為探討正常與低品質(zhì)中華絨螯蟹的腸道菌群結(jié)構(gòu)差異,采用高通量測(cè)序技術(shù),測(cè)定細(xì)菌16S rDNA V3 V5區(qū)基因序列,通過(guò)生物信息學(xué)方法,分析比較腸道菌群結(jié)構(gòu)和多樣性以及可培養(yǎng)菌群結(jié)構(gòu)的特點(diǎn)。結(jié)果表明,中華絨螯蟹正常組(NG)腸道中絕對(duì)優(yōu)勢(shì)菌群為厚壁菌門(93.54%),而其他門的豐度均很低(2.81%以下),其中以厚壁菌門的乳球菌屬豐度最高(86.00%);低品質(zhì)組(LG)以厚壁菌門(62.60%)、變形菌門(22.42%)、擬桿菌門(5.74%)和軟壁菌門(5.69%)為主,其中以厚壁菌門的尚無(wú)屬名的ZOR0006(46.20%)和變形菌門的Caedibacteraceae uncultured(21.33%)豐度最為優(yōu)勢(shì),厚壁菌門的乳卵屬(5.81%)和乳球菌屬(4.63%)以及軟壁菌門的Candidatus Bacilloplasma屬(5.26%)豐度較高。低品質(zhì)組腸道中與營(yíng)養(yǎng)代謝和生長(zhǎng)相關(guān)的厚壁菌門顯著降低和擬桿菌門顯著增加,通過(guò)提高腸道中厚壁菌門和減少擬桿菌門豐度從而降低兩門間的豐度比,有望減少低品質(zhì)河蟹的出現(xiàn)。可培養(yǎng)菌群的分析,正常培養(yǎng)組(NCG)絕對(duì)優(yōu)勢(shì)菌群為變形菌門(...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗(yàn)蟹和腸道菌群的采集
        1.1.1 試驗(yàn)蟹
        1.1.2 腸道菌群
        1.1.3 腸道可培養(yǎng)菌群
    1.2 細(xì)菌DNA提取和PCR擴(kuò)增
    1.3 16S rDNA高通量測(cè)序及數(shù)據(jù)分析處理
2 結(jié)果與分析
    2.1 正常河蟹與低品質(zhì)河蟹的特征
    2.2 OTU聚類、分類學(xué)分析、多樣性指數(shù)分析
    2.3 菌群結(jié)構(gòu)組成及相對(duì)豐度
    2.4 河蟹腸道中菌群相關(guān)性分析
    2.5 腸道中菌群差異性分析
3 討論
    3.1 腸道菌群的分析方法
    3.2 腸道菌群的影響因素
    3.3 腸道菌群結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和減少低品質(zhì)河蟹的途徑
    3.4 腸道中可培養(yǎng)菌群結(jié)構(gòu)



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