珠江三種鲌亞科魚(yú)類(lèi)的微衛(wèi)星特征及廣東魴遺傳多樣性分析
發(fā)布時(shí)間:2023-05-18 23:40
本研究分為兩個(gè)部分,第一部分為利用微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)珠江3種鲌亞科魚(yú)類(lèi)的微衛(wèi)星特征進(jìn)行分析,第二部分為利用微衛(wèi)星對(duì)珠江水系6個(gè)樣地的廣東魴群體的遺傳多樣性進(jìn)行分析。 應(yīng)用微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)分析珠江3種主要鲌亞科魚(yú)類(lèi)廣東魴(Megalobramaterminalis)、鳊(Parabramis pekinensis)、海南紅鲌(Culter recurviceps)的遺傳特征。檢索GenBank和文獻(xiàn)資料中的微衛(wèi)星標(biāo)記,針對(duì)3種鲌亞科魚(yú)類(lèi)設(shè)計(jì)108對(duì)微衛(wèi)星引物,用PCR技術(shù)在3種魚(yú)的基因組DNA中進(jìn)行擴(kuò)增,并通過(guò)聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測(cè)分析結(jié)果,共獲得16個(gè)特異性標(biāo)記。其中,微衛(wèi)星標(biāo)記F-524在三種魚(yú)中可區(qū)別鳊,廣東魴和海南紅鲌可擴(kuò)增309-320bp的目的片段,在鳊中無(wú)擴(kuò)增條帶;微衛(wèi)星標(biāo)記L-4可區(qū)別廣東魴,鳊和海南紅鲌中可擴(kuò)增160-201bp的目的片段,在廣東魴中無(wú)擴(kuò)增條帶;微衛(wèi)星標(biāo)記L-7可區(qū)別海南紅鲌,在廣東魴和鳊中可擴(kuò)增160-190bp的目的片段,而在海南紅鲌中擴(kuò)增的片段為123-143bp。通過(guò)3個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記組合,可從分子水平鑒別出廣東魴、鳊、海南紅鲌,從而解決3種鲌亞科魚(yú)類(lèi)早期發(fā)...
【文章頁(yè)數(shù)】:72 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
目錄
第一章 文獻(xiàn)綜述
1.1 珠江流域概況
1.2 珠江水系漁業(yè)資源狀況
1.3 珠江 3 種鲌亞科魚(yú)類(lèi)概況
1.3.1 廣東魴的基礎(chǔ)生物學(xué)特征
1.3.2 鳊的基礎(chǔ)生物學(xué)特征
1.3.3 海南紅鲌生物學(xué)特性
1.4 遺傳多樣性研究現(xiàn)狀
1.4.1 遺傳多樣性研究概述
1.4.2 魚(yú)類(lèi)遺傳多樣性研究進(jìn)展
1.4.3 魚(yú)類(lèi)幾種常見(jiàn)的遺傳多樣性研究方法
1.4.3.1 形態(tài)學(xué)標(biāo)記
1.4.3.2 細(xì)胞學(xué)標(biāo)記
1.4.3.3 生理生化標(biāo)記
1.4.3.4 分子生物學(xué)標(biāo)記
1.4.3.4.1 限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性技術(shù)(RFLP)
1.4.3.4.2 隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性 DNA 技術(shù)(RAPD)
1.4.3.4.3 擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性分析(AFLP)
1.4.3.4.4 表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)
1.4.3.4.5 單核苷酸多態(tài)性(SNP)
1.4.3.4.6 微衛(wèi)星標(biāo)記(SSR)
1.4.3.4.6.1 微衛(wèi)星標(biāo)記的特點(diǎn)
1.4.3.4.6.2 微衛(wèi)星標(biāo)記的開(kāi)發(fā)
1.4.3.4.7 微衛(wèi)星標(biāo)記在魚(yú)類(lèi)中的應(yīng)用
1.4.3.4.7.1 遺傳連鎖圖譜上的應(yīng)用
1.4.3.4.7.2 遺傳多樣性分析
1.4.3.4.7.3 群體遺傳結(jié)構(gòu)及親緣關(guān)系分析
1.4.3.4.7.4 魚(yú)類(lèi)種質(zhì)資源保護(hù)
1.4.3.4.7.5 物種鑒定
1.5 廣東魴的遺傳多樣性研究現(xiàn)狀
1.6 研究的目的與意義
1.7 技術(shù)路線(xiàn)
1.7.1 珠江 3 種鲌亞科魚(yú)類(lèi)的微衛(wèi)星特征分析技術(shù)路線(xiàn)
1.7.2 利用微衛(wèi)星分析珠江水系廣東魴的遺傳多樣性技術(shù)路線(xiàn)
第二章 珠江三種鲌亞科魚(yú)類(lèi)微衛(wèi)星特征分析
2.1 材料與方法
2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.2 實(shí)驗(yàn)主要儀器設(shè)備型號(hào)及產(chǎn)地
2.1.3 主要試劑及配制
2.1.4 實(shí)驗(yàn)方法
2.1.4.1 基因組 DNA 的提取及檢測(cè)
2.1.4.2 微衛(wèi)星標(biāo)記的選取及引物設(shè)計(jì)
2.1.4.3 PCR 擴(kuò)增
2.1.4.4 擴(kuò)增產(chǎn)物的檢測(cè)
2.1.4.4.1 10%非變性聚丙烯酰胺凝膠制備
2.1.4.4.2 銀染檢測(cè)
2.1.4.5 微衛(wèi)星位點(diǎn)的篩選
2.1.4.6 仔魚(yú)樣本的檢驗(yàn)
2.2 結(jié)果與分析
2.2.1 微衛(wèi)星位點(diǎn)的差異篩選
2.2.2 微衛(wèi)星位點(diǎn) F-254 的擴(kuò)增結(jié)果
2.2.3 微衛(wèi)星位點(diǎn) L-4 的擴(kuò)增結(jié)果
2.2.4 微衛(wèi)星位點(diǎn) L-7 的擴(kuò)增結(jié)果
2.2.5 仔魚(yú)中 3 種鲌亞科魚(yú)類(lèi)的微衛(wèi)星鑒別結(jié)果
2.3 討論
第三章 利用微衛(wèi)星分析珠江流域廣東魴遺傳多樣性
3.1 材料和方法
3.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
3.1.2 實(shí)驗(yàn)主要儀器設(shè)備
3.1.3 主要試劑及配置
3.1.4 實(shí)驗(yàn)方法
3.1.4.1 基因組 DNA 的提取及檢測(cè)
3.1.4.2 微衛(wèi)星引物的獲取
3.1.4.3 PCR 擴(kuò)增
3.1.4.4 擴(kuò)增產(chǎn)物的檢測(cè)
3.1.5 微衛(wèi)星引物的篩選
3.1.6 群體遺傳學(xué)分析
3.1.7 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與分析
3.2 結(jié)果與分析
3.2.1 微衛(wèi)星引物的篩選
3.2.2 微衛(wèi)星標(biāo)記多態(tài)性分析
3.2.3 群體的遺傳多樣性分析
3.2.4 Hardy-Weinberg 平衡分析
3.2.5 群體遺傳分化分析
3.3 討論
3.3.1 廣東魴微衛(wèi)星位點(diǎn)的篩選
3.3.2 廣東魴群體的遺傳多樣性分析
3.3.3 廣東魴群體的親緣關(guān)系與遺傳分化
第四章 結(jié)論
存在不足及展望
參考文獻(xiàn)
附錄一 從文獻(xiàn)資料和數(shù)據(jù)庫(kù)中下載的微衛(wèi)星序列
附錄二 在研期間發(fā)表的論文及參加會(huì)議情況
致謝
本文編號(hào):3819228
【文章頁(yè)數(shù)】:72 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
目錄
第一章 文獻(xiàn)綜述
1.1 珠江流域概況
1.2 珠江水系漁業(yè)資源狀況
1.3 珠江 3 種鲌亞科魚(yú)類(lèi)概況
1.3.1 廣東魴的基礎(chǔ)生物學(xué)特征
1.3.2 鳊的基礎(chǔ)生物學(xué)特征
1.3.3 海南紅鲌生物學(xué)特性
1.4 遺傳多樣性研究現(xiàn)狀
1.4.1 遺傳多樣性研究概述
1.4.2 魚(yú)類(lèi)遺傳多樣性研究進(jìn)展
1.4.3 魚(yú)類(lèi)幾種常見(jiàn)的遺傳多樣性研究方法
1.4.3.1 形態(tài)學(xué)標(biāo)記
1.4.3.2 細(xì)胞學(xué)標(biāo)記
1.4.3.3 生理生化標(biāo)記
1.4.3.4 分子生物學(xué)標(biāo)記
1.4.3.4.1 限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性技術(shù)(RFLP)
1.4.3.4.2 隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性 DNA 技術(shù)(RAPD)
1.4.3.4.3 擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性分析(AFLP)
1.4.3.4.4 表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)
1.4.3.4.5 單核苷酸多態(tài)性(SNP)
1.4.3.4.6 微衛(wèi)星標(biāo)記(SSR)
1.4.3.4.6.1 微衛(wèi)星標(biāo)記的特點(diǎn)
1.4.3.4.6.2 微衛(wèi)星標(biāo)記的開(kāi)發(fā)
1.4.3.4.7 微衛(wèi)星標(biāo)記在魚(yú)類(lèi)中的應(yīng)用
1.4.3.4.7.1 遺傳連鎖圖譜上的應(yīng)用
1.4.3.4.7.2 遺傳多樣性分析
1.4.3.4.7.3 群體遺傳結(jié)構(gòu)及親緣關(guān)系分析
1.4.3.4.7.4 魚(yú)類(lèi)種質(zhì)資源保護(hù)
1.4.3.4.7.5 物種鑒定
1.5 廣東魴的遺傳多樣性研究現(xiàn)狀
1.6 研究的目的與意義
1.7 技術(shù)路線(xiàn)
1.7.1 珠江 3 種鲌亞科魚(yú)類(lèi)的微衛(wèi)星特征分析技術(shù)路線(xiàn)
1.7.2 利用微衛(wèi)星分析珠江水系廣東魴的遺傳多樣性技術(shù)路線(xiàn)
第二章 珠江三種鲌亞科魚(yú)類(lèi)微衛(wèi)星特征分析
2.1 材料與方法
2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.2 實(shí)驗(yàn)主要儀器設(shè)備型號(hào)及產(chǎn)地
2.1.3 主要試劑及配制
2.1.4 實(shí)驗(yàn)方法
2.1.4.1 基因組 DNA 的提取及檢測(cè)
2.1.4.2 微衛(wèi)星標(biāo)記的選取及引物設(shè)計(jì)
2.1.4.3 PCR 擴(kuò)增
2.1.4.4 擴(kuò)增產(chǎn)物的檢測(cè)
2.1.4.4.1 10%非變性聚丙烯酰胺凝膠制備
2.1.4.4.2 銀染檢測(cè)
2.1.4.5 微衛(wèi)星位點(diǎn)的篩選
2.1.4.6 仔魚(yú)樣本的檢驗(yàn)
2.2 結(jié)果與分析
2.2.1 微衛(wèi)星位點(diǎn)的差異篩選
2.2.2 微衛(wèi)星位點(diǎn) F-254 的擴(kuò)增結(jié)果
2.2.3 微衛(wèi)星位點(diǎn) L-4 的擴(kuò)增結(jié)果
2.2.4 微衛(wèi)星位點(diǎn) L-7 的擴(kuò)增結(jié)果
2.2.5 仔魚(yú)中 3 種鲌亞科魚(yú)類(lèi)的微衛(wèi)星鑒別結(jié)果
2.3 討論
第三章 利用微衛(wèi)星分析珠江流域廣東魴遺傳多樣性
3.1 材料和方法
3.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
3.1.2 實(shí)驗(yàn)主要儀器設(shè)備
3.1.3 主要試劑及配置
3.1.4 實(shí)驗(yàn)方法
3.1.4.1 基因組 DNA 的提取及檢測(cè)
3.1.4.2 微衛(wèi)星引物的獲取
3.1.4.3 PCR 擴(kuò)增
3.1.4.4 擴(kuò)增產(chǎn)物的檢測(cè)
3.1.5 微衛(wèi)星引物的篩選
3.1.6 群體遺傳學(xué)分析
3.1.7 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與分析
3.2 結(jié)果與分析
3.2.1 微衛(wèi)星引物的篩選
3.2.2 微衛(wèi)星標(biāo)記多態(tài)性分析
3.2.3 群體的遺傳多樣性分析
3.2.4 Hardy-Weinberg 平衡分析
3.2.5 群體遺傳分化分析
3.3 討論
3.3.1 廣東魴微衛(wèi)星位點(diǎn)的篩選
3.3.2 廣東魴群體的遺傳多樣性分析
3.3.3 廣東魴群體的親緣關(guān)系與遺傳分化
第四章 結(jié)論
存在不足及展望
參考文獻(xiàn)
附錄一 從文獻(xiàn)資料和數(shù)據(jù)庫(kù)中下載的微衛(wèi)星序列
附錄二 在研期間發(fā)表的論文及參加會(huì)議情況
致謝
本文編號(hào):3819228
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