發(fā)布時(shí)間：2023-11-14 19:29

　　吉富羅非魚(yú)(GIFT strain Oreochromis niloticu)是由尼羅羅非魚(yú)改良而成的新品種[1],具有生長(zhǎng)速度快、出肉率高和易捕撈等優(yōu)點(diǎn),目前是我國(guó)羅非魚(yú)(Oreochromis spp)養(yǎng)殖的主導(dǎo)品種。由于養(yǎng)殖模式和養(yǎng)殖環(huán)境的改變,羅非魚(yú)無(wú)乳鏈球菌(Streptococcus agalactiae)病頻發(fā),該病已成為制約產(chǎn)業(yè)可持續(xù)發(fā)展的瓶頸。因此,亟需要弄清楚吉富羅非魚(yú)感染無(wú)乳鏈球菌后的免疫應(yīng)答反應(yīng),挖掘出抗無(wú)乳鏈球菌病關(guān)鍵基因,為后續(xù)通過(guò)分子標(biāo)記輔助選育或基因編輯方法培育出抗病新品種提供技術(shù)支撐。在此背景下,本文擬通過(guò)構(gòu)建吉富羅非魚(yú)家系,采用人工感染無(wú)乳鏈球菌和檢測(cè)肝臟免疫相關(guān)酶活性的方法,篩選出高抗病家系和易感病家系,再對(duì)兩個(gè)家系魚(yú)的脾臟組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組測(cè)序,聯(lián)合分析篩選出抗病候選基因并進(jìn)行驗(yàn)證。實(shí)驗(yàn)結(jié)果如下:1.吉富羅非魚(yú)家系的構(gòu)建及抗無(wú)乳鏈球菌感染能力的評(píng)估按雌雄魚(yú)1:1配對(duì),構(gòu)建吉富羅非魚(yú)家系53個(gè),采用人工腹腔注射方式感染無(wú)乳鏈球菌,根據(jù)感染后家系的存活率和死亡時(shí)間評(píng)估其抗感染能力。結(jié)果發(fā)現(xiàn),感染存活率在90%以上的家系有12個(gè),在70%～89%...

【文章頁(yè)數(shù)】：119 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
文中關(guān)鍵縮略詞中英文對(duì)照表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1. 羅非魚(yú)產(chǎn)業(yè)發(fā)展概況
    2. 無(wú)乳鏈球菌病的癥狀、致病機(jī)理及防治措施
        2.1 致病癥狀
        2.2 致病機(jī)理及途徑
        2.3 防治措施
    3. 選擇育種
    4. 魚(yú)類(lèi)抗病性狀相關(guān)組學(xué)研究進(jìn)展
        4.1 魚(yú)類(lèi)抗病選育轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展
        4.2 魚(yú)類(lèi)抗病選育蛋白質(zhì)組學(xué)研究進(jìn)展
    5. 羅非魚(yú)免疫相關(guān)基因研究進(jìn)展
    6. 本論文研究的目的和意義
第二章 吉富羅非魚(yú)家系的構(gòu)建及抗病性能評(píng)估
    1. 引言
    2. 材料與方法
        2.1 實(shí)驗(yàn)材料來(lái)源
        2.2 家系構(gòu)建
        2.3 HN016菌株的復(fù)壯與培養(yǎng)
        2.4 無(wú)乳鏈球菌(HN016菌株)半數(shù)致死濃度的測(cè)定
        2.5 家系魚(yú)人工腹腔注射感染無(wú)乳鏈球菌
        2.6 免疫相關(guān)酶活力的測(cè)定
        2.7 統(tǒng)計(jì)分析
    3. 結(jié)果
        3.1 家系構(gòu)建結(jié)果
        3.2 無(wú)乳鏈球菌HN016菌株感染吉富羅非魚(yú)半數(shù)致死濃度
        3.3 吉富羅非魚(yú)感染無(wú)乳鏈球菌后的癥狀
        3.4 不同家系出現(xiàn)發(fā)病癥狀時(shí)間分析
        3.5 不同家系感染無(wú)乳鏈球菌HN016菌株結(jié)果
        3.6 高抗病和易感病家系感染無(wú)乳鏈球菌后肝臟免疫相關(guān)酶活性表達(dá)差異
    4. 討論
    5. 小結(jié)
第三章 吉富羅非魚(yú)不同抗性家系感染無(wú)乳鏈球菌后脾臟轉(zhuǎn)錄組差異分析
    1. 引言
    2. 材料與方法
        2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        2.2 HN016菌株的復(fù)壯與培養(yǎng)
        2.3 HN016菌株感染實(shí)驗(yàn)及樣品收集
        2.4 RNA提取、文庫(kù)構(gòu)建和測(cè)序
        2.5 測(cè)序數(shù)據(jù)從頭組裝
        2.6 基因注釋
        2.7 差異表達(dá)基因的鑒定
        2.8 基于qPCR的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證
    3. 結(jié)果
        3.1 吉富羅非魚(yú)脾臟組織表達(dá)短序序列分析
        3.2 吉富羅非魚(yú)脾臟組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的組裝
        3.3 基因識(shí)別與注釋
        3.4 差異表達(dá)基因的鑒定與分析
        3.5 基因的富集與通路分析
        3.6 RNA-seq結(jié)果的qPCR驗(yàn)證
    4. 討論
        4.1 免疫成分
        4.2 病原體識(shí)別
        4.3 氧化應(yīng)激/凋亡
    5. 小結(jié)
第四章 吉富羅非魚(yú)不同抗病性家系脾臟蛋白質(zhì)組差異分析
    1. 引言
    2. 實(shí)驗(yàn)材料與方法
        2.1 實(shí)驗(yàn)樣品來(lái)源
        2.2 脾臟組織蛋白質(zhì)的提取及iTRAQ操作流程
    3. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
        3.1 吉富羅非魚(yú)脾臟蛋白質(zhì)提取結(jié)果
        3.2 二維液相色譜分離
        3.3 蛋白質(zhì)鑒定結(jié)果
        3.4 差異表達(dá)蛋白質(zhì)(DEPs)的篩選
        3.5 差異蛋白質(zhì)分析
        3.6 易感病家系和高抗病家系DEPs分析(組間分析)
        3.7 蛋白質(zhì)組和轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析
    4. 討論
        4.1 抗氧化應(yīng)激
        4.2 細(xì)胞骨架
        4.3 翻譯修飾和能量代謝
        4.4 免疫反應(yīng)
    5. 小結(jié)
第五章 吉富羅非魚(yú)抗病候選基因Cathepsin B基因的克隆及免疫應(yīng)答分析
    1. 引言
    2. 材料與方法
        2.1 實(shí)驗(yàn)樣品采集
        2.2 RNA提取和反轉(zhuǎn)錄
        2.3 CTSB基因序列全長(zhǎng)擴(kuò)增
        2.4 序列的拼接
        2.5 序列生物信息學(xué)分析
        2.6 CTSB基因系統(tǒng)進(jìn)化分析
        2.7 實(shí)時(shí)熒光定量PCR
    3. 結(jié)果與分析
        3.1 吉富羅非魚(yú)CTSB基因測(cè)序結(jié)果
        3.2 吉富羅非魚(yú)CTSB基因二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析
        3.3 吉富羅非魚(yú)CTSB基因三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析
        3.4 吉富羅非魚(yú)TSB基因系統(tǒng)發(fā)育分析
        3.5 吉富羅非魚(yú)CTSB基因表達(dá)規(guī)律
    4. 討論
    5. 小結(jié)
第六章 吉富羅非魚(yú)抗病候選基因Galectin-3基因的克隆及免疫應(yīng)答分析
    1. 引言
    2. 材料與方法
        2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.2 RNA的提取及反轉(zhuǎn)錄
        2.3 galectin-3基因序列全長(zhǎng)擴(kuò)增
        2.4 序列拼接和
        2.5 序列生物信息學(xué)分析
        2.6 galectin-3基因系統(tǒng)進(jìn)化分析
        2.7 實(shí)時(shí)熒光定量PCR
    3. 結(jié)果與分析
        3.1 吉富羅非魚(yú)galectin-3基因的序列特征分析
        3.2 galectin-3基因的系統(tǒng)進(jìn)化分析
        3.3 無(wú)乳鏈球菌感染吉富羅非魚(yú)后galectin-3基因的免疫應(yīng)答分析
        3.4 嗜水氣單胞菌感染吉富羅非魚(yú)后galetin-3基因的免疫應(yīng)答分析
    4. 討論
    5. 小結(jié)
結(jié)論
創(chuàng)新點(diǎn)
下一步工作計(jì)劃
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀博士學(xué)位期間本人主持的項(xiàng)目
攻讀博士學(xué)位期間獲得的科技成果
攻讀博士學(xué)位期間完成的研究論文
致謝



本文編號(hào)：3864065