通過對竹?魚(Trachurus japonicus)基因組進(jìn)行RAD-seq高通量測序,共獲得19 920條微衛(wèi)星序列,其中2、3核苷酸重復(fù)微衛(wèi)星序列最多(82.11%)。選取89條2、3核苷酸重復(fù)的微衛(wèi)星序列設(shè)計引物,經(jīng)篩選后,共獲得27個具有多態(tài)性的微衛(wèi)星標(biāo)記。利用一個竹?魚群體對通過篩選的微衛(wèi)星標(biāo)記的種群遺傳學(xué)特征進(jìn)行評價。結(jié)果顯示,27對引物擴(kuò)增的序列中21個位點為2核苷酸重復(fù),重復(fù)次數(shù)10～13次,6個位點為3核苷酸重復(fù),重復(fù)次數(shù)為7～9次,等位基因數(shù)為3～19(平均9.8),表觀雜合度(H_o)為0.344～0.938(平均0.654),期望雜合度(H_e)為0.336～0.880(平均0.729),多態(tài)信息含量(PIC)為0.318～0.882(平均0.707),表明開發(fā)的微衛(wèi)星位點具有較高的遺傳多樣性。"哈迪-溫伯格"平衡(HWE)檢測結(jié)果顯示,25個標(biāo)記等位基因頻率符合HWE。連鎖不平衡檢測表明各位點間無連鎖不平衡現(xiàn)象。研究開發(fā)的27個微衛(wèi)星標(biāo)記可為竹?魚種群遺傳學(xué)研究提供基礎(chǔ)。

【文章頁數(shù)】：9 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 樣品采集與基因組DNA提取
    1.2 高通量測序與引物合成
    1.3 引物篩選與分型檢測
    1.4 群體遺傳學(xué)評價
2 結(jié)果與分析
    2.1 高通量測序結(jié)果與微衛(wèi)星位點分析
    2.2 PCR引物設(shè)計和篩選
    2.3 微衛(wèi)星標(biāo)記的種群遺傳學(xué)評價使用采集于湛江東部海域的竹魚群體對篩選合格的微衛(wèi)星標(biāo)記進(jìn)行種群遺傳學(xué)評價。如表3,所有27個標(biāo)記在測試群體中共檢測到265個等位基因,等位基因數(shù)分布范圍為3～19,表觀雜合度分布范圍為0.344～0.938,平均為0.654;期望雜合度分布范圍為0.336 ～0.880,平均為0.729。多態(tài)信息含量(PIC)分布范圍為0.318～0.882 ,平均為0.707,表明開發(fā)的微衛(wèi)星位點具有較高的雜合度。除2個標(biāo)記外,其他標(biāo)記等位基因頻率均符合“哈迪-溫伯格”平衡(HWE)。連鎖不平衡檢測表明各位點間無連鎖不平衡現(xiàn)象。
3 討論
    3.1 高通量測序發(fā)掘微衛(wèi)星序列的技術(shù)優(yōu)勢
    3.2 不同核苷酸重復(fù)微衛(wèi)星位點比較
    3.3 微衛(wèi)星標(biāo)記的種群遺傳學(xué)特征



本文編號：3858940