短鏈脫氫還原酶(short-chain dehydrogenases/reductases,SDR)超家族包含了視黃醛脫氫酶、羥基類固醇脫氫酶、羰基還原酶、15羥基前列腺素脫氫酶、UDP-葡萄4-糖異構(gòu)酶以及GDP甘露糖4,6-脫水酶等。SDR家族成員表達(dá)于各種組織、器官,參與個(gè)體生長(zhǎng)、發(fā)育、生殖等各個(gè)生物學(xué)過(guò)程。根據(jù)隱馬爾可夫模型,在人類基因組中已經(jīng)鑒定了47個(gè)SDR亞家族,76個(gè)SDR基因。在植物中,如擬南芥、大豆、葡萄等植物中鑒定了49個(gè)SDR亞家族,對(duì)應(yīng)著68-315個(gè)SDR基因,而在其他物種中還沒(méi)有進(jìn)一步的報(bào)道。同時(shí)關(guān)于SDR超家族在生殖過(guò)程中的功能研究?jī)H見(jiàn)于一些哺乳動(dòng)物中,而魚(yú)類中幾乎未見(jiàn)報(bào)道。為了系統(tǒng)深入的研究SDR超家族成員在魚(yú)類性腺發(fā)育及性別決定與分化過(guò)程中的潛在作用,我們從基因組水平以及轉(zhuǎn)錄組水平對(duì)尼羅羅非魚(yú)的SDR家族成員進(jìn)行了系統(tǒng)分析,并對(duì)其部分家族成員在性腺發(fā)育中的可能作用進(jìn)行了探討。通過(guò)同源比對(duì)搜索以及轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析,本研究從尼羅羅非魚(yú)基因組中共分離到119個(gè)SDR超家族成員。除此之外,我們還從人類,雞,非洲爪蟾,斑馬魚(yú),青鳉,腔棘魚(yú),象鯊,斑點(diǎn)雀鱔,紅鰭東...

【文章頁(yè)數(shù)】：85 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第1章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 SDR超家族基因的一般結(jié)構(gòu)
    1.2 SDR超超家族基因的分類
    1.3 SDR超家族基因的歷史背景以及進(jìn)化
    1.4 SDR超家族基因功能
        1.4.1 羥基類固醇脫氫酶(HSDs)
        1.4.2 視黃醇脫氫酶（RDHs）
        1.4.3 其他類型的SDR
    1.5 SDR超家族基因在魚(yú)類中的研究狀況
    1.6 關(guān)鍵科學(xué)問(wèn)題的提出和本研究的目的意義
第2章 尼羅羅非魚(yú)SDR超家族成員的分離及生物信息學(xué)分析
    2.1 前言
    2.2 實(shí)驗(yàn)材料與方法
        2.2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        2.2.2 尼羅羅非魚(yú)SDR超家族成員的鑒定
        2.2.3 SDR超家族的系統(tǒng)發(fā)育分析以及基因定位
        2.2.4 SDR在尼羅羅非魚(yú)中的時(shí)空表達(dá)模式分析
        2.2.5 SDR基因表達(dá)模式的驗(yàn)證
    2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.3.1 尼羅羅非魚(yú)及其他魚(yú)類中SDR超家族基因的分離鑒定
        2.3.2 SDR基因的家族分類及系統(tǒng)進(jìn)化分析
        2.3.3 SDR超家族的共線性分析及基因的串聯(lián)型復(fù)制。
        2.3.4 SDR在尼羅羅非魚(yú)成魚(yú)8個(gè)組織中的表達(dá)模式分析
        2.3.5 SDR在尼羅羅非魚(yú)不同發(fā)育時(shí)期性腺轉(zhuǎn)錄組的表達(dá)模式分析
        2.3.6 SDR表達(dá)模式的驗(yàn)證
    2.4 討論
        2.4.1 SDR成員的分離、分類及系統(tǒng)發(fā)生分析
        2.4.2 SDR基因在8個(gè)成魚(yú)組織中的表達(dá)及其意義
        2.4.3 SDR基因在不同發(fā)育時(shí)期性腺中的表達(dá)及其意義
        2.4.4 轉(zhuǎn)錄組中SDR基因表達(dá)模式的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證
第3章 尼羅羅非魚(yú)hsd3βs功能的初步研究
    3.1 前言
    3.2 實(shí)驗(yàn)材料和儀器
        3.2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        3.2.2 實(shí)驗(yàn)試劑和儀器
        3.2.3 有關(guān)試劑的配制
        3.2.4 實(shí)驗(yàn)方法
    3.3 結(jié)果
        3.3.1 敲除序列的選擇以及突變檢測(cè)
        3.3.2 hsd3β1 突變檢測(cè)
    3.4 討論
第4章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
在讀期間發(fā)表論文情況
在讀期間參與科研情況



本文編號(hào)：3859126