吉富羅非魚(GIFT strain Oreochromis niloticu)是由尼羅羅非魚改良而成的新品種[1],具有生長速度快、出肉率高和易捕撈等優(yōu)點,目前是我國羅非魚(Oreochromis spp)養(yǎng)殖的主導(dǎo)品種。由于養(yǎng)殖模式和養(yǎng)殖環(huán)境的改變,羅非魚無乳鏈球菌(Streptococcus agalactiae)病頻發(fā),該病已成為制約產(chǎn)業(yè)可持續(xù)發(fā)展的瓶頸。因此,亟需要弄清楚吉富羅非魚感染無乳鏈球菌后的免疫應(yīng)答反應(yīng),挖掘出抗無乳鏈球菌病關(guān)鍵基因,為后續(xù)通過分子標記輔助選育或基因編輯方法培育出抗病新品種提供技術(shù)支撐。在此背景下,本文擬通過構(gòu)建吉富羅非魚家系,采用人工感染無乳鏈球菌和檢測肝臟免疫相關(guān)酶活性的方法,篩選出高抗病家系和易感病家系,再對兩個家系魚的脾臟組織進行轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組測序,聯(lián)合分析篩選出抗病候選基因并進行驗證。實驗結(jié)果如下:1.吉富羅非魚家系的構(gòu)建及抗無乳鏈球菌感染能力的評估按雌雄魚1:1配對,構(gòu)建吉富羅非魚家系53個,采用人工腹腔注射方式感染無乳鏈球菌,根據(jù)感染后家系的存活率和死亡時間評估其抗感染能力。結(jié)果發(fā)現(xiàn),感染存活率在90%以上的家系有12個,在70%～89%...

【文章頁數(shù)】：119 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
文中關(guān)鍵縮略詞中英文對照表
第一章 文獻綜述
    1. 羅非魚產(chǎn)業(yè)發(fā)展概況
    2. 無乳鏈球菌病的癥狀、致病機理及防治措施
        2.1 致病癥狀
        2.2 致病機理及途徑
        2.3 防治措施
    3. 選擇育種
    4. 魚類抗病性狀相關(guān)組學(xué)研究進展
        4.1 魚類抗病選育轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進展
        4.2 魚類抗病選育蛋白質(zhì)組學(xué)研究進展
    5. 羅非魚免疫相關(guān)基因研究進展
    6. 本論文研究的目的和意義
第二章 吉富羅非魚家系的構(gòu)建及抗病性能評估
    1. 引言
    2. 材料與方法
        2.1 實驗材料來源
        2.2 家系構(gòu)建
        2.3 HN016菌株的復(fù)壯與培養(yǎng)
        2.4 無乳鏈球菌(HN016菌株)半數(shù)致死濃度的測定
        2.5 家系魚人工腹腔注射感染無乳鏈球菌
        2.6 免疫相關(guān)酶活力的測定
        2.7 統(tǒng)計分析
    3. 結(jié)果
        3.1 家系構(gòu)建結(jié)果
        3.2 無乳鏈球菌HN016菌株感染吉富羅非魚半數(shù)致死濃度
        3.3 吉富羅非魚感染無乳鏈球菌后的癥狀
        3.4 不同家系出現(xiàn)發(fā)病癥狀時間分析
        3.5 不同家系感染無乳鏈球菌HN016菌株結(jié)果
        3.6 高抗病和易感病家系感染無乳鏈球菌后肝臟免疫相關(guān)酶活性表達差異
    4. 討論
    5. 小結(jié)
第三章 吉富羅非魚不同抗性家系感染無乳鏈球菌后脾臟轉(zhuǎn)錄組差異分析
    1. 引言
    2. 材料與方法
        2.1 實驗動物
        2.2 HN016菌株的復(fù)壯與培養(yǎng)
        2.3 HN016菌株感染實驗及樣品收集
        2.4 RNA提取、文庫構(gòu)建和測序
        2.5 測序數(shù)據(jù)從頭組裝
        2.6 基因注釋
        2.7 差異表達基因的鑒定
        2.8 基于qPCR的實驗驗證
    3. 結(jié)果
        3.1 吉富羅非魚脾臟組織表達短序序列分析
        3.2 吉富羅非魚脾臟組織轉(zhuǎn)錄組測序的組裝
        3.3 基因識別與注釋
        3.4 差異表達基因的鑒定與分析
        3.5 基因的富集與通路分析
        3.6 RNA-seq結(jié)果的qPCR驗證
    4. 討論
        4.1 免疫成分
        4.2 病原體識別
        4.3 氧化應(yīng)激/凋亡
    5. 小結(jié)
第四章 吉富羅非魚不同抗病性家系脾臟蛋白質(zhì)組差異分析
    1. 引言
    2. 實驗材料與方法
        2.1 實驗樣品來源
        2.2 脾臟組織蛋白質(zhì)的提取及iTRAQ操作流程
    3. 實驗結(jié)果與分析
        3.1 吉富羅非魚脾臟蛋白質(zhì)提取結(jié)果
        3.2 二維液相色譜分離
        3.3 蛋白質(zhì)鑒定結(jié)果
        3.4 差異表達蛋白質(zhì)(DEPs)的篩選
        3.5 差異蛋白質(zhì)分析
        3.6 易感病家系和高抗病家系DEPs分析(組間分析)
        3.7 蛋白質(zhì)組和轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析
    4. 討論
        4.1 抗氧化應(yīng)激
        4.2 細胞骨架
        4.3 翻譯修飾和能量代謝
        4.4 免疫反應(yīng)
    5. 小結(jié)
第五章 吉富羅非魚抗病候選基因Cathepsin B基因的克隆及免疫應(yīng)答分析
    1. 引言
    2. 材料與方法
        2.1 實驗樣品采集
        2.2 RNA提取和反轉(zhuǎn)錄
        2.3 CTSB基因序列全長擴增
        2.4 序列的拼接
        2.5 序列生物信息學(xué)分析
        2.6 CTSB基因系統(tǒng)進化分析
        2.7 實時熒光定量PCR
    3. 結(jié)果與分析
        3.1 吉富羅非魚CTSB基因測序結(jié)果
        3.2 吉富羅非魚CTSB基因二級結(jié)構(gòu)預(yù)測分析
        3.3 吉富羅非魚CTSB基因三級結(jié)構(gòu)預(yù)測分析
        3.4 吉富羅非魚TSB基因系統(tǒng)發(fā)育分析
        3.5 吉富羅非魚CTSB基因表達規(guī)律
    4. 討論
    5. 小結(jié)
第六章 吉富羅非魚抗病候選基因Galectin-3基因的克隆及免疫應(yīng)答分析
    1. 引言
    2. 材料與方法
        2.1 實驗材料
        2.2 RNA的提取及反轉(zhuǎn)錄
        2.3 galectin-3基因序列全長擴增
        2.4 序列拼接和
        2.5 序列生物信息學(xué)分析
        2.6 galectin-3基因系統(tǒng)進化分析
        2.7 實時熒光定量PCR
    3. 結(jié)果與分析
        3.1 吉富羅非魚galectin-3基因的序列特征分析
        3.2 galectin-3基因的系統(tǒng)進化分析
        3.3 無乳鏈球菌感染吉富羅非魚后galectin-3基因的免疫應(yīng)答分析
        3.4 嗜水氣單胞菌感染吉富羅非魚后galetin-3基因的免疫應(yīng)答分析
    4. 討論
    5. 小結(jié)
結(jié)論
創(chuàng)新點
下一步工作計劃
參考文獻
附錄
攻讀博士學(xué)位期間本人主持的項目
攻讀博士學(xué)位期間獲得的科技成果
攻讀博士學(xué)位期間完成的研究論文
致謝



本文編號：3864065