全基因組序列、基因組編碼蛋白、基因組末端和未翻譯序列、以及病毒基因同源性和系統(tǒng)發(fā)育。結(jié)果發(fā)現(xiàn),IHNV-Sn1203基因組全長11131nts,共編碼6個病毒蛋白,大小分別為核蛋白(N)1176nts、磷蛋白(P)693nts、基質(zhì)蛋白(M)588nts、表面糖蛋白(G)1527nts、聚合酶蛋白(L)5961nts和非結(jié)構(gòu)蛋白(NV)336nts。IHNV-Sn1203株各基因間均具有保守的基因終止序列(Gene end,GE)、基因間序列(Intergenic regions,IG)、基因起始序列(Gene star,GS)及Kozak序列,以確保病毒基因的轉(zhuǎn)錄和翻譯效率。系統(tǒng)進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn),IHNV...

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【部分圖文】：

圖1IHNV-Sn1203株的基因組分布及分段克隆策略

IHNV-Sn1203株的基因組全長11131nts，共編碼6個病毒蛋白，依次為核蛋白（N）、磷蛋白（P）、基質(zhì)蛋白（M）、表面糖蛋白（G）、非結(jié)構(gòu)蛋白（NV）和聚合酶蛋白（L），其基因組結(jié)構(gòu)與已經(jīng)發(fā)表的彈狀病毒及IHNV病毒基因組結(jié)構(gòu)組成相似。表2列出了IHNV-Sn1203....

圖2IHNV-Sn1203基因組基因連接區(qū)序列及基因組末端序列互補(bǔ)性分析

為了實現(xiàn)病毒蛋白的最佳翻譯，彈狀病毒的開放閱讀框之間都含有非常保守的非翻譯區(qū)域。這些區(qū)域通常以一個假定的轉(zhuǎn)錄停止/聚腺苷酸化基序[UCUA/GUCU7]開始，通過U序列的重復(fù)復(fù)制向mRNA加入poly(A）尾巴。這一序列后緊連著一個非轉(zhuǎn)錄的基因間二核苷酸AC或GC和一個保守的假....

圖3IHNV-Sn1203基因組各編碼序列前Kozak序列分析

已有報道表明，Kozak序列對保證真核生物基因的轉(zhuǎn)錄和翻譯效率至關(guān)重要，特別是起始密碼前-3位的A堿基[18]。本文分析了IHNV-Sn1203基因組中的Kozak序列（圖3）。結(jié)果發(fā)現(xiàn)：IHNV-Sn1203株6個病毒基因的起始密碼子前面均含有嚴(yán)格的Kozak序列，其-3位堿基....

圖4IHNV-Sn1203株全基因組序列系統(tǒng)進(jìn)化分析

本研究首先分析了IHNV同其他彈狀病毒全基因組的進(jìn)化關(guān)系，結(jié)果顯示IHNV與HIRRV(Hiramerhabdovirus,HIRRV）進(jìn)化關(guān)系最近，其次為SHRV(Snakeheadrhabdovirus,SHRV）、VHSV(Viralhemorrhagicsepti....

本文編號：3913913