以羅氏沼蝦轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為數(shù)據(jù)來(lái)源,通過(guò)研究羅氏沼蝦轉(zhuǎn)錄組的密碼子使用參數(shù)（如有效密碼子的數(shù)量和相關(guān)密碼子堿基的具體組成信息等）,并且采用Codon W 1.4.4深入開(kāi)展了統(tǒng)計(jì)和計(jì)算。研究結(jié)果顯示,同義密碼子第三位核苷酸和表達(dá)基因密碼子GC含量均值分別為0.40和0.45。從整體上看,ENC的平均值等于52.72,其中絕大部分的ENC值小于35。采用高頻密碼子的研究方法獲得GAU、GAA、UUU、AAU、CCA等5個(gè)高頻密碼子。通過(guò)最優(yōu)碼子分析法確定16個(gè)最優(yōu)密碼子,編碼10個(gè)氨基酸,最優(yōu)密碼子除UUG外均以A/T結(jié)尾。而且把它和大腸桿菌、酵母、果蠅以及人類(lèi)等6種生物的密碼子使用頻率開(kāi)展比較,結(jié)果表明,與大腸桿菌和果蠅存在較大差異,而與酵母最為接近。研究結(jié)果可為羅氏沼蝦功能基因和分子育種等提供理論基礎(chǔ)。 

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【部分圖文】：

中性繪圖分析

羅氏沼蝦密碼子的ENC-plot曲線

【參考文獻(xiàn)】：
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本文編號(hào)：3719013