短鏈脫氫還原酶(short-chain dehydrogenases/reductases,SDR)超家族包含了視黃醛脫氫酶、羥基類固醇脫氫酶、羰基還原酶、15羥基前列腺素脫氫酶、UDP-葡萄4-糖異構酶以及GDP甘露糖4,6-脫水酶等。SDR家族成員表達于各種組織、器官,參與個體生長、發(fā)育、生殖等各個生物學過程。根據(jù)隱馬爾可夫模型,在人類基因組中已經(jīng)鑒定了47個SDR亞家族,76個SDR基因。在植物中,如擬南芥、大豆、葡萄等植物中鑒定了49個SDR亞家族,對應著68-315個SDR基因,而在其他物種中還沒有進一步的報道。同時關于SDR超家族在生殖過程中的功能研究僅見于一些哺乳動物中,而魚類中幾乎未見報道。為了系統(tǒng)深入的研究SDR超家族成員在魚類性腺發(fā)育及性別決定與分化過程中的潛在作用,我們從基因組水平以及轉錄組水平對尼羅羅非魚的SDR家族成員進行了系統(tǒng)分析,并對其部分家族成員在性腺發(fā)育中的可能作用進行了探討。通過同源比對搜索以及轉錄組數(shù)據(jù)分析,本研究從尼羅羅非魚基因組中共分離到119個SDR超家族成員。除此之外,我們還從人類,雞,非洲爪蟾,斑馬魚,青鳉,腔棘魚,象鯊,斑點雀鱔,紅鰭東...

【文章頁數(shù)】：85 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第1章 文獻綜述
    1.1 SDR超家族基因的一般結構
    1.2 SDR超超家族基因的分類
    1.3 SDR超家族基因的歷史背景以及進化
    1.4 SDR超家族基因功能
        1.4.1 羥基類固醇脫氫酶(HSDs)
        1.4.2 視黃醇脫氫酶（RDHs）
        1.4.3 其他類型的SDR
    1.5 SDR超家族基因在魚類中的研究狀況
    1.6 關鍵科學問題的提出和本研究的目的意義
第2章 尼羅羅非魚SDR超家族成員的分離及生物信息學分析
    2.1 前言
    2.2 實驗材料與方法
        2.2.1 實驗動物
        2.2.2 尼羅羅非魚SDR超家族成員的鑒定
        2.2.3 SDR超家族的系統(tǒng)發(fā)育分析以及基因定位
        2.2.4 SDR在尼羅羅非魚中的時空表達模式分析
        2.2.5 SDR基因表達模式的驗證
    2.3 實驗結果
        2.3.1 尼羅羅非魚及其他魚類中SDR超家族基因的分離鑒定
        2.3.2 SDR基因的家族分類及系統(tǒng)進化分析
        2.3.3 SDR超家族的共線性分析及基因的串聯(lián)型復制。
        2.3.4 SDR在尼羅羅非魚成魚8個組織中的表達模式分析
        2.3.5 SDR在尼羅羅非魚不同發(fā)育時期性腺轉錄組的表達模式分析
        2.3.6 SDR表達模式的驗證
    2.4 討論
        2.4.1 SDR成員的分離、分類及系統(tǒng)發(fā)生分析
        2.4.2 SDR基因在8個成魚組織中的表達及其意義
        2.4.3 SDR基因在不同發(fā)育時期性腺中的表達及其意義
        2.4.4 轉錄組中SDR基因表達模式的實驗驗證
第3章 尼羅羅非魚hsd3βs功能的初步研究
    3.1 前言
    3.2 實驗材料和儀器
        3.2.1 實驗動物
        3.2.2 實驗試劑和儀器
        3.2.3 有關試劑的配制
        3.2.4 實驗方法
    3.3 結果
        3.3.1 敲除序列的選擇以及突變檢測
        3.3.2 hsd3β1 突變檢測
    3.4 討論
第4章 結論
參考文獻
致謝
在讀期間發(fā)表論文情況
在讀期間參與科研情況



本文編號：3859126